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万見
- PDB-6dbm: Tyk2 with compound 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dbm
タイトルTyk2 with compound 23
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G4J / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.368 Å
データ登録者Vajdos, F.F.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Dual Inhibition of TYK2 and JAK1 for the Treatment of Autoimmune Diseases: Discovery of (( S)-2,2-Difluorocyclopropyl)((1 R,5 S)-3-(2-((1-methyl-1 H-pyrazol-4-yl)amino)pyrimidin-4-yl)- ...タイトル: Dual Inhibition of TYK2 and JAK1 for the Treatment of Autoimmune Diseases: Discovery of (( S)-2,2-Difluorocyclopropyl)((1 R,5 S)-3-(2-((1-methyl-1 H-pyrazol-4-yl)amino)pyrimidin-4-yl)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl)methanone (PF-06700841).
著者: Fensome, A. / Ambler, C.M. / Arnold, E. / Banker, M.E. / Brown, M.F. / Chrencik, J. / Clark, J.D. / Dowty, M.E. / Efremov, I.V. / Flick, A. / Gerstenberger, B.S. / Gopalsamy, A. / Hayward, M. ...著者: Fensome, A. / Ambler, C.M. / Arnold, E. / Banker, M.E. / Brown, M.F. / Chrencik, J. / Clark, J.D. / Dowty, M.E. / Efremov, I.V. / Flick, A. / Gerstenberger, B.S. / Gopalsamy, A. / Hayward, M.M. / Hegen, M. / Hollingshead, B.D. / Jussif, J. / Knafels, J.D. / Limburg, D.C. / Lin, D. / Lin, T.H. / Pierce, B.S. / Saiah, E. / Sharma, R. / Symanowicz, P.T. / Telliez, J.B. / Trujillo, J.I. / Vajdos, F.F. / Vincent, F. / Wan, Z.K. / Xing, L. / Yang, X. / Yang, X. / Zhang, L.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9402
ポリマ－36,5511
非ポリマー3891
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.238, 73.317, 101.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 36550.570 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 変異: C936A, C1142A, Q969A, E971A, K972A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-G4J / [(1S)-2,2-difluorocyclopropyl][(1R,5S)-3-{2-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]methanone


分子量: 389.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21F2N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.5, 0.25 M NaCl, 10 mM TCEP, 27-33% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.368→101.224 Å / Num. all: 10734 / Num. obs: 10734 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.126 / Rsym value: 0.103 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 54511
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.368-2.53.80.3212.4480612510.1970.4130.3213.276.9
2.5-2.654.20.2573564713340.1460.3230.2574.386.4
2.65-2.834.40.2033.7576113030.1170.2590.2035.788.3
2.83-3.064.70.155.1633613370.0870.1940.157.897.3
3.06-3.355.30.1295.6673312630.070.1610.12911.4100
3.35-3.745.70.1076660711590.0540.1290.10717.6100
3.74-4.326.20.0916.3653310490.0420.1060.09125.8100
4.32-5.296.10.0777.454338880.0350.0890.07730.2100
5.29-7.4960.0757.543247150.0350.0860.07528.9100
7.49-101.2245.40.03417.423314350.0170.040.03440.499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化解像度: 2.368→50.612 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 544 5.09 %
Rwork0.201 10151 -
obs0.2042 10695 92.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.05 Å2 / Biso mean: 28.69 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.368→50.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 28 100 2355
Biso mean--18.33 27.8 -
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6413160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.618882
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3677-2.6060.35321170.25422149226680
2.606-2.9830.28961210.24422423254490
2.983-3.75810.28761550.19627092864100
3.7581-50.62350.21351510.173328703021100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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