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- PDB-2p4i: Evolution of a highly Selective and Potent 2-(Pyridin-2-yl)-1,3,5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p4i
タイトルEvolution of a highly Selective and Potent 2-(Pyridin-2-yl)-1,3,5-triazine Tie-2 Kinase Inhibitor
要素Angiopoietin-1 receptor
キーワードTRANSFERASE / Tie-2 Kinase Inhibitor triazine
機能・相同性
機能・相同性情報


Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of vascular permeability / endochondral ossification / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / endothelial cell proliferation / sprouting angiogenesis ...Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of vascular permeability / endochondral ossification / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / endothelial cell proliferation / sprouting angiogenesis / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of Rho protein signal transduction / growth factor binding / positive regulation of Rac protein signal transduction / microvillus / centriolar satellite / positive regulation of focal adhesion assembly / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / Tie2 Signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of angiogenesis / basal plasma membrane / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of inflammatory response / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / cell-cell junction / cell-cell signaling / signaling receptor activity / heart development / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / basolateral plasma membrane / histone H3Y41 kinase activity / histone H2AXY142 kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to hypoxia / receptor complex / protein kinase activity / apical plasma membrane / membrane raft / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MR9 / Angiopoietin-1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bellon, S.F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Evolution of a highly selective and potent 2-(pyridin-2-yl)-1,3,5-triazine Tie-2 kinase inhibitor.
著者: Hodous, B.L. / Geuns-Meyer, S.D. / Hughes, P.E. / Albrecht, B.K. / Bellon, S. / Bready, J. / Caenepeel, S. / Cee, V.J. / Chaffee, S.C. / Coxon, A. / Emery, M. / Fretland, J. / Gallant, P. / ...著者: Hodous, B.L. / Geuns-Meyer, S.D. / Hughes, P.E. / Albrecht, B.K. / Bellon, S. / Bready, J. / Caenepeel, S. / Cee, V.J. / Chaffee, S.C. / Coxon, A. / Emery, M. / Fretland, J. / Gallant, P. / Gu, Y. / Hoffman, D. / Johnson, R.E. / Kendall, R. / Kim, J.L. / Long, A.M. / Morrison, M. / Olivieri, P.R. / Patel, V.F. / Polverino, A. / Rose, P. / Tempest, P. / Wang, L. / Whittington, D.A. / Zhao, H.
履歴
登録2007年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-1 receptor
B: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6364
ポリマ－72,5072
非ポリマー1,1292
水3,207178
1
A: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8182
ポリマ－36,2531
非ポリマー5651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8182
ポリマ－36,2531
非ポリマー5651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.262, 63.189, 175.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALTYRTYRAA838 - 90431 - 97
21GLYGLYTYRTYRBB836 - 90429 - 97
12ALAALAASPASPAA905 - 111798 - 310
22ALAALAASPASPBB905 - 111798 - 310

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-1 receptor / Tyrosine-protein kinase receptor TIE-2 / hTIE2 / Tyrosine-protein kinase receptor TEK / p140 TEK / ...Tyrosine-protein kinase receptor TIE-2 / hTIE2 / Tyrosine-protein kinase receptor TEK / p140 TEK / Tunica interna endothelial cell kinase / CD202b antigen


分子量: 36253.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEK, TIE2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02763, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MR9 / 4-METHYL-3-({3-[2-(METHYLAMINO)PYRIMIDIN-4-YL]PYRIDIN-2-YL}OXY)-N-[2-MORPHOLIN-4-YL-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]BENZAMIDE


分子量: 564.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 14-18% PEG 3350, 0.2M tri-Potassium Citrate (pH 6.5-7.5) and 2% isopropanol., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月23日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 24255 / Num. obs: 22844 / % possible obs: 94.18 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1897 / % possible all: 76.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 10.683 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.538 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30315 1224 5.1 %RANDOM
Rwork0.24558 ---
all0.24846 24255 --
obs0.24846 22844 94.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3965 0 82 178 4225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9855613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5495500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01623.778180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.05315659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4651525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22826
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5431.52613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9524024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05931793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6714.51589
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1303medium positional0.540.5
21596medium positional0.510.5
1303medium thermal0.872
21596medium thermal0.822
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 71 -
Rwork0.286 1241 -
obs-1312 70.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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