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- PDB-6dbz: Crystal structure of Nudix 1 from Arabidopsis thaliana complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dbz
タイトルCrystal structure of Nudix 1 from Arabidopsis thaliana complexed with isopentenyl diphosphate
要素Nudix hydrolase 1
キーワードHYDROLASE / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase activity / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / 8-oxo-dGTP diphosphatase / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA damage response ...dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase activity / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / 8-oxo-dGTP diphosphatase / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA damage response / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPENTYL PYROPHOSPHATE / Nudix hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Noel, J.P. / Thomas, S.T. / Dudareva, N. / Henry, L.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)EEC-0813570 米国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: Contribution of isopentenyl phosphate to plant terpenoid metabolism.
著者: Henry, L.K. / Thomas, S.T. / Widhalm, J.R. / Lynch, J.H. / Davis, T.C. / Kessler, S.A. / Bohlmann, J. / Noel, J.P. / Dudareva, N.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nudix hydrolase 1
B: Nudix hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,97811
ポリマ－33,3122
非ポリマー6669
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.050, 72.751, 116.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nudix hydrolase 1 / AtNUDT1 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / ...AtNUDT1 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / Dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase / DHNTP pyrophosphohydrolase / NADH pyrophosphatase


分子量: 16655.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NUDT1, NUDX1, At1g68760, F14K14.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CA40, 8-oxo-dGTP diphosphatase, dihydroneopterin triphosphate diphosphatase, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-IPR / ISOPENTYL PYROPHOSPHATE / 二りん酸α-イソペンチル


分子量: 248.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14O7P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M succinic acid pH 5.0 20% PEG 4000 0.3 M magnesium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→72.75 Å / Num. obs: 36756 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.67→9.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
BOSデータ収集
精密化解像度: 1.9→61.691 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 2350 5.26 %
Rwork0.1867 --
obs0.1891 23898 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 35 192 2423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1173108
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.475858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93880.35891370.33432151X-RAY DIFFRACTION85
1.9388-1.9810.34431060.29952135X-RAY DIFFRACTION82
1.981-2.0270.31781130.25542222X-RAY DIFFRACTION86
2.027-2.07770.2776800.25112323X-RAY DIFFRACTION88
2.0777-2.13390.27491170.2192493X-RAY DIFFRACTION94
2.1339-2.19670.26421660.20422525X-RAY DIFFRACTION100
2.1967-2.26760.2611620.21962612X-RAY DIFFRACTION100
2.2676-2.34870.26221560.20772538X-RAY DIFFRACTION100
2.3487-2.44270.31651440.20642607X-RAY DIFFRACTION100
2.4427-2.55390.26241500.18612583X-RAY DIFFRACTION100
2.5539-2.68850.24971490.20162579X-RAY DIFFRACTION100
2.6885-2.8570.22381270.18342595X-RAY DIFFRACTION99
2.857-3.07760.24431310.17532597X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-3.38720.21231570.17382590X-RAY DIFFRACTION100
3.3872-3.87730.19611350.15572609X-RAY DIFFRACTION100
3.8773-4.88470.17441470.13692598X-RAY DIFFRACTION100
4.8847-61.72320.21730.19252553X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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