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- PDB-6dco: Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dco
タイトルBcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108D
要素
  • Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
  • Beclin-1
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 / autophagy / Beclin 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / engulfment of apoptotic cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization ...cellular response to aluminum ion / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / engulfment of apoptotic cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of autophagosome assembly / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / receptor catabolic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / SMAD protein signal transduction / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / late endosome to vacuole transport / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / phagophore assembly site / fertilization / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of programmed cell death / Bcl-2 family protein complex / response to iron(II) ion / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / lysosome organization / mitotic metaphase chromosome alignment / apoptotic mitochondrial changes / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / Macroautophagy / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RSV-host interactions / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / p38MAPK cascade / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / autophagosome assembly / response to vitamin E / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / ectopic germ cell programmed cell death / neuron development / negative regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular defense response / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to glucose starvation / mitophagy / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / cellular response to copper ion / positive regulation of autophagy / response to cytokine / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / autophagosome / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to amino acid stimulus / macroautophagy / trans-Golgi network / response to lead ion / cellular response to gamma radiation / ISG15 antiviral mechanism / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / synaptic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX ...Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Lee, E.F. / Smith, B.J. / Smith, N.A. / Yao, S. / Fairlie, W.D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1049949 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT150100212 オーストラリア
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2019
タイトル: Structural insights into BCL2 pro-survival protein interactions with the key autophagy regulator BECN1 following phosphorylation by STK4/MST1.
著者: Lee, E.F. / Smith, N.A. / Soares da Costa, T.P. / Meftahi, N. / Yao, S. / Harris, T.J. / Tran, S. / Pettikiriarachchi, A. / Perugini, M.A. / Keizer, D.W. / Evangelista, M. / Smith, B.J. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2018年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年5月30日ID: 5VB4
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
C: Beclin-1
D: Beclin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2327
ポリマ－41,1264
非ポリマー1063
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.386, 109.386, 96.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 17703.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 2859.177 Da / 分子数: 2 / Mutation: T108D / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14457
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M MgCl2, 2.5M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→48.92 Å / Num. obs: 30476 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.63
反射 シェル解像度: 2.198→2.277 Å / Num. unique obs: 2914 / CC1/2: 0.483

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P1L

2p1l


解像度: 2.198→48.919 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 1997 6.56 %
Rwork0.2028 --
obs0.2047 30439 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→48.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 3 43 2648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8063596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.612928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1979-2.25280.34661330.31311894X-RAY DIFFRACTION95
2.2528-2.31370.35491400.28731991X-RAY DIFFRACTION100
2.3137-2.38180.30731390.26611997X-RAY DIFFRACTION100
2.3818-2.45870.29091410.26052002X-RAY DIFFRACTION100
2.4587-2.54660.29681420.25532019X-RAY DIFFRACTION100
2.5466-2.64850.2821410.2431999X-RAY DIFFRACTION100
2.6485-2.7690.23931410.22872028X-RAY DIFFRACTION100
2.769-2.9150.27531420.23732017X-RAY DIFFRACTION100
2.915-3.09760.26441430.23262040X-RAY DIFFRACTION100
3.0976-3.33670.25661420.22362019X-RAY DIFFRACTION100
3.3367-3.67240.24811450.20122053X-RAY DIFFRACTION100
3.6724-4.20360.2131460.16762073X-RAY DIFFRACTION100
4.2036-5.29510.19341460.16052087X-RAY DIFFRACTION100
5.2951-48.9310.18021560.18692223X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.801 Å / Origin y: -14.7867 Å / Origin z: 24.1974 Å
111213212223313233
T0.5049 Å2-0.0008 Å20.0516 Å2-0.296 Å2-0.0238 Å2--0.3956 Å2
L2.4279 °2-0.1924 °20.5648 °2-0.4449 °2-0.4499 °2--1.5931 °2
S0.0069 Å °0.0118 Å °-0.2757 Å °-0.0184 Å °-0.0681 Å °-0.0191 Å °0.3316 Å °0.0634 Å °0.0466 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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