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- PDB-4p2l: Quiescin Sulfhydryl Oxidase from Rattus norvegicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p2l
タイトルQuiescin Sulfhydryl Oxidase from Rattus norvegicus
要素Sulfhydryl oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Disulfide formation / Enzyme intermediate / Thioredoxin fold / Erv fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / Neutrophil degranulation / negative regulation of macroautophagy / protein disulfide isomerase activity / intercellular bridge ...Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / extracellular matrix assembly / Neutrophil degranulation / negative regulation of macroautophagy / protein disulfide isomerase activity / intercellular bridge / FAD binding / protein folding / Golgi membrane / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. ...Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain / Sulfhydryl oxidase, Trx-like domain / Sulfhydryl oxidase, flavin adenine dinucleotide (FAD) binding domain superfamily / QSOX Trx-like domain / Flavin adenine dinucleotide (FAD)-dependent sulfhydryl oxidase / Sulfhydryl oxidase / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Sulfhydryl oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gat, Y. / Fass, D.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation593/08 イスラエル
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Enzyme structure captures four cysteines aligned for disulfide relay.
著者: Gat, Y. / Vardi-Kilshtain, A. / Grossman, I. / Major, D.T. / Fass, D.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Derived calculations
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfhydryl oxidase 1
B: Sulfhydryl oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1764
ポリマ－113,6052
非ポリマー1,5712
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area41520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.495, 169.583, 68.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sulfhydryl oxidase 1 / rSOx / FAD-dependent sulfhydryl oxidase-2 / SOx-2 / Quiescin Q6


分子量: 56802.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-544 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Qsox1, Qscn6, Sox2 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6IUU3, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium citrate buffer, pH 6.0, 0.25 M NaCl, 27% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.78 Å / Num. obs: 25595 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.96 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T58

3t58


解像度: 2.9→48.78 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1759 6.87 %Random selection
Rwork0.178 ---
obs0.182 25589 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7875 0 106 222 8203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68611245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5332954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.97840.34071630.23581788X-RAY DIFFRACTION100
2.9784-3.06610.36011280.21341779X-RAY DIFFRACTION100
3.0661-3.1650.29871240.21071816X-RAY DIFFRACTION100
3.165-3.27810.25111380.18611807X-RAY DIFFRACTION100
3.2781-3.40930.24531260.19261823X-RAY DIFFRACTION100
3.4093-3.56450.26311320.18011817X-RAY DIFFRACTION100
3.5645-3.75230.2651430.16481799X-RAY DIFFRACTION100
3.7523-3.98730.22611290.17131833X-RAY DIFFRACTION100
3.9873-4.2950.20311300.15311828X-RAY DIFFRACTION100
4.295-4.72690.22831390.15321830X-RAY DIFFRACTION100
4.7269-5.41010.21841400.15961859X-RAY DIFFRACTION100
5.4101-6.81320.22871330.19481886X-RAY DIFFRACTION100
6.8132-48.78160.17851340.17381965X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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