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万見
- PDB-6d3j: FT_T dioxygenase holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d3j
タイトルFT_T dioxygenase holoenzyme
要素FT_T dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-dichlorprop dioxygenase (2-oxoglutarate) / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / : / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / (R)-phenoxypropionate/alpha-ketoglutarate-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium herbicidovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Halls, C.E.
引用ジャーナル: Pest Manag. Sci. / 年: 2019
タイトル: Development of enzymes for robust aryloxyphenoxypropionate and synthetic auxin herbicide tolerance traits in maize and soybean crops.
著者: Larue, C.T. / Goley, M. / Shi, L. / Evdokimov, A.G. / Sparks, O.C. / Ellis, C. / Wollacott, A.M. / Rydel, T.J. / Halls, C.E. / Van Scoyoc, B. / Fu, X. / Nageotte, J.R. / Adio, A.M. / Zheng, M. ...著者: Larue, C.T. / Goley, M. / Shi, L. / Evdokimov, A.G. / Sparks, O.C. / Ellis, C. / Wollacott, A.M. / Rydel, T.J. / Halls, C.E. / Van Scoyoc, B. / Fu, X. / Nageotte, J.R. / Adio, A.M. / Zheng, M. / Sturman, E.J. / Garvey, G.S. / Varagona, M.J.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FT_T dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,30014
ポリマ－33,4471
非ポリマー85313
水181
1
A: FT_T dioxygenase
ヘテロ分子

A: FT_T dioxygenase
ヘテロ分子

A: FT_T dioxygenase
ヘテロ分子

A: FT_T dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,20056
ポリマ－133,7874
非ポリマー3,41352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area12330 Å2
ΔGint-307 kcal/mol
Surface area41270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.413, 137.413, 76.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 FT_T dioxygenase


分子量: 33446.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: engineered variant
由来: (組換発現) Sphingobium herbicidovorans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KSC8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: precipitant solution: 2.5 M NaCl, 0.1M KP04/NaP04-pH 6.2; protein solution: 10-20 mg/ml in 30 mM Tris-8, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→119 Å / Num. obs: 8906 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Rsym value: 0.498 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→119 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 35.813 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.198 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2742 423 4.7 %RANDOM
Rwork0.1945 ---
obs0.1982 8483 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0.37 Å2-0 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---2.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→119 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 22 1 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0192036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2211.9462772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25134260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2755244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14823.43896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.55115322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2071514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4755.569985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4755.57984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4728.3411226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.478.341227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6865.9411051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6925.9511047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8328.7821542
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.99863.6952235
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.99963.6972233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 33 -
Rwork0.215 602 -
obs--98.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6733-0.7270.36872.4997-0.87771.3030.13060.13390.0957-0.0280.11310.2023-0.1426-0.2383-0.24370.3227-0.01510.12810.44440.19670.255532.069-32.6071.917
20.58220.2912-0.93050.1678-0.4082.4584-0.0562-0.11780.1065-0.0349-0.03550.1603-0.32790.61240.09160.377-0.09020.05620.49450.11440.585429.044-38.166-2.734
321.240164.524457.1732196.0538173.7127153.9184-0.48990.2731-0.1611-1.69130.9347-0.4926-1.47880.8051-0.44481.3497-0.00370.12351.16780.02880.890725.248-36.763-2.616
46.6048-0.18754.61693.0413-2.87226.1027-0.09680.07860.6516-0.486-0.1933-0.10260.7128-0.10740.29010.5152-0.1336-0.10190.51860.12180.503137.337-54.3812.482
53.15520.0911-1.92951.2674-0.7581.5938-0.10290.39710.06340.19590.0382-0.198-0.0681-0.36960.06470.35420.12580.0370.58090.06830.329128.79-39.486-4.554
67.8503-7.52787.43488.8618-9.627210.96220.71461.29930.5908-0.2119-0.8359-0.2504-0.30910.77370.12130.7801-0.16040.13270.60980.15650.541229.166-19.493-6.644
77.6602-11.0654.433816.3808-8.00749.5489-0.4776-0.24961.24250.88910.5882-1.5793-0.7361-0.6864-0.11050.7858-0.07530.06240.88580.00961.330324.686-42.5437.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2A301
3X-RAY DIFFRACTION3A302
4X-RAY DIFFRACTION4A308 - 309
5X-RAY DIFFRACTION5A401
6X-RAY DIFFRACTION6A303 - 307
7X-RAY DIFFRACTION7A310 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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