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万見
- PDB-6d5a: Crystal structure of L,D-transpeptidase 5 from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d5a
タイトルCrystal structure of L,D-transpeptidase 5 from Mycobacterium tuberculosis in apo form
要素L,D-transpeptidase 5
キーワードTRANSFERASE / L / D transpeptidation / apo form
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Immunoglobulin-like - #3710 / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L,D-transpeptidase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.622 Å
データ登録者Libreros, G.A. / Dias, M.V.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/09188-8 ブラジル
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for the Interaction and Processing of beta-Lactam Antibiotics by l,d-Transpeptidase 3 (LdtMt3) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Libreros-Zuniga, G.A. / Dos Santos Silva, C. / Salgado Ferreira, R. / Dias, M.V.B.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0572
ポリマ－41,8621
非ポリマー1941
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.446, 97.446, 193.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-651-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 5 / LDT 5 / Ldt(Mt5)


分子量: 41862.469 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 50-416 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lprQ, Rv0483, MTCY20G9.09 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WKV3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000 22% (w/v), sodium acetate 100 mM, ammonium sulphate 200 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→43.54 Å / Num. obs: 15940 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 60.69 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 85436 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.62-2.745.30.89618780.7410.380.98393.8
9.08-43.544.40.0414400.9930.020.04686.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DU7

5du7


解像度: 2.622→43.538 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 785 4.94 %
Rwork0.2059 --
obs0.2087 15879 93.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 190.68 Å2 / Biso mean: 72.6603 Å2 / Biso min: 32.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.622→43.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2611 0 13 87 2711
Biso mean--103.64 61.17 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1543706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2781570
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6223-2.78650.42421360.35582427256393
2.7865-3.00160.33991330.29482482261595
3.0016-3.30360.29241270.24742504263194
3.3036-3.78140.29631140.20572535264994
3.7814-4.76320.25721380.16392526266493
4.7632-43.54380.19341370.17922620275790
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -80.783 Å / Origin y: 87.0816 Å / Origin z: 31.0168 Å
111213212223313233
T0.5389 Å20.0959 Å20.0535 Å2-0.3395 Å20.0095 Å2--0.4598 Å2
L0.637 °20.1042 °2-0.3331 °2-0.2848 °2-0.233 °2--1.5544 °2
S-0.0989 Å °-0.0324 Å °-0.0773 Å °-0.1376 Å °0.0495 Å °-0.2793 Å °-0.1087 Å °0.0849 Å °0.0471 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA55 - 416
2X-RAY DIFFRACTION1allS4 - 80
3X-RAY DIFFRACTION1allS81 - 98
4X-RAY DIFFRACTION1allB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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