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- PDB-6d79: Structure of CysZ, a sulfate permease from Pseudomonas Fragi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d79
タイトルStructure of CysZ, a sulfate permease from Pseudomonas Fragi
要素Sulfate transporter CysZ
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / sulfate translocation / prokaryotic cysteine biosynthesis
機能・相同性Sulfate transporter CysZ / Sulfate transporter CysZ/Etoposide-induced protein 2.4 / plasma membrane => GO:0005886 / sulfate transmembrane transporter activity / sulfate assimilation / cysteine biosynthetic process / Sulfate transporter CysZ
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fragi A22 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Sanghai, Z.A. / Liu, Q. / Clarke, O.B. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM098617 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM107462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structure-based analysis of CysZ-mediated cellular uptake of sulfate.
著者: Assur Sanghai, Z. / Liu, Q. / Clarke, O.B. / Belcher-Dufrisne, M. / Wiriyasermkul, P. / Giese, M.H. / Leal-Pinto, E. / Kloss, B. / Tabuso, S. / Love, J. / Punta, M. / Banerjee, S. / ...著者: Assur Sanghai, Z. / Liu, Q. / Clarke, O.B. / Belcher-Dufrisne, M. / Wiriyasermkul, P. / Giese, M.H. / Leal-Pinto, E. / Kloss, B. / Tabuso, S. / Love, J. / Punta, M. / Banerjee, S. / Rajashankar, K.R. / Rost, B. / Logothetis, D. / Quick, M. / Hendrickson, W.A. / Mancia, F.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfate transporter CysZ
B: Sulfate transporter CysZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8382
ポリマ－57,8382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.100, 57.020, 96.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sulfate transporter CysZ


分子量: 28918.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fragi A22 (バクテリア)
遺伝子: cysZ, AV641_18770
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0X8F058
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 / 詳細: PEG400, MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→40 Å / Num. obs: 20742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.501→39.599 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 40.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3437 1055 5.09 %
Rwork0.2939 --
obs0.2964 20742 90.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→39.599 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3420 0 0 0 3420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1164814
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5141239
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5006-3.65990.3312720.31421355X-RAY DIFFRACTION50
3.6599-3.85270.36981180.28632441X-RAY DIFFRACTION88
3.8527-4.09380.31211370.27462687X-RAY DIFFRACTION98
4.0938-4.40950.32241510.23972646X-RAY DIFFRACTION98
4.4095-4.85260.34781330.26292649X-RAY DIFFRACTION96
4.8526-5.55310.34541510.26982680X-RAY DIFFRACTION98
5.5531-6.990.39171450.35052626X-RAY DIFFRACTION96
6.99-39.6020.33431480.30462603X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5965-2.8504-0.87314.1978-1.38224.26390.2420.62-0.0913-1.1245-0.84910.8083-0.516-0.68940.31211.1250.7656-0.23372.3359-0.2782.047621.928423.25722.9168
28.9244-2.0860.91463.2778-0.4453.26070.49431.22150.64430.03540.4887-0.5261-0.00691.8932-0.72250.91370.39650.29152.0201-0.07831.926765.511212.20926.2855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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