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万見
- PDB-6dam: Crystal structure of lanthanide-dependent methanol dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dam
タイトルCrystal structure of lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF from Methylomicrobium buryatense 5G
要素Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / PQQ / methanol / XoxF / lanthanide / lanthanum / methanotroph
機能・相同性
機能・相同性情報


lanthanide-dependent methanol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat ...Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LANTHANUM (III) ION / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomicrobium buryatense 5G (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Deng, Y. / Ro, S.Y. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM118035 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure and function of the lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF from the methanotroph Methylomicrobium buryatense 5GB1C.
著者: Deng, Y.W. / Ro, S.Y. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7714
ポリマ－67,2791
非ポリマー4923
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.347, 92.283, 191.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1231-

HOH

21A-1272-

HOH

31A-1295-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lanthanide-dependent methanol dehydrogenase XoxF


分子量: 67278.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylomicrobium buryatense 5G (バクテリア)
Plasmid details: Lidstrom Lab / 参照: UniProt: A0A3F2YLY8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン


分子量: 138.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: La
#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.41 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, and 20% PEG 8000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.979
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.968
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2017年6月6日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2017年6月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.9681
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 39629 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 9.7 % / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 51
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / CC1/2: 0.854 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.865 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAE

4mae


解像度: 1.85→27.674 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 2013 5.08 %
Rwork0.1515 37608 -
obs0.1531 39621 93.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.32 Å2 / Biso mean: 22.2327 Å2 / Biso min: 10.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→27.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 0 26 497 4901
Biso mean--19.57 31.75 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8916175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.572578
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8501-1.89630.2695950.22972308240381
1.8963-1.94760.25171360.19872345248183
1.9476-2.00490.19161320.18262443257586
2.0049-2.06960.23731230.17572533265689
2.0696-2.14350.19971480.17392609275792
2.1435-2.22930.22231450.17012641278693
2.2293-2.33070.21081160.15762689280594
2.3307-2.45350.21371530.15932693284695
2.4535-2.60710.1871740.16152749292397
2.6071-2.80830.20521550.16162860301599
2.8083-3.09050.16471560.15628733029100
3.0905-3.5370.1751510.142628953046100
3.537-4.45320.1361670.12129233090100
4.4532-27.67660.16061620.131430473209100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49060.0131-0.11770.53560.10130.68530.03090.02570.0567-0.0412-0.01120.0634-0.0195-0.1238-0.00320.14120.0215-0.00810.1745-0.01430.1461-8.4542112.948421.8475
20.8390.2414-0.23770.87880.28561.20930.0363-0.0569-0.0306-0.032-0.00360.02470.106-0.1623-0.01960.1459-0-0.02440.14760.00220.1253-0.5022104.366337.3703
30.55910.35290.07050.63940.00491.13520.0278-0.0028-0.01030.0107-0.0214-0.0412-0.00790.1208-0.00530.11970.0216-0.01340.13950.00090.133612.8748114.116835.6807
40.65040.24830.0070.59230.01671.00820.03590.08510.0571-0.071-0.0208-0.0053-0.0807-0.0012-0.00990.14840.03830.0110.16020.00550.14154.0784121.802312.2654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 413 through 515 )A413 - 515
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 516 through 617 )A516 - 617
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 168 )A27 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 169 through 412 )A169 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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