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- PDB-6d2v: Apo Structure of TerB, an NADP Dependent Oxidoreductase in the Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d2v
タイトルApo Structure of TerB, an NADP Dependent Oxidoreductase in the Terfestatin Biosynthesis Pathway
要素TerB Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH reductase / natural products
機能・相同性NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / Chem-NDP / THIOCYANATE ION / TerB Oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Clinger, J.A. / Elshahawi, S.I. / Zhang, Y. / Hall, R.P. / Liu, Y. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Function of Terfestatin Biosynthesis Enzymes TerB and TerC
著者: Clinger, J.A. / Elshahawi, S.I. / Zhang, Y. / Hall, R.P. / Liu, Y. / Miller, M.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2018年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TerB Oxidoreductase
B: TerB Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6489
ポリマ－68,9122
非ポリマー1,7367
水8,575476
1
A: TerB Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3305
ポリマ－34,4561
非ポリマー8744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TerB Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3184
ポリマ－34,4561
非ポリマー8623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.516, 80.598, 139.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...
21(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALA(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA2 - 2010 - 28
12ALAALAPHEPHE(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA22 - 5230 - 60
13TRPTRPALAALA(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA54 - 11862 - 126
14TYRTYRVALVAL(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA120 - 248128 - 256
15GLYGLYSERSER(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA-7 - 3071 - 315
16GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA253 - 276261 - 284
17VALVALPROPRO(chain A and (resid 2 through 20 or resid 22...AA287 - 306295 - 314
21GLUGLUALAALA(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB2 - 2010 - 28
22ALAALAPHEPHE(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB22 - 5230 - 60
23METMETPROPRO(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB1 - 3069 - 314
24METMETPROPRO(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB1 - 3069 - 314
25TYRTYRVALVAL(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB120 - 248128 - 256
26TYRTYRLEULEU(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB250 - 251258 - 259
27GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB253 - 276261 - 284
28ARGARGCYSCYS(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB278 - 285286 - 293
29VALVALPROPRO(chain B and (resid 2 through 20 or resid 22...BB287 - 306295 - 314

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要素

#1: タンパク質 TerB Oxidoreductase


分子量: 34455.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 株: RM. 5-8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: A0A3B6UEU0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG Monomethyl ether 2000, 50 mM NaCl, 10 mM HEPES buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.346 Å / Num. obs: 52609 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.374 % / Biso Wilson estimate: 24.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 18.51 / Num. measured all: 387913
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-2.027.3480.7163.1461523843383730.9190.76999.3
2.02-2.157.4610.4445.0658763788978760.9570.47799.8
2.15-2.337.4550.2817.8255062739273860.9820.30299.9
2.33-2.557.4580.18511.3450737681268030.990.19999.9
2.55-2.857.4470.11816.9146014619061790.9950.12799.8
2.85-3.297.4020.06926.8140511548454730.9980.07499.8
3.29-4.027.3120.03943.2634250469046840.9990.04299.9
4.02-5.677.1880.02953.526517369336890.9990.03299.9
5.67-47.3466.7740.02556.63145362175214610.02798.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.901→38.716 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 2630 5 %
Rwork0.1613 --
obs0.1632 52578 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.06 Å2 / Biso mean: 34.9591 Å2 / Biso min: 12.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.901→38.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 0 167 476 5428
Biso mean--26.57 37.89 -
残基数----621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8536997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7071910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3378X-RAY DIFFRACTION10.895TORSIONAL
12B3378X-RAY DIFFRACTION10.895TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9009-1.93550.28451350.23742555269098
1.9355-1.97270.26421370.211426132750100
1.9727-2.0130.24611370.19725832720100
2.013-2.05670.26381350.194725712706100
2.0567-2.10460.24471360.189325892725100
2.1046-2.15720.19321380.173426082746100
2.1572-2.21550.24821360.162225942730100
2.2155-2.28070.20391380.158926072745100
2.2807-2.35430.19651380.150626262764100
2.3543-2.43840.20471380.156326332771100
2.4384-2.53610.1961370.161426012738100
2.5361-2.65140.22691380.157926142752100
2.6514-2.79120.21821390.162926392778100
2.7912-2.9660.20831380.165926252763100
2.966-3.19490.21351380.175426262764100
3.1949-3.51620.19841410.164926752816100
3.5162-4.02460.1521410.138326662807100
4.0246-5.06880.15071420.125227152857100
5.0688-38.72430.19211480.17412808295699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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