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- PDB-6d42: Crystal structure of the KCa3.1 C-terminal four-helix bundle (wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d42
タイトルCrystal structure of the KCa3.1 C-terminal four-helix bundle (with copper)
要素Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Four-helix bundle / copper
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate conductance calcium-activated potassium channel activity / saliva secretion / small conductance calcium-activated potassium channel activity / Ca2+ activated K+ channels / stabilization of membrane potential / macropinocytosis / calcium-activated potassium channel activity / regulation of calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / cell volume homeostasis ...intermediate conductance calcium-activated potassium channel activity / saliva secretion / small conductance calcium-activated potassium channel activity / Ca2+ activated K+ channels / stabilization of membrane potential / macropinocytosis / calcium-activated potassium channel activity / regulation of calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / cell volume homeostasis / phospholipid translocation / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / potassium channel activity / immune system process / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / positive regulation of protein secretion / establishment of localization in cell / defense response / potassium ion transport / ruffle membrane / calcium ion transport / vesicle / protein phosphatase binding / protein homotetramerization / calmodulin binding / neuron projection / neuronal cell body / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calmodulin-binding domain / Potassium channel, calcium-activated, SK / SK, calmodulin-binding domain superfamily / Calmodulin binding domain / Calcium-activated SK potassium channel / Calmodulin binding domain / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75013644453 Å
データ登録者Hubbard, S.R. / Ji, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI107443 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the C-terminal four-helix bundle of the potassium channel KCa3.1.
著者: Ji, T. / Corbalan-Garcia, S. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
B: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2614
ポリマ－9,1342
非ポリマー1272
水75742
1
A: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子

A: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子

A: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子

A: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5228
ポリマ－18,2684
非ポリマー2544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
2
B: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子

B: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子

B: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子

B: Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5228
ポリマ－18,2684
非ポリマー2544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_565y+1/2,-x+3/2,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.590, 37.590, 116.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CU

21B-501-

CU

31A-623-

HOH

41B-610-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Intermediate conductance calcium-activated potassium channel protein 4 / SKCa4 / IKCa1 / IK1 / KCa3.1 / KCa4 / Putative Gardos channel


分子量: 4567.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNN4, IK1, IKCA1, KCA4, SK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15554
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M imidazole, pH 6.5 1.0 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→35 Å / Num. obs: 16141 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 27.5831463069 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 788 / CC1/2: 0.845 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.845 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75013644453→27.058872742 Å / SU ML: 0.248410581534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33794288181 / 位相誤差: 38.7197825537
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322583786566 901 10.1280049953 %
Rwork0.252131398762 --
obs0.25945919616 16015 98.8519227208 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.013495998 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75013644453→27.058872742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数598 0 2 42 642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00765745909663600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.984054669311810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413494056666106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00445032672892100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.59093543253374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.80160.472774008671280.3774162568051185X-RAY DIFFRACTION96.7575534267
1.8016-1.85980.3722332386991360.3387448856381205X-RAY DIFFRACTION99.4807121662
1.8598-1.92620.4544414630451310.3081472683941187X-RAY DIFFRACTION99.3966817496
1.9262-2.00330.3621398647421360.3065301823361223X-RAY DIFFRACTION99.5604395604
2.0033-2.09450.3568537576061370.2841496626881210X-RAY DIFFRACTION99.8517420311
2.0945-2.20480.3542890261121380.2419764943071214X-RAY DIFFRACTION99.92609017
2.2048-2.34290.3154319037621350.250215071891204X-RAY DIFFRACTION99.6279761905
2.3429-2.52370.3229880272771360.2445374433371217X-RAY DIFFRACTION99.7052321297
2.5237-2.77740.308626996481370.2451459457831184X-RAY DIFFRACTION99.4728915663
2.7774-3.17880.3332896209461350.2557044805331198X-RAY DIFFRACTION99.2553983619
3.1788-4.00280.2942138203911380.218591799611217X-RAY DIFFRACTION99.4860499266
4.0028-27.06210.2948602125251350.2488021195231149X-RAY DIFFRACTION94.0659340659
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22105965005-1.22065459632.387692915553.76232697054-2.223345444295.99626991648-0.319332366846-0.02082420862620.2116441120940.1838668517170.0501315241161-0.154079938062-2.22534638170.7836028096790.2692026671920.255640027153-0.0461238207662-0.01200561064760.206287288677-0.01291499426480.35967503056821.02435995837.0021240894915.2881161157
23.745936008110.0223724364204-2.843128343590.9602889676440.03340694967992.65276744646-0.4216161341920.374387980355-0.2315507106350.00318295440658-0.1405573649210.1228188892811.48096999328-1.508708475050.4885198022520.352860781915-0.05867372262530.03288791501830.235417128308-0.00253050314640.38240370676233.860689801712.351563203943.0522516174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 376 through 414)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 376 through 414)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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