PDB-5gp0: Crystal structure of geraniol-NUDX1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gp0

タイトル

Crystal structure of geraniol-NUDX1 complex

要素

Nudix hydrolase 1

キーワード

HYDROLASE / geraniol / NUDX1 / Arabidopsis thaliana / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase activity / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA damage response / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Liu, J. / Guan, Z. / Zou, T. / Yin, P.

引用

ジャーナル: Mol Plant / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into the Substrate Recognition Mechanism of Arabidopsis GPP-Bound NUDX1 for Noncanonical Monoterpene Biosynthesis.
著者: Liu, J. / Guan, Z. / Liu, H. / Qi, L. / Zhang, D. / Zou, T. / Yin, P.

履歴

登録	2016年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gp0.cif.gz	246 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gp0.ent.gz	198.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gp0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wwdC 5wy6C 4kyxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3grc-d 3cg0-d 4i4x-d 2qjw-d 4yna-d 6agh-d 5gol-d 6xvy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

E: Nudix hydrolase 1

F: Nudix hydrolase 1

I: Nudix hydrolase 1

A: Nudix hydrolase 1

ヘテロ分子

67.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

E: Nudix hydrolase 1

F: Nudix hydrolase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Nudix hydrolase 1

A: Nudix hydrolase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.761, 83.582, 116.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Nudix hydrolase 1 / AtNUDT1 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / ...AtNUDT1 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase / 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Dihydroneopterin triphosphate diphosphatase / Dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolase / DHNTP pyrophosphohydrolase / NADH pyrophosphatase 分子量: 16582.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: NUDT1, NUDX1, At1g68760, F14K14.13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9CA40, 8-oxo-dGTP diphosphatase, dihydroneopterin triphosphate diphosphatase, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニル二りん酸分子量: 314.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₂₀O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Sodium acetate trihydrate, PEG 2000, Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 75230 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 15.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ収集
XDS		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KYX

4kyx

解像度: 1.702→44.681 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	3683	4.9 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.1845	75131	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.702→44.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4458	0	0	689	5147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	6398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.559	2835
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	661
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7016-1.724	0.2983	133	0.2604	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
1.724-1.7476	0.3018	137	0.2494	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7476-1.7726	0.2095	139	0.233	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7726-1.7991	0.2552	146	0.2187	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7991-1.8272	0.248	158	0.2182	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8272-1.8571	0.2797	156	0.2235	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8571-1.8892	0.2368	138	0.2167	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8892-1.9235	0.2394	131	0.2037	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9235-1.9605	0.2337	151	0.1939	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9605-2.0005	0.2061	140	0.1857	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0005-2.044	0.2063	124	0.1784	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.044-2.0916	0.2164	136	0.1766	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0916-2.1439	0.224	138	0.1689	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1439-2.2018	0.2239	141	0.1724	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2018-2.2666	0.2109	143	0.1762	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2666-2.3398	0.2079	138	0.1664	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3398-2.4234	0.165	131	0.1776	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4234-2.5204	0.2312	139	0.1815	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5204-2.6351	0.2063	118	0.1812	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6351-2.774	0.2108	140	0.186	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.774-2.9478	0.22	138	0.1824	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9478-3.1754	0.2012	159	0.1839	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1754-3.4948	0.201	151	0.174	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4948-4.0002	0.1819	142	0.166	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0002-5.0387	0.181	167	0.154	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0387-44.6961	0.2154	149	0.2088	2921	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.1898 Å / Origin y: -22.937 Å / Origin z: 1.1063 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1562 Å²	0.0023 Å²	0.0143 Å²	-	0.1204 Å²	-0.0021 Å²	-	-	0.1814 Å²
L	0.2448 °²	0.0519 °²	0.0111 °²	-	0.0017 °²	-0.026 °²	-	-	0.2861 °²
S	0.0128 Å °	0.0076 Å °	0.1167 Å °	0.004 Å °	-0.0105 Å °	0.0089 Å °	-0.025 Å °	-0.0079 Å °	-0.0012 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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