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- PDB-6d4p: Ube2D1 in complex with ubiquitin variant Ubv.D1.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d4p
タイトルUbe2D1 in complex with ubiquitin variant Ubv.D1.1
要素
  • Ubiquitin Variant Ubv.D1.1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin / Ubiquitin conjugating enzyme / Ubiquitin variant
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / Phosphorylation of the APC/C / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity ...positive regulation of protein polyubiquitination / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / Phosphorylation of the APC/C / Signaling by BMP / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of BMP signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of TORC1 signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Peroxisomal protein import / Regulation of TNFR1 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / : ...Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 / Ubiquitin C variant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Ceccarelli, D.F. / Garg, P. / Sidhu, S. / Sicheri, F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-136956 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-126129 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Analysis of Ubiquitin-based Inhibitors That Target the Backsides of E2 Enzymes.
著者: Garg, P. / Ceccarelli, D.F. / Keszei, A.F.A. / Kurinov, I. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2018年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1
C: Ubiquitin Variant Ubv.D1.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7342
ポリマ－26,7342
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: competitive ELISA assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.120, 52.565, 96.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D1 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D1 / Stimulator of Fe transport / SFT / UBC4/5 homolog / UbcH5 / Ubiquitin carrier protein D1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 1 / Ubiquitin-protein ligase D1


分子量: 16750.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D1, SFT, UBC5A, UBCH5, UBCH5A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P51668, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: タンパク質 Ubiquitin Variant Ubv.D1.1


分子量: 9984.271 Da / 分子数: 1
Mutation: T7K, L8F, T9W, E64K, S65F, H68Y, V70A, L71Y, R72G, G75A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59EM9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG2000-MME, 0.2M trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 41.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.829 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.186.711.4614980.610.57311.07999.6
2.18-2.267.2115260.7960.41911.15199.7
2.26-2.377.40.85315390.8570.3350.9171.161100
2.37-2.497.40.63315350.9210.2470.681.197100
2.49-2.657.40.41615250.9590.1630.4471.272100
2.65-2.857.40.27315500.980.1070.2941.368100
2.85-3.147.40.15215470.9920.060.1641.467100
3.14-3.597.40.09715630.9960.0380.1052100
3.59-4.527.20.08815950.9930.0350.0944.896100
4.52-506.80.0516940.9980.0210.0542.56899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix.refine: 1.13_2998精密化
DENZOデータ削減
HKL-20002.3.12データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PTF

3ptf


解像度: 2.11→48.37 Å / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2422
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 787 5.07 %
Rwork0.2142 --
obs0.2151 15521 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 0 24 1750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59882435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.38781068
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.240.30891200.30812357X-RAY DIFFRACTION97.75
2.24-2.420.32841170.26632425X-RAY DIFFRACTION99.88
2.42-2.660.27431290.24462443X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.040.2331340.23132456X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.830.22491510.21052446X-RAY DIFFRACTION100
3.83-48.390.20541360.18732607X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33399173279-0.469334555236-0.1781208569764.22082766783-0.8908346506311.40551586279-0.3142293090430.003029763744440.208420457222-0.08292674492830.116787342307-0.230073482364-0.273076284044-0.03911691320140.206648044430.483143535323-0.0617441798406-0.08610705250050.442317113363-0.04296149023590.4543066125172.01598058832.92005147428-13.6239571394
21.48633517274-0.4028279576080.2531616288942.365894064270.4525758812171.65887744353-0.0449212235078-0.1862850885470.1958378501520.01138409083360.00526688495917-0.115456312942-0.3789434735110.2277751086570.02482993861610.431510456592-0.0682888002627-0.05344821107420.4703185857620.03571986014270.4684619387510.6499683093-3.99937037757-15.238306058
31.93390245475-0.141888689140.6753542830051.412290706170.03926585725481.378669741080.1253078431580.1417791501470.183929982638-0.0920979759656-0.133711767024-0.213247810729-0.1408303491380.348077875392-0.01751108230260.372163230557-0.06556720712080.01124832468310.3653158093840.01702241295480.35251487507911.9537082804-7.7092879546-23.9951273096
41.39980272838-1.47925696574-0.3554366635261.758836125170.8139381799562.193742123370.02390959173880.3782159842870.0963771844991-0.326483812853-0.0247523564410.0458553878621-0.129607761310.0451862259611-0.06524147020020.483609728539-0.0985981446198-0.01961678882740.4574780071240.01769860299930.3899285247877.06891496377-8.86171762322-28.7479137534
54.823707378410.104835752345-1.305144762641.25858435868-0.4137032632393.78251034410.636221978671.0019775988-0.251107778267-0.84672456196-0.139247612710.2945734344720.02463845488880.208388441031-0.4124003110750.8887662586940.0105380674832-0.05701578724510.716523495257-0.04983613774550.4991728013912.6653898258-19.8716007969-38.3967909676
61.754456033480.1321476267640.3810418347072.828042612381.92335389023.131876489380.0884947982656-0.494662842508-0.513407738502-0.4937509962420.205790351495-0.2899854245080.3212244073780.491120886017-0.1304690545740.570920313210.0702143571303-0.01281795807570.582278504916-0.02452511589010.55088363107921.2694205196-22.9935399717-27.021039208
75.73607982244-0.277045502412.339569210.421101079846-0.5829764286241.421767181770.181968906902-0.03296299806140.5226158105490.481957695938-0.4610644725240.7730897191571.01914381898-0.5643779197280.2027665484520.461787579403-0.128012145320.05925512427530.504910562561-0.06697437216920.4463824578219.49044253888-12.20335785761.93628339429
80.704070494336-0.0558947170596-0.9434880405461.04062095426-0.8857711790572.308462330440.0101755767742-0.3945164223930.2171767068240.3675804078260.2073080597560.2786083223530.8842691691240.29160297946-0.06340108659570.433465323787-0.0479099084231-0.005658217868870.5046446020680.0196458048390.4192099185868.76980684714-16.9535513514-3.50023644226
95.68580057701-0.2091673347731.20674076823.02254157254-1.238371206764.276392619690.27044959091-0.130030617048-0.1681831496580.424730260956-0.292472847582-0.516212674140.5305809412190.920452492456-0.1251191017580.4474157358660.0146875745495-0.0193330315690.4456287180170.0343512122730.41997832918518.839784001-17.9575005417-0.65571662332
105.18963079541-0.325038609222-1.313679078570.567260605276-0.08590047858083.876515876090.173974433710.1298861353470.3948696094150.1735612505380.01294235650730.185458809394-0.271321588395-0.0425903734108-0.3784647371960.324551255158-0.01181150684620.01293539156170.331449862922-0.005050572062380.48995136823716.2336067691-8.3312987386-3.91466620653
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 131 through 147 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -1 through 7 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 8 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 18 through 44 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 45 through 72 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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