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- PDB-6d8l: Group I self-splicing intron P4-P6 domain mutant U131A (without i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8l
タイトルGroup I self-splicing intron P4-P6 domain mutant U131A (without isopropanol soaking)
要素Group I self-splicing intron
キーワードRNA / ribozyme
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14021549796 Å
データ登録者Shoffner, G.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: In Crystallo Selection to Establish New RNA Crystal Contacts.
著者: Shoffner, G.M. / Wang, R. / Podell, E. / Cech, T.R. / Guo, F.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group I self-splicing intron
B: Group I self-splicing intron
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,68324
ポリマ－102,1492
非ポリマー53522
水543
1
A: Group I self-splicing intron
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,36613
ポリマ－51,0741
非ポリマー29212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Group I self-splicing intron
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,31711
ポリマ－51,0741
非ポリマー24310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.480, 132.950, 147.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 Group I self-splicing intron


分子量: 51074.363 Da / 分子数: 2 / 断片: P4-P6 domain / 変異: U131A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: GenBank: 10832
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPD, sodium cacodylate, cobalt hexamine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→67.2 Å / Num. obs: 25498 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 108.199921507 Å2 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3.14→3.22 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GID

1gid


解像度: 3.14021549796→67.1969620749 Å / SU ML: 0.388983508324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35526318651 / 位相誤差: 32.720501367
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269597607208 2551 10.0047062515 %
Rwork0.250350329162 22947 -
obs0.251022611814 25498 95.813918533 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.143898322 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14021549796→67.1969620749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6770 22 3 6795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002971421797457580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73163390376111818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04279082228471580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00423060178505316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.56635011443786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1402-3.20060.4639192048031160.4667086950071038X-RAY DIFFRACTION80.3061934586
3.2006-3.26590.3929686414921320.394678091451196X-RAY DIFFRACTION90.8344733242
3.2659-3.3370.351849877851320.3947659840261186X-RAY DIFFRACTION92.3615977575
3.337-3.41460.4072248473761370.3579393138381236X-RAY DIFFRACTION93.0216802168
3.4146-3.50.3555946774561350.3336296411461203X-RAY DIFFRACTION91.4559125085
3.5-3.59460.2783443433151390.3180038765121250X-RAY DIFFRACTION95.1369863014
3.5946-3.70040.3208211102771370.2804657160381235X-RAY DIFFRACTION95.8770090846
3.7004-3.81980.3209227416361410.2702712213621262X-RAY DIFFRACTION95.5071477195
3.8198-3.95630.311497045021420.2506264569891292X-RAY DIFFRACTION96.8264686023
3.9563-4.11470.2329222210421420.2396754569591282X-RAY DIFFRACTION98.1392143349
4.1147-4.30190.2132055449641450.2340610706531299X-RAY DIFFRACTION97.8319783198
4.3019-4.52870.1993391994221440.2239878396141302X-RAY DIFFRACTION98.8380041012
4.5287-4.81230.2656892689341470.2201579281411322X-RAY DIFFRACTION98.9225589226
4.8123-5.18380.2367979304251480.2040336862351331X-RAY DIFFRACTION99.7302764666
5.1838-5.70520.2451614375321500.2082225545891349X-RAY DIFFRACTION99.8002663116
5.7052-6.53010.2413532904521490.2106250395621341X-RAY DIFFRACTION99.8659517426
6.5301-8.22490.2434320723391540.2217850165771381X-RAY DIFFRACTION99.8049414824
8.2249-67.21230.2818075664251610.264836160561442X-RAY DIFFRACTION99.3184634449

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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