PDB-6d37: Trp-cage tr16b R16Nva : Elimination of pH Dependent Interactions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d37

タイトル

Trp-cage tr16b R16Nva : Elimination of pH Dependent Interactions

要素

ALA-TYR-ALA-GLN-TRP-LEU-ALA-ASP-DAL-GLY-PRO-ALA-SER-DAL-NVA-PRO-PRO-PRO-SER

キーワード

DE NOVO PROTEIN / MINIPROTEIN / TRP-CAGE / CIRCULAR PERMUTANT / MICROPROTEIN

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Byrne, A. / Andersen, N.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2019
タイトル: Reversing the typical pH stability profile of the Trp-cage.
著者: Graham, K.A. / Byrne, A. / Son, R. / Andersen, N.H.

履歴

登録	2018年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d37.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d37.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d37_validation.pdf.gz	384.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d37_full_validation.pdf.gz	418.7 KB	表示
XML形式データ	6d37_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6d37_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/6d37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/6d37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ui7-d 5gwl-d 1vqx-d 6ota-d 1nzs-d 2mfm-d 2m7d-d 2mxh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 30453Trp-cage tr16b R16Nva : Elimination of pH Dependent Interactions

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALA-TYR-ALA-GLN-TRP-LEU-ALA-ASP-DAL-GLY-PRO-ALA-SER-DAL-NVA-PRO-PRO-PRO-SER

1.89 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	32 / 40	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	ALA-TYR-ALA-GLN-TRP-LEU-ALA-ASP-DAL-GLY-PRO-ALA-SER-DAL-NVA-PRO-PRO-PRO-SER 分子量: 1893.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1 mM peptide, 90% H2O/10% D2O / Label: sample1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0.019 M / Ionic strength err: 0.001 / Label: conditions1 / pH: 2.5 / PH err: 0.05 / 圧: ambient atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 280 K / Temperature err: 1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	Brunger A. T. et.al.	structure calculation
Sparky		Goddard & Kneller	chemical shift calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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