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- PDB-6d4g: N-GTPase domain of p190RhoGAP-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d4g
タイトルN-GTPase domain of p190RhoGAP-A
要素Rho GTPase-activating protein 35
キーワードHYDROLASE / GTPase / pseudoGTPase / GTP / p190RhoGAP
機能・相同性
機能・相同性情報


Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / RHOJ GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle ...Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / RHOJ GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / central nervous system neuron axonogenesis / neuron projection guidance / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / RHOA GTPase cycle / regulation of actin polymerization or depolymerization / mammary gland development / positive regulation of cilium assembly / camera-type eye development / negative regulation of vascular permeability / axonal fasciculation / GTPase activating protein binding / wound healing, spreading of cells / negative regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cell size / regulation of axonogenesis / Rho protein signal transduction / forebrain development / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / ciliary basal body / axon guidance / neural tube closure / regulation of actin cytoskeleton organization / phospholipid binding / positive regulation of neuron projection development / cell migration / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / DNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho GTPase-activating protein, FF domain / Rho GTPase-activating protein, pG2 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 and pG2 domain / : / p190-A and -B Rho GAPs FF domain / p190RhoGAP, pG1 and pG2 domains / pG1 pseudoGTPase domain profile. / pG2 pseudoGTPase domain profile. / FF domain ...Rho GTPase-activating protein, FF domain / Rho GTPase-activating protein, pG2 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 and pG2 domain / : / p190-A and -B Rho GAPs FF domain / p190RhoGAP, pG1 and pG2 domains / pG1 pseudoGTPase domain profile. / pG2 pseudoGTPase domain profile. / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Small GTPase / Ras family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Rho GTPase-activating protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114621 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102262 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS085078 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: The N-Terminal GTPase Domain of p190RhoGAP Proteins Is a PseudoGTPase.
著者: Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
履歴
登録2018年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rho GTPase-activating protein 35
B: Rho GTPase-activating protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3476
ポリマ－61,2522
非ポリマー1,0954
水905
1
A: Rho GTPase-activating protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1743
ポリマ－30,6261
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Rho GTPase-activating protein 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1743
ポリマ－30,6261
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.690, 69.270, 154.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Rho GTPase-activating protein 35 / GAP-associated protein p190 / Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1


分子量: 30626.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arhgap35, Grlf1, P190A, p190ARHOGAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81128
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% (w/v) PEG 8000, 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.032 Å / Num. obs: 12101 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 51.596 % / Biso Wilson estimate: 92.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 20.41 / Num. measured all: 624368 / Scaling rejects: 967
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.954.5013.5291.8711920.6913.561100
2.9-3.0253.292.2462.7512270.8432.268100
3.02-3.1554.221.4124.7611300.9231.425100
3.15-3.3253.1860.9277.0212040.9680.93699.9
3.32-3.5350.3320.56211.412010.9840.568100
3.53-3.848.8830.33817.6111760.9920.34299.3
3.8-4.1854.4430.2127.8611930.9980.212100
4.18-4.7951.6230.14437.4812430.9990.145100
4.79-6.0350.5470.13740.3212280.9990.139100
6.03-42.03245.590.08548.8513070.9990.08698.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.39 Å42.03 Å
Translation4.39 Å42.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C5H

