PDB-6dcd: Mycobacterium marinum cytochrome P450 CYP150A6 in the substrate-f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dcd

タイトル

Mycobacterium marinum cytochrome P450 CYP150A6 in the substrate-free form

要素

Cytochrome P450 150A6 Cyp150A6

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / monooxygenase / heme protein

機能・相同性

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / iron ion binding / heme binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 150A6 Cyp150A6

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Child, S.A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: The characterisation of two members of the cytochrome P450 CYP150 family: CYP150A5 and CYP150A6 from Mycobacterium marinum.
著者: Child, S.A. / Flint, K.L. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.

履歴

登録	2018年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dcd.cif.gz	195.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dcd.ent.gz	154.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dcd_validation.pdf.gz	811.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dcd_full_validation.pdf.gz	815.5 KB	表示
XML形式データ	6dcd_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6dcd_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6onh-d 4e2p-d 6one-d 4dkq-d 5kyo-2 4dkr-2 4dko-1 2wh8-1 5kyo-1 4dkr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 150A6 Cyp150A6

ヘテロ分子

48.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.570, 80.570, 134.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Cytochrome P450 150A6 Cyp150A6 分子量: 47778.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: cyp150A6, MMAR_4694 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HFD6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 0.2 M ammonium phosphate, 20% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9857 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→48.47 Å / Num. obs: 74838 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22 % / B_iso Wilson estimate: 16.72 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.262 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.269 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 1649781 / Scaling rejects: 241

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.55-1.57	20.7	4.716	75645	3655	0.274	1.056	4.834	0.8	100
8.46-48.47	17.3	0.046	9358	542	0.999	0.011	0.048	44	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.6.2	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→48.47 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	3655	4.89 %
R_work	0.2219	-	-
obs	0.223	74763	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.98 Å² / B_iso mean: 25.4974 Å² / B_iso min: 8.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→48.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3231	0	43	384	3658
B_iso mean	-	-	24.34	39.27	-
残基数	-	-	-	-	406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.796	4760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.404	2121

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.545-1.5654	0.3233	138	0.3506	2703	2841
1.5654-1.5868	0.3513	151	0.3369	2695	2846
1.5868-1.6095	0.394	122	0.3375	2713	2835
1.6095-1.6335	0.3358	161	0.3259	2669	2830
1.6335-1.659	0.3059	129	0.3137	2724	2853
1.659-1.6862	0.3333	124	0.3077	2724	2848
1.6862-1.7153	0.3078	146	0.2962	2703	2849
1.7153-1.7465	0.3254	129	0.2844	2734	2863
1.7465-1.7801	0.3056	152	0.2792	2676	2828
1.7801-1.8164	0.293	155	0.2796	2680	2835
1.8164-1.8559	0.2952	161	0.2769	2697	2858
1.8559-1.8991	0.303	118	0.2668	2723	2841
1.8991-1.9466	0.239	143	0.2507	2700	2843
1.9466-1.9992	0.2448	151	0.2397	2743	2894
1.9992-2.0581	0.2646	124	0.2388	2734	2858
2.0581-2.1245	0.2711	145	0.2259	2724	2869
2.1245-2.2004	0.2164	123	0.2202	2728	2851
2.2004-2.2885	0.2125	142	0.2203	2733	2875
2.2885-2.3927	0.2529	126	0.212	2746	2872
2.3927-2.5188	0.2902	122	0.2116	2773	2895
2.5188-2.6766	0.2194	130	0.2154	2745	2875
2.6766-2.8832	0.2576	146	0.2111	2768	2914
2.8832-3.1734	0.224	132	0.2176	2780	2912
3.1734-3.6324	0.2337	173	0.1964	2753	2926
3.6324-4.5759	0.2014	147	0.1648	2809	2956
4.5759-48.4935	0.1837	165	0.1677	2931	3096

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.1475 Å / Origin y: 37.2014 Å / Origin z: 49.4131 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0578 Å²	0.0221 Å²	-0.0155 Å²	-	0.1219 Å²	-0.0292 Å²	-	-	0.093 Å²
L	0.2632 °²	0.068 °²	-0.1002 °²	-	-0.0354 °²	0.3689 °²	-	-	0.2129 °²
S	0.0019 Å °	0.0767 Å °	0.0339 Å °	0.0673 Å °	0.0127 Å °	0.0787 Å °	-0.1104 Å °	-0.1113 Å °	-0.0401 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 424
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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