PDB-6dba: Crystal Structure of VHH R303

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dba

タイトル

Crystal Structure of VHH R303

要素

nanobody VHH R303

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody VHH Listeria

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Brooks, C.L. / Toride King, M. / Huh, I.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of VHH-mediated neutralization of the food-borne pathogenListeria monocytogenes.
著者: King, M.T. / Huh, I. / Shenai, A. / Brooks, T.M. / Brooks, C.L.

履歴

登録	2018年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2019年11月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dba.cif.gz	160.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dba.ent.gz	127.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6dba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6dba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dbdC 6dbeC 6dbfC 6dbgC 3stbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qxv-3 4zg1-5 3lrh-4 3b9v-3 3qxt-2 6xxn-1 3qxv-1 4zg1-3 6xxn-7 1g9e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: nanobody VHH R303

B: nanobody VHH R303

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: nanobody VHH R303

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: nanobody VHH R303

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.442, 31.193, 74.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 1 - 123 / Label seq-ID: 1 - 123

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B

#1: 抗体	nanobody VHH R303 分子量: 15786.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) プラスミド: pSJF2H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips

放射

モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→40.59 Å / Num. obs: 52542 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.3-1.35	2.4	0.349	2.5	1	95.4
5.81-40.59	2.8	0.028	18.3	1	86.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3STB

3stb

解像度: 1.3→40.588 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	2672	5.09 %
R_work	0.1612	-	-
obs	0.1622	52498	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.35 Å² / B_iso mean: 23.3894 Å² / B_iso min: 8.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→40.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1894	0	0	358	2252
B_iso mean	-	-	-	35.41	-
残基数	-	-	-	-	246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1994
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.591	2706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.153	698

