+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6da0 | ||||||
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Title | Crystal structure of glucokinase (NfHK) from Naegleria fowleri | ||||||
Components | Glucokinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Naegleria fowleri / Glucokinase / NfHK / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucokinase / glucokinase activity / D-glucose binding / glycolytic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Naegleria fowleri (brain-eating amoeba) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Antimicrob.Agents Chemother. / Year: 2019 Title: Enzymatic and Structural Characterization of theNaegleria fowleriGlucokinase. Authors: Milanes, J.E. / Suryadi, J. / Abendroth, J. / Van Voorhis, W.C. / Barrett, K.F. / Dranow, D.M. / Phan, I.Q. / Patrick, S.L. / Rozema, S.D. / Khalifa, M.M. / Golden, J.E. / Morris, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6da0.cif.gz | 180.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6da0.ent.gz | 139.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6da0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6da0_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6da0_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6da0_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6da0_validation.cif.gz | 29.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6da0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6da0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1sz2S 5brhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50445.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Naegleria fowleri (brain-eating amoeba) Plasmid: NafoA.19900.a.B11 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A384E136*PLUS, glucokinase |
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#2: Sugar | ChemComp-BGC / |
#3: Chemical | ChemComp-ANP / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 65 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 13.78 mg/mL NafoA.19900.a.B11.PW39443 + 2 mM magnesium chloride, AMPPNP, beta-D-glucose + Molecular Dimensions Morpheus screen, C8 (12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM ...Details: 13.78 mg/mL NafoA.19900.a.B11.PW39443 + 2 mM magnesium chloride, AMPPNP, beta-D-glucose + Molecular Dimensions Morpheus screen, C8 (12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM sodium nitrate, 0.3 M disodium hydrogen phosphate, 0.3 M ammonium sulfate, 100 mM bicine/Trizma base, pH 8.5), cryoprotection: direct, tray 299931c8, puck VSZ1-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→45.276 Å / Num. obs: 36362 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.108 % / Biso Wilson estimate: 28.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 17.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entries 5BRH & 1SZ2 Resolution: 2.2→45.276 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.62 Å2 / Biso mean: 35.4694 Å2 / Biso min: 11.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→45.276 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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