[日本語] English
万見
- PDB-6da0: Crystal structure of glucokinase (NfHK) from Naegleria fowleri -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6da0
タイトルCrystal structure of glucokinase (NfHK) from Naegleria fowleri
要素Glucokinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Naegleria fowleri / Glucokinase / NfHK / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glucokinase / glucokinase activity / D-glucose binding / glycolytic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glucokinase / Glucokinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / beta-D-glucopyranose / Glucokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Enzymatic and Structural Characterization of theNaegleria fowleriGlucokinase.
著者: Milanes, J.E. / Suryadi, J. / Abendroth, J. / Van Voorhis, W.C. / Barrett, K.F. / Dranow, D.M. / Phan, I.Q. / Patrick, S.L. / Rozema, S.D. / Khalifa, M.M. / Golden, J.E. / Morris, J.C.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1323
ポリマ－50,4461
非ポリマー6862
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area17260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)202.480, 202.480, 68.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

21A-792-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glucokinase


分子量: 50445.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
プラスミド: NafoA.19900.a.B11
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A384E136*PLUS, glucokinase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13.78 mg/mL NafoA.19900.a.B11.PW39443 + 2 mM magnesium chloride, AMPPNP, beta-D-glucose + Molecular Dimensions Morpheus screen, C8 (12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM ...詳細: 13.78 mg/mL NafoA.19900.a.B11.PW39443 + 2 mM magnesium chloride, AMPPNP, beta-D-glucose + Molecular Dimensions Morpheus screen, C8 (12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM sodium nitrate, 0.3 M disodium hydrogen phosphate, 0.3 M ammonium sulfate, 100 mM bicine/Trizma base, pH 8.5), cryoprotection: direct, tray 299931c8, puck VSZ1-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.276 Å / Num. obs: 36362 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.108 % / Biso Wilson estimate: 28.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 17.95
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.265.2960.5723.2726420.8680.63399.7
2.26-2.326.940.5184.5625960.9420.559100
2.32-2.397.2470.455.3325330.9460.483100
2.39-2.467.2640.4065.9424630.9590.436100
2.46-2.547.2570.3476.7423740.9690.373100
2.54-2.637.2540.2748.4323070.9780.294100
2.63-2.737.2760.2319.5722140.9860.248100
2.73-2.847.3150.20210.8421410.9880.21799.9
2.84-2.977.3410.14314.4420480.9930.153100
2.97-3.117.3270.11916.5719850.9950.12899.9
3.11-3.287.3390.09220.8218890.9970.09999.7
3.28-3.487.2950.07226.2617710.9980.07799.8
3.48-3.727.3250.05931.5116680.9980.06499.7
3.72-4.027.3120.04836.4615940.9990.05299.9
4.02-4.47.2890.0441.1414370.9990.04399.5
4.4-4.927.3110.03644.4213210.9990.03999.3
4.92-5.687.2760.0440.1611600.9990.04498.8
5.68-6.967.2220.04436.739960.9990.04898.4
6.96-9.847.1640.02948.1478010.03197
9.84-45.2766.5060.02359.9544310.02592.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
MoRDa位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 5BRH & 1SZ2

5brh

1sz2


解像度: 2.2→45.276 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1872 2015 5.54 %0
Rwork0.1539 ---
obs0.1557 36357 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.62 Å2 / Biso mean: 35.4694 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→45.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 43 365 3402
Biso mean--48.97 45.2 -
残基数----378
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.25510.24431410.205724092550100
2.2551-2.3160.23141340.187124292563100
2.316-2.38420.2351600.177724252585100
2.3842-2.46110.22471470.169924292576100
2.4611-2.54910.19291420.172324282570100
2.5491-2.65110.22221360.164224372573100
2.6511-2.77180.22371440.171124342578100
2.7718-2.91790.19361410.162124262567100
2.9179-3.10070.19261320.158424802612100
3.1007-3.340.17871450.152124492594100
3.34-3.6760.1481390.136224732612100
3.676-4.20760.15641450.126924772622100
4.2076-5.29980.15471470.13162491263899
5.2998-45.28550.20511620.16572555271797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68730.570.25730.9208-0.06341.1795-0.02440.1131-0.1024-0.10620.0006-0.21310.0860.25840.02540.17160.02730.02710.2165-0.00260.216370.727250.3758-2.3221
26.86180.9255-0.40611.5706-0.0221.22650.0572-0.53270.18810.0492-0.0763-0.1178-0.05860.2370.01520.1898-0.01920.01080.3579-0.030.176789.093957.227118.9861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 151 through 400 )A151 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 150 )A23 - 150

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る