PDB-6d4l: Joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleotide d(GTGGCCAC)2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d4l

タイトル

Joint X-ray/neutron structure of DNA oligonucleotide d(GTGGCCAC)2 with 2'-SeCH3 modification on Cyt5

要素

DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

キーワード

DNA / DNA oligonucleotide selenium modification

機能・相同性

DEUTERATED WATER / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Kovalevsky, A. / Huang, Z. / Vandavasi, V.G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Temperature-Induced Replacement of Phosphate Proton with Metal Ion Captured in Neutron Structures of A-DNA.
著者: Vandavasi, V.G. / Blakeley, M.P. / Keen, D.A. / Hu, L.R. / Huang, Z. / Kovalevsky, A.

履歴

登録	2018年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.0	2022年3月2日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity_poly.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d4l.cif.gz	20.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d4l.ent.gz	12.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d4l_validation.pdf.gz	338.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d4l_full_validation.pdf.gz	338.3 KB	表示
XML形式データ	6d4l_validation.xml.gz	1.6 KB	表示
CIF形式データ	6d4l_validation.cif.gz	2.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/6d4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/6d4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6d54C 4fp6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bm0-1 2gq7-1 1z7i-1 295d-1 2gq4-1 3ijn-1 2dlj-1 2hc7-1 344d-1 1d93-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

2.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*(CSL)P*CP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.695, 42.695, 24.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPGPGP(CSL)PCPAPC)-3') 分子量: 2520.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M magnesium acetate, 30% MPD, 0.1 M MES

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.54
NUCLEAR REACTOR	ILL	LADI III		2	2.8-4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2015年1月22日	osmic varimax
LADI III	2	IMAGE PLATE	2015年8月15日	collimators

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	2.8	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 6D4L

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.56-40	3414	96.8	6.7	0.033	1	45.8
2-20	1257	74.2	5.6	0.176	2	7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.56-1.62	3.3	0.417	1	2.1	76.8
2-2.11	2.8	0.289	2	3.5	58.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
nCNS	1.0.0	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
LAUEGEN		データ削減
LSCALE		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

B_iso max: 90.31 Å² / B_iso mean: 27.66 Å² / B_iso min: 8.69 Å² / % reflection R_free: 5 % / R Free selection details: random / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 構造決定の手法: 分子置換 / 立体化学のターゲット値: joint X_ray/neutron ML / B_sol: 300 Å² / k_sol: 0.642621 e/Å³

開始モデル	解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_free	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
PDB entry 4FP6 4fp6	1.56-40	X-RAY DIFFRACTION	0.276	0.242	198	3484	2960	84.6
	2-20	NEUTRON DIFFRACTION	0.312	0.25	64	1717	1204	70

Refine analyze

Refine-ID

#notag 0

X-RAY DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2	0.2
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	-	0.12
Luzzati d res high	-	1.56

NEUTRON DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.5	0.31
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	0.51	0.56
Luzzati d res high	-	2

Refine funct minimized

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	163	0	1	29	193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	0.5
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	1.03
NEUTRON DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
NEUTRON DIFFRACTION	x_angle_deg	1
NEUTRON DIFFRACTION	x_torsion_deg	0.5
NEUTRON DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	1.03

LS精密化シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.56-1.63	0.168	9	5	0.298	135	X-RAY DIFFRACTION	0.056	428	144	33.6
1.63-1.72	0.198	22	6.9	0.224	295	X-RAY DIFFRACTION	0.042	416	317	76
1.72-1.83	0.215	23	6.4	0.225	337	X-RAY DIFFRACTION	0.045	419	360	85.9
1.83-1.97	0.235	23	6	0.231	361	X-RAY DIFFRACTION	0.049	427	384	89.9
1.97-2.17	0.309	28	6.9	0.24	376	X-RAY DIFFRACTION	0.058	436	404	92.7
2.17-2.48	0.228	25	6.1	0.248	384	X-RAY DIFFRACTION	0.046	431	409	94.9
2.48-3.12	0.262	32	7.5	0.241	395	X-RAY DIFFRACTION	0.046	445	427	96
3.12-30.19	0.321	31	6.6	0.245	437	X-RAY DIFFRACTION	0.058	485	468	96.3
2-2.09	0.434	6	5	0.452	96	NEUTRON DIFFRACTION	0.177	212	102	48.1
2.09-2.2	0.242	5	5	0.364	96	NEUTRON DIFFRACTION	0.108	203	101	49.5
2.2-2.34	0.534	9	7.8	0.391	106	NEUTRON DIFFRACTION	0.178	208	115	55.3
2.34-2.52	0.455	9	7	0.315	120	NEUTRON DIFFRACTION	0.152	211	129	61.1
2.52-2.77	0.231	11	7.1	0.247	144	NEUTRON DIFFRACTION	0.07	207	155	74.9
2.77-3.17	0.352	12	7.1	0.225	158	NEUTRON DIFFRACTION	0.102	215	170	79.1
3.17-3.99	0.209	17	8.5	0.179	183	NEUTRON DIFFRACTION	0.051	218	200	91.7
3.99-19.09	0.337	9	3.9	0.21	223	NEUTRON DIFFRACTION	0.112	245	232	94.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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