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- PDB-6dbf: Crystal Structure of VHH R303 in complex with InlB-LRR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dbf
タイトルCrystal Structure of VHH R303 in complex with InlB-LRR
要素
  • InlB specific VHH R303
  • Listeria virulence factor InlB
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody VHH Listeria Internalin
機能・相同性
機能・相同性情報


entry of bacterium into host cell / peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal ...GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Internalin B / InlB
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Toride King, M. / Huh, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)SC3GM112532 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of VHH-mediated neutralization of the food-borne pathogenListeria monocytogenes.
著者: King, M.T. / Huh, I. / Shenai, A. / Brooks, T.M. / Brooks, C.L.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Listeria virulence factor InlB
B: InlB specific VHH R303


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4652
ポリマ－41,4652
非ポリマー00
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.964, 82.964, 64.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Listeria virulence factor InlB


分子量: 25678.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
プラスミド: pET15-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q45GD4, UniProt: P0DQD3*PLUS
#2: 抗体 InlB specific VHH R303


分子量: 15786.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
プラスミド: pJSJF2H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, 25% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→58.664 Å / Num. obs: 62224 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.597.40.4334.3196.9
6.93-58.6670.03434.4194.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DBA, 1OTM

6dba

1otm


解像度: 1.55→58.664 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1626 3156 5.08 %
Rwork0.1375 --
obs0.1387 62183 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.37 Å2 / Biso mean: 26.3228 Å2 / Biso min: 10.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→58.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2523 0 0 382 2905
Biso mean---39.38 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3743641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7861631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.57320.18331300.18192527265796
1.5732-1.59770.2431320.16912516264897
1.5977-1.62390.20681330.16752518265197
1.6239-1.65190.18211370.16462555269297
1.6519-1.6820.16711660.15692456262297
1.682-1.71430.19131260.15092550267697
1.7143-1.74930.19521310.14472579271098
1.7493-1.78740.17031290.15312511264097
1.7874-1.8290.17441320.14552541267398
1.829-1.87470.17411520.14242566271898
1.8747-1.92540.19081490.13812523267298
1.9254-1.9820.15491300.1342596272699
1.982-2.0460.13751350.12652554268998
2.046-2.11910.15371240.12562563268799
2.1191-2.2040.14831360.12722588272498
2.204-2.30430.13971320.12792595272799
2.3043-2.42580.15351180.12442598271699
2.4258-2.57780.15191430.12722593273699
2.5778-2.77680.16071530.13825762729100
2.7768-3.05620.16471470.13442610275799
3.0562-3.49840.15261530.128626132766100
3.4984-4.40750.13541250.122526472772100
4.4075-58.70650.19431430.16312652279598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61850.8575-0.43181.9397-1.38351.86160.0179-0.0944-0.14160.12120.07430.13380.1174-0.1248-0.08320.2088-0.0070.01080.14210.01290.1678-3.908340.90135.8141
22.7854-0.97870.85533.0551-0.63232.62420.0048-0.10560.00880.04380.07990.30790.1138-0.2384-0.06950.1345-0.0270.02330.14430.02880.1768-3.031456.933629.0433
31.4495-0.1974-0.29131.5091-0.27631.3249-0.007-0.03850.07020.01690.03620.0267-0.0051-0.0054-0.02720.1166-0.0020.01270.11360.00210.13241.613768.737725.2815
41.73180.18690.65342.99040.9484.0130.0784-0.0620.0727-0.1276-0.0189-0.0134-0.0218-0.1789-0.03730.1197-0.01520.03880.17990.03510.16469.296573.999719.3992
54.5548-0.23322.46760.699-0.21862.87150.50230.7322-0.2041-0.0942-0.2471-0.15620.65290.7248-0.19420.25440.0949-0.0190.3619-0.09420.278632.651846.952323.9449
62.0276-0.6081.9851.6034-1.02962.0791-0.04680.48570.02760.01260.0322-0.23690.08070.54650.04340.19460.05490.01390.4115-0.01930.220430.305851.756120.7299
73.2011-1.1131.14342.3787-0.69843.21520.2110.2638-0.1396-0.282-0.08310.07830.27210.095-0.18370.15480.0029-0.01610.1568-0.02240.144519.989253.993822.2345
84.0398-0.22790.01414.1641-1.27184.5658-0.0353-0.10940.12830.17960.13820.16080.1122-0.1688-0.11950.1326-0.0032-0.00410.141-0.00890.146222.232855.850130.2758
92.54211.2141-3.77893.93280.17347.73760.1194-1.01441.19940.59440.0674-0.1745-0.99940.0907-0.19520.34050.0371-0.05330.2956-0.11160.28729.465756.640538.4256
103.0422-0.10891.62562.53480.07565.29010.08460.55320.3272-0.1074-0.0615-0.283-0.19020.4579-0.03610.12530.00670.03040.28270.03440.208429.849557.828222.4863
116.15393.8942-1.16328.8694-1.19684.87480.1681-0.7065-0.2140.214-0.0028-0.11710.30990.3772-0.19050.19420.0386-0.09090.26690.01130.256635.53748.201837.1344
123.0915-0.70291.00471.33340.16841.44350.1260.1563-0.07570.0147-0.072-0.10070.0450.1042-0.04930.13320.0044-0.00010.1302-0.00540.150217.955952.106926.8123
137.3571-0.60.19842.8993-2.1313.38310.17320.4749-0.44930.1406-0.0071-0.09410.31930.2351-0.13430.1580.0157-0.0320.1567-0.06740.188117.056546.072923.9795
147.1522-1.13784.13762.7664-1.63244.82420.1671-0.0534-0.47080.3671-0.0733-0.25760.27940.1908-0.04180.31090.1449-0.20820.3107-0.11450.471635.738941.782832.0083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 124 )A37 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 125 through 158 )A125 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 224 )A159 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 225 through 244 )A225 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 17 )B1 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 18 through 25 )B18 - 25
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 26 through 39 )B26 - 39
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 40 through 60 )B40 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 61 through 67 )B61 - 67
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 68 through 83 )B68 - 83
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 84 through 91 )B84 - 91
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 92 through 107 )B92 - 107
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 108 through 116 )B108 - 116
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 117 through 123 )B117 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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