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- PDB-6d9m: T4-Lysozyme fusion to Geobacter GGDEF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d9m
タイトルT4-Lysozyme fusion to Geobacter GGDEF
要素Fusion protein of Endolysin,Response receiver sensor diguanylate cyclase, GAF domain-containing
キーワードHYDROLASE / Cyclic dinucleotide / GGDEF
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / GAF-like domain superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Endolysin / Endolysin / Response receiver sensor diguanylate cyclase, GAF domain-containing
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Hallberg, Z. / Doxzen, K. / Kranzusch, P.J. / Hammond, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of a Hypr GGDEF enzyme that activates cGAMP signaling to control extracellular metal respiration.
著者: Hallberg, Z.F. / Chan, C.H. / Wright, T.A. / Kranzusch, P.J. / Doxzen, K.W. / Park, J.J. / Bond, D.R. / Hammond, M.C.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月17日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Endolysin,Response receiver sensor diguanylate cyclase, GAF domain-containing
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8318
ポリマ－38,1501
非ポリマー1,6817
水7,927440
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.677, 111.645, 55.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-655-

HOH

21A-703-

HOH

31A-736-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fusion protein of Endolysin,Response receiver sensor diguanylate cyclase, GAF domain-containing / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 38149.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア)
遺伝子: e, T4Tp126, Gmet_1914 / 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: Q39UD1, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme

-
非ポリマー , 7種, 447分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG 4,000; 0.03M HEPES-KOH, pH 7.5; 0.3M Na(OAc)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115820, 2.254180
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115821
22.254181
反射解像度: 1.35→35.75 Å / Num. obs: 77765 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 512201 / Scaling rejects: 338
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Num. measured all: 8093 / Num. unique all: 2643 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.222 / Rrim(I) all: 0.439 / Net I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→35.747 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1701 1561 2.01 %
Rwork0.1545 76202 -
obs0.1548 77763 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.23 Å2 / Biso mean: 21.1363 Å2 / Biso min: 8.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→35.747 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2577 0 83 440 3100
Biso mean--28.03 33.87 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5643992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.861117
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.38940.21451160.20525653576980
1.3894-1.4390.19921480.18516926707498
1.439-1.49660.1781270.16996991711899
1.4966-1.56480.21440.15916988713299
1.5648-1.64720.16951530.15077040719399
1.6472-1.75050.15981450.15270437188100
1.7505-1.88560.16151470.153470887235100
1.8856-2.07530.16751390.149771027241100
2.0753-2.37560.15911480.148470967244100
2.3756-2.99280.18661480.162571007248100
2.9928-35.75970.16031460.147271757321100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28650.84520.11091.5194-1.71685.9476-0.2213-0.015-0.14110.09680.1102-0.12810.19220.22650.09130.1190.00850.00920.1597-0.00280.1339-0.66276.12135.239
21.6463-0.44240.11513.01030.84781.8652-0.00540.02940.0402-0.05610.02990.0245-0.08390.0105-0.01720.0711-0.00530.00920.10980.02310.10273.34985.1620.432
31.1451-0.8646-0.31820.79161.04415.447-0.22290.19560.0044-0.51120.6595-1.0670.30730.39310.89590.1792-0.04220.05770.2415-0.06750.26813.479.8421.508
43.2603-1.9561-2.30473.47323.42645.30770.0667-0.12340.1465-0.06890.1726-0.3588-0.09880.3647-0.17810.1452-0.0189-0.03390.190.00430.16096.23187.39236.287
51.76170.038-0.63573.6363-0.82742.42720.007-0.27440.2063-0.0009-0.0340.0848-0.074-0.0202-0.02980.15240.0484-0.04920.2013-0.06330.1791-4.9192.43547.721
62.2053-0.8323-0.45760.66730.85741.7304-0.1790.150.3959-0.0070.094-0.1578-0.31680.04720.0380.1187-0.0079-0.03320.14280.01530.1595-7.43988.67239.089
71.34240.1437-0.30861.15590.47683.3677-0.1974-0.21410.11140.22280.01050.3098-0.1849-0.38420.14450.1480.07380.01140.2052-0.02480.1346-16.96188.26348.241
88.1304-0.6390.56773.42523.42634.3322-0.0810.20730.3349-0.216-0.1319-0.0601-0.48070.01590.17980.0924-0.0046-0.02360.14840.00510.1149-17.61283.93632.425
92.2074-1.1747-0.04932.66230.31012.0749-0.1824-0.0415-0.07940.32720.09470.21450.1246-0.12370.02720.11430.0270.0340.14420.00070.1083-10.89976.68841.864
103.8167-2.83610.5165.37410.471.6603-0.1035-0.082-0.22230.58570.18620.43890.1346-0.0244-0.03610.16760.04210.01880.1187-0.02170.1732-3.79763.33638.393
110.4903-0.00520.24993.4923-1.24293.36650.0179-0.00310.0360.0040.00750.20180.1192-0.1096-0.07240.11960.004-0.0120.15550.00710.1846-7.52471.17324.155
120.3172-0.3280.4742.1577-1.25210.73530.04940.03020.02710.0545-0.04380.18180.016-0.0511-0.0460.1930.01670.03460.1143-0.00740.126-0.46550.86727.875
131.80770.8972-0.90325.3105-3.58895.3457-0.10430.00380.03110.338-0.122-0.3918-0.14410.05350.24720.14710.0143-0.01120.1289-0.02090.16235.77453.03436.809
140.80610.31990.23261.7722-1.25762.3129-0.1144-0.05470.02950.0313-0.1039-0.1549-0.13430.13550.08160.20080.0191-0.01820.1574-0.00770.21560.3961.65128.659
150.3311-0.316-0.05730.32310.24220.71210.0230.10150.1473-0.19910.03530.03240.0152-0.0031-0.00010.15030.02240.01530.145-0.00750.1667-0.55660.91524.381
160.4661-0.3130.69650.8194-0.54842.4030.04420.20710.1033-0.0904-0.3119-0.27330.17390.49990.08680.14260.04140.04450.20370.03420.183210.18552.825.147
171.0028-0.51150.82821.5319-0.65991.77560.0650.090.1119-0.1315-0.1381-0.07290.23140.0961-0.06090.1510.02710.0130.1259-0.00250.12290.64654.32421.338
180.4959-0.8530.7097.0574-1.18820.94510.0921-0.0645-0.4466-0.10870.0250.65310.4169-0.22470.04850.23930.0066-0.02530.1914-0.02970.2371-8.72553.30618.321
190.5462-0.0926-0.43533.116-2.63752.74080.20040.3217-0.0707-1.0264-0.05580.35830.8657-0.27520.07670.39260.0517-0.03210.2451-0.01120.2178-0.25848.30915.474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -160:-149 )A-160 - -149
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID -148:-110 )A-148 - -110
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID -109:-101 )A-109 - -101
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID -100:-81 )A-100 - -81
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID -80:-68 )A-80 - -68
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID -67:-46 )A-67 - -46
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID -45:-26 )A-45 - -26
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID -25:-18 )A-25 - -18
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID -17:0 )A-17 - 0
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 1:12 )A1 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 13:30 )A13 - 30
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 31:52 )A31 - 52
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 53:69 )A53 - 69
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 70:81 )A70 - 81
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 82:93 )A82 - 93
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 94:117 )A94 - 117
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 118:138 )A118 - 138
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 139:155 )A139 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 156:163 )A156 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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