3c5h


解像度: 2.8→42.032 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2901 605 5 %
Rwork0.2499 --
obs0.252 12097 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 266.1 Å2 / Biso mean: 129.2882 Å2 / Biso min: 46.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→42.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 66 5 3379
Biso mean--88.52 69.23 -
残基数----418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6634618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7042055
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8001-3.08180.34441490.277628152964
3.0818-3.52750.32931480.278928222970
3.5275-4.44350.27861500.245928613011
4.4435-42.03720.27991580.241829943152
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4438-3.79234.00175.42530.21436.24650.56940.6856-0.4308-0.4397-1.0488-0.60420.46950.72650.53510.57430.02810.0710.6340.05520.74257.24315.9937152.1933
26.19571.41983.99693.9137-1.43949.48550.2930.48640.0237-0.3851-0.5373-2.780.94942.76960.61291.09610.3762-0.0740.81470.09011.257118.71941.9601161.3196
38.90490.43314.1186.5696-0.92022.12661.00681.2186-1.78150.30180.061-1.70421.64111.4768-0.38281.45990.5937-0.16310.8048-0.17441.391713.9357-5.411153.1376
43.301-1.67682.3516.5004-1.38975.9392-0.51211.43120.4135-1.11570.2132-0.29442.87061.3977-0.20311.13130.2655-0.05391.142-0.02810.75948.1462.5108141.4187
58.4909-3.60110.58573.07842.69485.45133.4381.2456-2.7124-1.2411-0.5084-0.24692.13732.04360.99621.9431.1252-0.37170.6161-0.87321.291812.3919-9.0872150.9312
64.2696-3.73468.21172.0143-5.70381.95990.80162.1298-2.0963-0.0745-2.8325-2.61141.21964.1057-0.21951.77220.69010.18181.1035-0.44231.533623.9513-8.0081150.4981
76.0741-2.4984-0.02726.40782.55536.04820.48580.1102-0.3158-1.5243-0.4070.41231.71620.0463-0.2660.96360.0167-0.14080.68820.07551.12045.47723.4128156.3597
89.57971.0261.42454.1823-1.35035.29790.22170.3108-0.08610.3734-0.15110.32910.9968-0.8791-0.24410.7705-0.07640.03870.59780.09450.5806-1.1877.0198157.8122
94.66140.54922.49117.6229-1.89087.64510.235-1.10140.56270.8280.15090.7070.2343-1.2042-0.42130.6727-0.01850.04270.9950.01620.68810.717610.727165.9757
107.97586.7864.82596.14484.54844.61920.651-1.7098-0.17792.1650.05450.80843.1604-0.46310.22111.6417-0.13560.28240.79430.32941.30071.7754-5.4815169.0131
117.292-2.7919-3.13393.5926-0.94463.6283-0.8045-0.0971-0.9202-0.36512.1994-0.7340.19921.4537-1.57221.5343-0.43040.15961.0382-0.19570.9152-10.8553-3.3483132.4585
128.63643.83710.95988.17040.16745.6091-0.92372.61110.8271-0.95430.3923-0.8091-0.90661.94760.60131.3479-0.2936-0.05071.85120.41540.9964-3.24086.7835126.5046
132.2099-3.61683.08927.6244-5.6474.12420.77470.0162-0.60960.0564-0.14550.15560.417-0.7264-0.42720.7873-0.3223-0.18521.01150.14880.779-12.17566.9143135.1086
143.91222.21424.20787.25154.09634.89231.39771.04610.7920.2598-1.4417-0.9876-1.157-0.15520.34441.6697-0.2478-0.38422.28970.41271.7381-5.601412.613122.1717
156.39983.43292.23624.94445.46496.4391-0.27021.6406-0.6859-0.16290.9084-0.41290.06640.2484-0.00061.2968-0.2285-0.06861.85450.36461.0054-7.69671.2599123.4351
165.65744.7128-2.61016.8625-2.29897.64190.6954-0.96090.16-2.2121-0.89912.64482.3491-1.9479-0.50611.8435-0.3641-0.52921.7277-0.16271.3462-21.255-4.756124.3259
172.0198-3.1824-2.60432.69140.63717.6785-1.33873.9327-4.10750.15782.72362.81633.22310.383-2.52111.4759-0.1913-0.50552.5242-0.73871.855-10.9747-8.6364118.7715
184.65282.8665-3.27637.8379-7.34036.9714-0.61462.1002-3.0839-3.4198-1.32990.6591-2.430.18391.14032.8617-0.0404-0.99931.7118-0.30231.9677-16.9056-17.6377120.9976
193.0552-4.25362.48325.8778-2.79055.26520.6441.7913-2.48050.50170.58020.3160.86331.7893-1.05031.62330.1902-0.15031.8861-1.25271.1427-7.0576-10.8847116.4919
207.1449-6.82556.9898.9043-5.12628.85852.60891.697-2.3121-1.4551-2.75662.11155.1344-1.48630.2572.953-0.27890.07783.108-0.66421.0905-8.2459-3.2606108.7709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 34 )A14 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 53 )A35 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 96 )A54 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 97 through 120 )A97 - 120
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 97 through 120 )B97 - 120
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16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 174 through 191 )B174 - 191
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 192 through 206 )B192 - 206
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 207 through 218 )B207 - 218
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 219 through 235 )B219 - 235
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 236 through 247 )B236 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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