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- PDB-6d33: Crystal structure of BH1352 2-deoxyribose-5-phosphate from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d33
タイトルCrystal structure of BH1352 2-deoxyribose-5-phosphate from Bacillus halodurans
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードTRANSFERASE / aldolase / TIM barrel / 2-deoxyribose-5-phosphate / DRP
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type I / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Kim, T. / Yim, V. / Yakunin, A. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Industrial Biocatalysis Network カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Rational engineering of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolases for the biosynthesis of (R)-1,3-butanediol.
著者: Kim, T. / Stogios, P.J. / Khusnutdinova, A.N. / Nemr, K. / Skarina, T. / Flick, R. / Joo, J.C. / Mahadevan, R. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2018年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
C: Deoxyribose-phosphate aldolase
D: Deoxyribose-phosphate aldolase
E: Deoxyribose-phosphate aldolase
F: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,09824
ポリマ－140,3206
非ポリマー1,77818
水8,017445
1
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,54010
ポリマ－46,7732
非ポリマー7678
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
2
C: Deoxyribose-phosphate aldolase
D: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2947
ポリマ－46,7732
非ポリマー5215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
3
E: Deoxyribose-phosphate aldolase
F: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2647
ポリマ－46,7732
非ポリマー4915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.908, 55.523, 177.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase


分子量: 23386.732 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: deoC, dra, BH1352 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: Q9KD67, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350, 10 mM acetaldehyde

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 63816 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 34.23
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 3103 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.392 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGJ

3ngj


解像度: 2.502→30.021 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 1995 3.13 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2065 63680 98.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→30.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9515 0 116 445 10076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63513181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1653580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5018-2.56440.3351330.29864180X-RAY DIFFRACTION94
2.5644-2.63360.3411390.28484371X-RAY DIFFRACTION98
2.6336-2.71110.33991500.28494293X-RAY DIFFRACTION98
2.7111-2.79850.30811390.2764372X-RAY DIFFRACTION98
2.7985-2.89850.33831380.26154348X-RAY DIFFRACTION98
2.8985-3.01440.2961440.25454357X-RAY DIFFRACTION98
3.0144-3.15150.33141340.26424391X-RAY DIFFRACTION99
3.1515-3.31740.29051450.25464383X-RAY DIFFRACTION98
3.3174-3.5250.30281410.22744401X-RAY DIFFRACTION98
3.525-3.79670.26911470.20194423X-RAY DIFFRACTION99
3.7967-4.17780.20391370.18374481X-RAY DIFFRACTION100
4.1778-4.78030.20671510.15464494X-RAY DIFFRACTION100
4.7803-6.01470.26771430.18484534X-RAY DIFFRACTION100
6.0147-30.0230.18051540.17354657X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.75561.46720.94885.1072-4.09214.7078-0.0152-0.0810.05010.4592-0.29090.404-0.6868-1.04140.39970.39790.0371-0.08850.5977-0.18030.6521-55.0098-9.04680.9652
28.1273-1.199-5.38018.7132.94559.1857-0.32660.89640.2102-0.1485-0.21240.8503-0.7666-0.9160.51640.47870.0421-0.19780.441-0.09040.5967-53.3403-5.0254-7.6535
37.0881-4.0310.61337.1234-0.08555.1242-0.47570.26990.23050.2125-0.02860.0144-0.38530.1970.46310.3574-0.0654-0.06950.27740.00950.3273-38.0021-11.1871-2.058
46.5855-0.84860.42047.7285-0.61147.7141-0.3185-0.2255-0.25040.6667-0.0995-0.17680.31520.95340.40650.42910.0211-0.01790.35780.03760.3443-34.312-15.63587.7847
