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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dbf | ||||||
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Title | Crystal Structure of VHH R303 in complex with InlB-LRR | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / nanobody VHH Listeria Internalin | ||||||
Function / homology | ![]() entry of bacterium into host cell / peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brooks, C.L. / Toride King, M. / Huh, I. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of VHH-mediated neutralization of the food-borne pathogenListeria monocytogenes. Authors: King, M.T. / Huh, I. / Shenai, A. / Brooks, T.M. / Brooks, C.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 209.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 170.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6dbaSC ![]() 6dbdC ![]() 6dbeC ![]() 6dbgC ![]() 1otmS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25678.355 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 15786.411 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1 M Tris, 25% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2012 Details: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips | ||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→58.664 Å / Num. obs: 62224 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.3 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6DBA, 1OTM Resolution: 1.55→58.664 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.37 Å2 / Biso mean: 26.3228 Å2 / Biso min: 10.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→58.664 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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