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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d9l | ||||||
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タイトル | Ternary RsAgo Complex with Guide RNA and Target DNA Containing G-A Non-canonical Pair | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / guide RNA. target DNA. RNA-DNA heteroduplex. non-canonical base pairs and bulges / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Accommodation of Helical Imperfections in Rhodobacter sphaeroides Argonaute Ternary Complexes with Guide RNA and Target DNA. 著者: Liu, Y. / Esyunina, D. / Olovnikov, I. / Teplova, M. / Kulbachinskiy, A. / Aravin, A.A. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d9l.cif.gz | 348.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d9l.ent.gz | 270.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/6d9l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89038.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17025 / ATH 2.4.3) (バクテリア) 株: ATCC 17025 / ATH 2.4.3 / 遺伝子: Rsph17025_3694 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4WYU7 #2: RNA鎖 | 分子量: 5788.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア) #3: DNA鎖 | 分子量: 7345.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 (バクテリア) #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 40% MPD, 30 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate pH 5.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 55738 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.722 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→41.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.342 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.339 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.22 Å2 / Biso mean: 51.726 Å2 / Biso min: 20 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→41.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.601→2.669 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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