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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d33 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BH1352 2-deoxyribose-5-phosphate from Bacillus halodurans | ||||||
![]() | Deoxyribose-phosphate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / aldolase / TIM barrel / 2-deoxyribose-5-phosphate / DRP | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Kim, T. / Yim, V. / Yakunin, A. / Savchenko, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rational engineering of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolases for the biosynthesis of (R)-1,3-butanediol. 著者: Kim, T. / Stogios, P.J. / Khusnutdinova, A.N. / Nemr, K. / Skarina, T. / Flick, R. / Joo, J.C. / Mahadevan, R. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 504.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 422.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23386.732 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125 遺伝子: deoC, dra, BH1352 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-TRS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 25% (w/v) PEG 3350, 10 mM acetaldehyde |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 63816 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 34.23 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 3103 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.392 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NGJ 解像度: 2.502→30.021 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.502→30.021 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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