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1392	X-RAY DIFFRACTION	9.494	TORSIONAL
1	2	B	1392	X-RAY DIFFRACTION	9.494	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3236	0.2876	127	0.2648	2437	2564	94
1.3236-1.3491	0.2761	137	0.2605	2597	2734	99
1.3491-1.3766	0.2501	136	0.2336	2637	2773	100
1.3766-1.4066	0.2314	134	0.2111	2630	2764	100
1.4066-1.4393	0.2021	169	0.1924	2620	2789	100
1.4393-1.4753	0.2161	138	0.1755	2625	2763	100
1.4753-1.5152	0.1937	154	0.1759	2586	2740	100
1.5152-1.5598	0.2034	130	0.1736	2696	2826	100
1.5598-1.6101	0.1641	131	0.1627	2601	2732	100
1.6101-1.6677	0.1721	136	0.1556	2630	2766	100
1.6677-1.7344	0.1789	155	0.1542	2665	2820	100
1.7344-1.8134	0.2268	144	0.1556	2633	2777	100
1.8134-1.909	0.1729	155	0.1548	2617	2772	100
1.909-2.0286	0.1746	139	0.152	2653	2792	100
2.0286-2.1852	0.1546	133	0.1504	2660	2793	100
2.1852-2.4051	0.1753	148	0.1519	2669	2817	100
2.4051-2.753	0.1743	160	0.155	2652	2812	99
2.753-3.4682	0.1781	110	0.1493	2687	2797	99
3.4682-40.6081	0.1734	136	0.1593	2531	2667	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7342	-0.1325	1.3057	0.0662	-0.3244	2.5114	0.0215	0.3884	-0.3897	-0.3114	-0.0146	-0.2658	0.406	0.617	-0.1003	0.2666	-0.018	0.0797	0.2541	-0.0717	0.2247	15.3798	-3.7599	-1.4091
2	1.1556	0.0969	0.4567	1.3353	-0.6511	3.9995	-0.0769	-0.1065	-0.0149	0.1215	-0.1135	-0.3315	-0.2123	0.277	0.0939	0.1102	-0.0176	0.012	0.2004	-0.009	0.1589	18.8327	-2.8951	14.3912
3	2.1783	-0.6073	0.5993	1.2742	-0.471	2.6061	0.0134	-0.0272	-0.0066	-0.0496	0.0428	0.0263	-0.0205	-0.0958	-0.0587	0.1012	-0.0058	0.0197	0.1095	-0.0226	0.098	6.6364	1.7613	6.6646
4	3.08	0.3798	0.3997	2.5483	-0.1243	1.9304	-0.0845	-0.4223	0.1536	0.0763	0.0326	-0.0797	-0.3239	0.0179	0.0322	0.1601	0.0112	0.0134	0.1635	-0.0545	0.1585	9.657	5.7894	16.111
5	1.4949	0.0903	0.3081	1.5196	-0.4348	2.4831	0.023	-0.0895	0.0852	0.0917	0.0395	-0.2223	-0.2312	0.1178	-0.071	0.1303	-0.0111	0.0114	0.1489	-0.0339	0.1621	14.8878	1.5023	13.9576
6	1.4827	-0.1778	0.9268	1.1305	-0.8326	2.331	0.0741	0.014	-0.0326	-0.0141	-0.029	0.0157	0.01	0.0487	-0.0683	0.1155	-0.0026	0.0122	0.1083	-0.0178	0.1093	6.8002	-3.2269	6.671
7	6.7303	0.7872	6.1331	0.1566	0.837	5.8097	0.1664	-0.956	-0.4087	0.4414	-0.1079	0.0351	0.4624	-0.979	-0.1647	0.3002	-0.0644	-0.0229	0.2866	0.0509	0.2033	-16.5121	-4.9215	38.1815
8	1.2819	0.0355	1.078	0.9455	0.6179	5.7412	-0.0186	-0.0625	-0.135	0.0492	-0.1509	0.087	-0.2132	-0.3686	0.1051	0.1265	0.0034	0.0022	0.2129	-0.0274	0.163	-20.6327	-2.4486	23.3686
9	3.0393	0.3271	1.1982	2.4591	-0.2372	1.8627	0.0232	-0.2544	0.018	0.1981	-0.0024	-0.119	-0.1385	-0.187	-0.0216	0.132	0.0127	-0.0296	0.1181	-0.0019	0.1261	-11.2333	2.4045	36.0044
10	2.5639	0.8208	0.9474	2.8704	0.6699	3.8413	-0.1124	0.2796	-0.0914	-0.1491	0.0219	-0.1237	-0.1595	0.2885	0.0714	0.1116	-0.0091	-0.0162	0.1257	0.0001	0.1678	-7.7044	3.1755	27.2747
11	3.5213	-0.8397	0.623	2.9516	1.5589	3.0111	-0.2659	0.0616	0.3368	-0.0891	0.0872	-0.1396	-0.4839	0.3692	0.2029	0.202	-0.0159	-0.0231	0.1438	0.0185	0.1697	-12.796	6.7285	21.5416
12	1.6972	0.3681	-0.6062	1.1507	-0.1591	5.4772	-0.0335	-0.1596	0.1267	0.1107	-0.0591	0.2173	-0.4017	-0.7359	0.0857	0.1869	0.0516	0.0131	0.2505	-0.0492	0.1588	-20.0286	4.8593	31.0548
13	2.7086	-2.365	0.1484	3.3881	0.7156	1.6795	0.0334	0.5259	0.0543	-0.1826	-0.0098	-0.2907	-0.2504	0.1895	-0.1166	0.147	0.0162	0.0383	0.2312	-0.0579	0.1826	-13.8316	-2.5613	13.6537
14	1.2503	0.0827	0.7786	0.9706	0.4424	2.2413	0.1499	-0.0136	-0.2165	0.1675	-0.0397	-0.2298	0.1206	-0.0623	-0.0801	0.1333	0.0036	-0.0357	0.0944	0.0008	0.1889	-8.6041	-2.6432	30.6679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 25 )	A	8 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 60 )	A	26 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 73 )	A	61 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 91 )	A	74 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 123 )	A	92 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 7 )	B	1 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 8 through 25 )	B	8 - 25
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 26 through 39 )	B	26 - 39
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 60 )	B	40 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 61 through 73 )	B	61 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 74 through 83 )	B	74 - 83
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 84 through 91 )	B	84 - 91
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 92 through 123 )	B	92 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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