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- PDB-6dbs: Fusion surface structure, function, and dynamics of gamete fusoge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dbs
タイトルFusion surface structure, function, and dynamics of gamete fusogen HAP2
要素Hapless 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gamete fertilization / cell fusogens / Class II fusion proteins / hydrogen deuterium exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / cell projection membrane / protein insertion into membrane / cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Generative cell specific-1/HAP2 domain / Male gamete fusion factor / HAP2/GCS1
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Feng, J. / Dong, X. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)NIH grants R01-CA31798 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Fusion surface structure, function, and dynamics of gamete fusogen HAP2.
著者: Feng, J. / Dong, X. / Pinello, J. / Zhang, J. / Lu, C. / Iacob, R.E. / Engen, J.R. / Snell, W.J. / Springer, T.A.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hapless 2
C: Hapless 2
B: Hapless 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,88315
ポリマ－179,8083
非ポリマー4,07512
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area66440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.220, 117.600, 115.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hapless 2 / HAP2-GCS1 / HAP2 / Generative cell specific-1


分子量: 59936.090 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 23-582 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: HAP2, GCS1
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A4GRC6
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.35 M ammonium acetate
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.071951 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月11日 / 詳細: GM/CA
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.071951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 66071 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/av σ(I): 9.4 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 3.559 / Mean I/σ(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 4346 / CC1/2: 0.16 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXV1.0精密化
Blu-Ice5データ収集
Coot0.8.9モデル構築
AutoSolV1.0位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5MF1

5mf1


解像度: 2.602→48.995 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2757 1827 2.8 %
Rwork0.2372 --
obs0.2383 65203 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→48.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11615 0 265 95 11975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52816633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2147331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052113
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6022-2.67260.5171120.52074135X-RAY DIFFRACTION82
2.6726-2.75120.44311490.47244670X-RAY DIFFRACTION93
2.7512-2.840.48221240.44834795X-RAY DIFFRACTION97
2.84-2.94150.42131420.40794954X-RAY DIFFRACTION97
2.9415-3.05930.46791330.37454901X-RAY DIFFRACTION99
3.0593-3.19850.48741360.36674972X-RAY DIFFRACTION98
3.1985-3.36710.38941510.33334939X-RAY DIFFRACTION98
3.3671-3.5780.31791440.28024939X-RAY DIFFRACTION98
3.578-3.85410.41131580.25134955X-RAY DIFFRACTION99
3.8541-4.24180.24871460.2264995X-RAY DIFFRACTION99
4.2418-4.85510.19311410.17875026X-RAY DIFFRACTION99
4.8551-6.1150.20961430.19295008X-RAY DIFFRACTION99
6.115-49.00330.23521480.19235087X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.73760.63820.63321.99321.71224.05470.1480.3248-0.33380.29570.1799-0.83140.28590.6386-0.16590.64420.09210.03871.04570.08831.3624265.147548.182824.9617
26.07550.31-2.1321.4789-0.17391.86790.0745-0.4341-0.31610.2198-0.08820.35960.017-0.38820.05720.6148-0.00950.07581.00310.08591.1355209.283344.806839.2481
36.0821-3.46780.9664.06010.45542.6327-0.11940.5331-0.82380.2397-0.08140.12110.0539-0.04020.14420.708-0.06750.15360.9716-0.13561.0781230.691936.681310.565
42.05410.0684-0.36081.8744-1.7455.28640.0476-0.13370.36560.0206-0.337-0.6374-0.84110.96790.19110.7926-0.19280.19471.1266-0.00771.2639261.798274.287415.8055
55.6588-0.6496-1.38681.02170.44521.74270.1859-0.09530.10250.1927-0.03470.383-0.2426-0.3866-0.14070.7015-0.08330.21291.0431-0.07521.0741209.889770.952440.9505
67.64115.6042-0.00536.0732-1.51842.33230.0681-0.7279-0.0645-0.0798-0.1716-0.104-0.07390.16770.10070.58030.03790.03931.12680.02240.8436243.807858.122846.476
73.1844-2.2112-0.86267.76261.08731.45360.2450.24790.0191-1.0228-0.1627-0.77480.12670.2949-0.0460.74320.09360.18361.2723-0.03810.9332255.717452.8167-0.8656
86.5090.6402-1.4180.9095-0.42791.54890.14170.1524-0.020.0506-0.10870.4881-0.1112-0.4597-0.01860.64480.09150.10941.2126-0.03290.9914201.795559.489118.8092
91.1878-0.5307-3.1013.37931.16128.04340.39180.44090.6289-0.13940.08790.0658-0.242-0.3541-0.49880.57350.04270.1420.93160.15851.0666230.890980.481511.0826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 23:104 or resseq 231:312 or resseq 445:465)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 105:194 or resseq 205:230 or resseq 313:444)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 466:588
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resseq 23:104 or resseq 231:312 or resseq 445:465)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resseq 105:194 or resseq 205:230 or resseq 313:444)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resseq 466:588
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resseq 23:104 or resseq 231:312 or resseq 445:465)
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resseq 105:194 or resseq 205:230 or resseq 313:444)
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resseq 466:588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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