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- PDB-6d3q: Crystal structure of Escherichia coli enolase complexed with a na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d3q
タイトルCrystal structure of Escherichia coli enolase complexed with a natural inhibitor SF2312.
要素Enolase
キーワードLYASE/LYASE inhibitor / Enolase / complex / natural inhibitor / SF2312 / LYASE / LYASE-LYASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial degradosome / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / RNA processing / glycolytic process / cytoskeleton / cell surface / magnesium ion binding ...bacterial degradosome / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / RNA catabolic process / RNA processing / glycolytic process / cytoskeleton / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4NG / Enolase / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Erlandsen, H. / Krucinska, J. / Hazeen, A. / Wright, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Functional and structural basis of E. coli enolase inhibition by SF2312: a mimic of the carbanion intermediate.
著者: Krucinska, J. / Lombardo, M.N. / Erlandsen, H. / Hazeen, A. / Duay, S.S. / Pattis, J.G. / Robinson, V.L. / May, E.R. / Wright, D.L.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
C: Enolase
B: Enolase
E: Enolase
F: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,82141
ポリマ－278,7346
非ポリマー3,08735
水9,368520
1
A: Enolase
B: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,77912
ポリマ－92,9112
非ポリマー86810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
2
C: Enolase
D: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,97514
ポリマ－92,9112
非ポリマー1,06412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area29420 Å2
手法PISA
3
E: Enolase
F: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,06715
ポリマ－92,9112
非ポリマー1,15613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area29350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.751, 142.071, 207.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ACBEFD

#1: タンパク質
Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 46455.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: eno / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7MLA0, UniProt: P0A6P9*PLUS, phosphopyruvate hydratase

-
非ポリマー , 5種, 555分子

#2: 化合物
ChemComp-4NG / [(3S,5S)-1,5-dihydroxy-2-oxopyrrolidin-3-yl]phosphonic acid


分子量: 197.083 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.3 M Ammonium Sulfate, 0.2 M Na/K tartrate, 0.1M Mes pH 6.0 and 2 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月9日
詳細: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→207.28 Å / Num. obs: 147731 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.24→2.34 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Num. unique obs: 17855 / CC1/2: 0.958 / Rpim(I) all: 0.142 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BFY

6bfy


解像度: 2.24→207.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.348 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.187
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2161 7420 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.1657 140311 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.57 Å2 / Biso mean: 38.102 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å20 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→207.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19500 0 174 520 20194
Biso mean--47.68 32.04 -
残基数----2630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01919896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0218938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.97426786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0742.99844069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65652623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.65625.778810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.177153566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0471572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.23031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0222363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023589
LS精密化 シェル解像度: 2.244→2.302 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 518 -
Rwork0.219 10318 -
all-10836 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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