53.6059-1.482-0.40982.0012-0.26044.2968-0.423-0.0454-0.23840.2574-0.17430.35970.313-0.39760.58060.4796-0.05960.07730.3129-0.07350.5635-49.0543-15.789610.612
64.5718-3.766-6.36836.59183.50729.73910.0892-0.08690.41040.48071.01730.5927-0.451-0.5966-1.16940.68790.04740.0140.758-0.08640.8515-69.099-8.07927.5556
76.8532-2.3630.05627.76755.29966.3761-0.33580.0222-1.03680.79120.23060.05021.22650.27190.08670.79530.11240.25460.53750.07320.6976-29.3826-37.201-9.4186
83.6789-1.7271-1.77389.37857.04246.5111-0.56730.1259-0.32150.63730.4908-0.17560.96550.73780.10750.65110.06680.08840.57120.120.5348-25.6705-30.4198-9.7816
98.4993-2.19420.55154.97111.06045.18740.11480.8036-0.4765-0.3498-0.3094-0.28570.3611.29060.17430.45080.01850.12120.66320.00670.492-29.0587-26.29-14.1532
109.2658-1.20050.46062.73991.44755.4832-0.21460.43870.0921-0.3747-0.0872-0.0511-0.33840.22380.32120.5184-0.12270.05680.45190.04920.3614-36.3626-17.6664-20.0418
114.57126.3235-3.93789.85-2.96469.4262-1.54940.91710.7638-1.66530.58740.73560.446-0.56390.86420.7579-0.0675-0.08510.7057-0.07580.497-45.1401-21.1423-29.5821
125.73891.4913-1.53834.6357-2.86574.4276-0.32990.537-0.5381-0.0718-0.02590.3451.0328-0.03150.33260.7201-0.14260.1980.5589-0.1370.6168-41.6391-33.5186-24.1443
138.7778-1.72064.98186.3354-4.54164.94240.328-0.3441-0.9734-0.2056-0.1502-0.14381.1794-0.0607-0.0891.0160.09760.2880.5689-0.1450.9094-34.7025-42.9715-18.7151
145.8097-1.23662.98629.02681.15497.7641-0.7451-0.98271.0344-0.3415-0.45371.1757-0.3291-1.12741.35110.69730.2036-0.24810.7117-0.19930.9354-47.490410.150228.5731
155.8114-3.0244.12689.4892-2.46366.7026-0.5177-0.74460.36170.40820.28491.4164-0.5377-1.29640.23070.60250.0941-0.09520.9097-0.09160.9406-50.0295.057234.3974
162.74261.1818-0.5074.4504-0.79787.9712-0.44520.05540.4289-0.0770.31720.27620.0615-0.15030.11820.4660.0063-0.19140.4253-0.05070.4903-33.8532.743628.15
175.63375.5064-2.83755.4256-1.70718.5067-0.60560.8615-0.648-0.43510.6477-0.86390.06481.3683-0.06530.5490.0153-0.12870.6893-0.06660.6001-24.8383-0.065121.4302
187.52587.9228-3.11589.8532-3.84196.6557-0.3647-0.28690.29530.29010.06020.1862-0.75570.31020.24850.70970.0108-0.28020.35020.0720.5882-33.56076.522820.6943
199.1317-3.73612.1661.9349-1.68587.6409-0.04610.94530.5981-0.99650.00550.2051-1.05411.2630.00660.8605-0.2829-0.26330.69850.14640.5832-27.69989.119911.8746
203.5266-0.49830.05115.53950.28674.7181-0.21550.05881.0257-0.4946-0.21490.619-1.13-0.50610.34270.95560.0571-0.42260.42230.02140.976-40.693412.248315.2921
219.1845-5.9868-2.52554.231.58620.7022-0.6088-0.84641.1965-0.21910.47050.966-1.5244-0.89610.11680.92540.2996-0.24950.7866-0.20461.2307-50.768312.035821.6076
224.0834-0.7463-1.96857.9153-1.4937.59710.5379-0.8280.82221.3728-0.1691-0.75240.19850.7541-0.27390.8881-0.2136-0.16620.8005-0.13010.8722-14.953623.077639.5387
234.85054.92736.93994.96587.02069.9321-0.126-0.13680.8265-1.22830.509-0.5615-1.26991.8245-0.36331.2738-0.52-0.18791.1529-0.08710.8639-9.263920.600932.1362
244.44395.04721.65566.19271.79452.5755-0.5757-0.83120.64870.10490.3805-0.4841-0.61441.48760.21960.6463-0.182-0.22490.9903-0.16480.683-12.045512.659437.4721
255.2610.90690.60324.88813.74019.2738-0.2615-0.01930.28680.32610.04470.25520.2661-0.05550.14860.49320.0655-0.14930.5428-0.02460.4485-28.67446.713242.315
265.611.31070.68023.02991.62897.45990.0089-0.83810.2232-0.0114-0.25750.415-0.1001-0.67090.21930.58770.1156-0.13930.611-0.14250.4664-29.29958.172649.0716
274.02251.6044-0.91525.4561-0.17266.5911-0.1078-0.24270.77760.3232-0.03510.2532-1.25230.09250.13680.87840.0921-0.23580.6501-0.19610.6648-25.009522.380650.3262
282.62490.54631.14136.32153.08711.79470.3004-0.732-0.52540.270.5371-0.24071.60211.1812-0.93730.93870.22080.11090.92510.01370.6619-20.1376-39.1932-46.8682
295.9211-5.13982.94957.5779-1.91649.8726-0.0269-0.0612-0.677-0.3269-0.2351-0.00931.2098-0.0650.24620.8521-0.05690.19820.5908-0.07360.5952-26.3673-42.0758-51.4279
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326.5461-2.23754.53518.7591-1.70563.55180.0277-0.0458-0.35090.15640.0168-0.5361.21211.1698-0.06780.81740.12370.05131.03620.03240.4598-13.3624-29.5167-35.4775
337.70356.49280.2236.3198-1.41763.9983-0.18620.2424-1.01750.1404-0.4417-1.16192.37141.20730.54111.32230.29170.28771.11430.19280.7066-15.4364-41.6586-40.3774
