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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d9y
タイトルCrystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum with partially occupied NAD
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / short chain dehydrogenase/reductase family / NAD / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a short chain dehydrogenase/reductase SDR from Burkholderia phymatum with partially occupied NAD
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,53013
ポリマ－55,2452
非ポリマー1,28511
水11,385632
1
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,06026
ポリマ－110,4914
非ポリマー2,57022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area20670 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area31360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.900, 131.900, 66.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 27622.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (strain DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815) (バクテリア)
株: DSM 17167 / CIP 108236 / LMG 21445 / STM815 / 遺伝子: Bphy_3470 / プラスミド: BuphA.00010.x.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B2JLJ0, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる

-
非ポリマー , 5種, 643分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 21.18 mg/mL BuphA.00010.x.B1.PS37816 + 4 mM NADP + MORPHEUS G2 (269916g2) (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 100 mM MES imidazole, pH 6.5, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium ...詳細: 21.18 mg/mL BuphA.00010.x.B1.PS37816 + 4 mM NADP + MORPHEUS G2 (269916g2) (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 100 mM MES imidazole, pH 6.5, 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM trisodium citrate, 20 mM sodium potassium-L-tartrate, 20 mM sodium oxamate), direct cryoprotection, puck xut9-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 143395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.635 % / Biso Wilson estimate: 9.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 13.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.338.3950.5653.69105200.8810.602100
1.33-1.379.5410.514.42101840.9130.539100
1.37-1.419.6610.4325.299460.9320.457100
1.41-1.459.6870.3696.0696990.9520.39100
1.45-1.59.7270.2927.4693640.970.309100
1.5-1.559.750.2399.0290990.9780.253100
1.55-1.619.7670.20310.3487720.9840.214100
1.61-1.689.8040.17611.7684600.9880.186100
1.68-1.759.8110.1513.5781070.990.159100
1.75-1.849.8260.1315.3177730.9920.137100
1.84-1.949.8490.11117.7173960.9940.117100
1.94-2.069.8440.0972070170.9950.103100
2.06-2.29.8380.08821.8766170.9950.093100
2.2-2.379.8250.08423.2961680.9950.088100
2.37-2.69.8220.07924.6457020.9950.084100
2.6-2.919.790.07625.7551820.9960.08100
2.91-3.369.7470.07426.9546000.9960.078100
3.36-4.119.6570.07328.0839220.9960.07799.9
4.11-5.819.4830.07127.9630820.9960.07599.5
5.81-508.6830.07526.5517850.9950.0897.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4NBV

4nbv


解像度: 1.3→50 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.152 1996 1.39 %
Rwork0.1433 --
obs0.1434 143315 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.03 Å2 / Biso mean: 16.2702 Å2 / Biso min: 4.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3704 0 85 661 4450
Biso mean--47.96 29.86 -
残基数----502
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.2999-1.33240.21021340.18611000610140
1.3324-1.36850.18661430.1722994810091
1.3685-1.40870.17461360.1634999010126
1.4087-1.45420.16821580.1551999610154
1.4542-1.50620.12451280.14471000210130
1.5062-1.56650.16021370.13851001410151
1.5665-1.63780.15331330.13451003610169
1.6378-1.72410.15231450.13231004510190
1.7241-1.83210.14061460.13661008110227
1.8321-1.97360.15981530.13721007010223
1.9736-2.17210.13571260.13551013810264
2.1721-2.48630.1511450.13671017010315
2.4863-3.1320.14521470.14511025710404
3.132-31.0980.14951650.14391056610731
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8182-1.1495-1.09613.2760.17231.81740.0280.1758-0.1863-0.1284-0.10520.20330.1183-0.06120.00430.0422-0.0178-0.00970.0883-0.01410.0651137.040621.32662.2111
21.3184-0.05220.3671.3040.35751.68170.00710.12090.0426-0.1432-0.10090.3089-0.1345-0.29460.07870.06730.0183-0.00440.1493-0.00870.1255129.541727.5279-0.5327
32.96311.9150.23355.63491.98411.60510.06410.05330.13120.1777-0.12180.37520.0983-0.15540.04780.07830.01930.01240.13080.03590.0897130.355933.62266.4186
40.6160.3059-0.28110.4023-0.11760.4226-0.0010.03760.06470.01160.02540.0665-0.0257-0.079-0.0330.05390.00430.00740.06720.00510.0669144.057837.66046.1077
51.78620.1880.44050.87890.29980.9172-0.11010.29990.1431-0.17670.02570.0847-0.1553-0.15830.17420.09340.0079-0.01040.12150.01630.0883145.863330.7653-2.1568
61.3681-0.1355-0.29951.75470.84560.9454-0.07770.59180.9568-0.33450.18070.1408-0.451-0.2245-0.05280.20090.003-0.03170.22510.14230.2979149.879332.7348-18.1644
70.65410.02910.03270.3321-0.09550.99-0.01790.0031-0.01240.01270.0202-0.0132-0.015-0.07470.02920.05140.00420.00530.0508-0.00190.0758150.458423.6816-0.2354
81.5966-0.8776-0.44462.8697-0.12891.91030.0117-0.08050.23090.06650.0499-0.28190.0380.2546-0.04980.099-0.0283-0.01610.0782-0.01550.1032175.856658.42745.3571
92.2541-0.2785-0.34370.79250.08291.35520.0203-0.10940.08590.10740.0369-0.0127-0.08140.034-0.06470.121-0.0198-0.00120.0538-0.02060.0984171.929260.64659.9285
103.31750.4320.43721.10780.2871.03030.035-0.16980.24910.10780.0065-0.0367-0.15790.0787-0.05210.208-0.00260.01750.0857-0.02570.1334166.41965.371713.79
117.04474.3225-2.86374.5766-1.90061.8906-0.10420.06030.3991-0.08820.14130.2722-0.1233-0.1-0.04970.170.01860.00740.04910.00460.1327159.484168.11622.9774
120.43530.2927-0.31510.8101-0.52910.81690.0434-0.02610.05630.0778-0.02430.0406-0.093-0.0074-0.02720.0724-0.00220.00220.0491-0.00170.0664158.09449.3456.1882
131.55820.08120.14871.36120.24980.047-0.0337-0.29540.02410.41770.0078-0.0194-0.2507-0.18390.05960.17040.0120.00340.0992-0.00630.0801165.839948.62056.9361
141.0133-0.0010.76391.29290.16890.77740.0255-0.175-0.02380.23370.00880.0492-0.0384-0.1343-0.00720.0833-0.00250.0130.0882-0.00620.0777172.086542.13799.1213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 18 )A0 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 54 )A19 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 67 )A55 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 68 through 174 )A68 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 199 )A175 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 217 )A200 - 217
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 250 )A218 - 250
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 0 through 18 )B0 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 19 through 41 )B19 - 41
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 42 through 67 )B42 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 68 through 82 )B68 - 82
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 83 through 174 )B83 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 175 through 199 )B175 - 199
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 200 through 250 )B200 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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