344.98452.0827-3.01519.181-4.28968.90870.21520.23040.44930.1756-0.1784-0.5212-0.60830.2853-0.02280.62-0.18480.00550.8924-0.03780.4867-13.4791-6.8347-65.3759
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363.31071.0576-1.09474.71641.80142.4880.4413-0.11930.2794-0.7552-0.63330.3939-0.75850.11250.12030.69340.03850.00640.6687-0.11050.4878-23.807-12.5441-66.2626
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385.0274-5.182.35.3754-2.51991.37360.34640.0128-1.1288-1.0478-0.01411.35560.6301-0.9064-0.27330.671-0.1485-0.06330.8681-0.11680.5539-33.4839-27.5478-70.3304
393.9973-4.7598-3.01227.99782.12995.7481-0.1557-0.1847-0.4384-0.4337-0.04970.66460.1416-0.27010.14160.4848-0.0431-0.05580.7096-0.12810.4694-23.5433-23.6214-71.8147
408.8783-5.884-3.09089.72971.08258.7452-0.02231.6913-1.4468-1.0044-0.40720.4530.37380.30130.31680.62990.020.06090.6176-0.20050.4661-23.8453-32.7304-77.7893
414.67070.0209-4.83016.79493.00476.30230.11680.1061-0.145-0.04980.2817-0.360.32511.4268-0.4710.4801-0.0032-0.0540.8097-0.06890.3616-17.1842-23.1521-70.7051
426.96972.2322-0.66435.86630.68250.2190.25990.20360.1894-0.1827-0.1885-0.1807-0.35870.8707-0.11350.6541-0.01110.00630.9058-0.0260.3899-12.7644-20.4614-79.03
438.7389-4.7626-4.08488.59026.66245.26661.0444-0.03231.6746-0.41060.0184-0.8774-0.3937-0.3553-0.91840.7402-0.09480.05331.01230.04320.7394-1.9402-5.742-79.7675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 104 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 150 through 210 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 211 through 224 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 33 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 51 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 72 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 73 through 135 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 136 through 149 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 150 through 200 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 201 through 219 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 4 through 19 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 20 through 51 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 52 through 104 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 105 through 119 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 120 through 135 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 136 through 148 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 149 through 201 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 202 through 216 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 19 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 20 through 33 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 34 through 64 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 65 through 104 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 105 through 135 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 136 through 216 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 3 through 19 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 20 through 51 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 52 through 72 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 73 through 166 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 167 through 201 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 202 through 219 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 4 through 33 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 34 through 51 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 52 through 72 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 73 through 104 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 105 through 119 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 120 through 135 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 136 through 149 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 150 through 166 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 167 through 210 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 211 through 224 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る