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- PDB-6d2q: Crystal structure of the FERM domain of zebrafish FARP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d2q
タイトルCrystal structure of the FERM domain of zebrafish FARP1
要素FERM, RhoGEF (ARHGEF) and pleckstrin domain protein 1 (chondrocyte-derived)
キーワードSIGNALING PROTEIN / membrane targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phosphate binding / glomerular filtration / phosphatidylserine binding / cytoskeletal protein binding / phosphatidylinositol binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / filopodium / dendritic spine / cytoskeleton / cytosol
類似検索 - 分子機能
FARP1/FARP2/FRMD7, FERM domain C-lobe / : / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...FARP1/FARP2/FRMD7, FERM domain C-lobe / : / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-domain like / PH domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FERM, ARHGEF and pleckstrin domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Kuo, Y.C. / Zhang, X.
資金援助 米国, 中国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088197 米国
Welch FoundationI-1702 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)#31500605 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural analyses of FERM domain-mediated membrane localization of FARP1.
著者: Kuo, Y.C. / He, X. / Coleman, A.J. / Chen, Y.J. / Dasari, P. / Liou, J. / Biederer, T. / Zhang, X.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERM, RhoGEF (ARHGEF) and pleckstrin domain protein 1 (chondrocyte-derived)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3621
ポリマ－33,3621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.031, 59.436, 97.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FERM, RhoGEF (ARHGEF) and pleckstrin domain protein 1 (chondrocyte-derived)


分子量: 33361.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: farp1, si:ch211-235f1.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9QIC8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.0, 16 % MPD (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→40.77 Å / Num. obs: 6910 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 12.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D2K

6d2k


解像度: 2.99→40.77 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 690 10 %
Rwork0.2241 --
obs0.23 6910 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→40.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 0 0 2231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4713072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2721384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9945-3.22560.34061320.28831207X-RAY DIFFRACTION98
3.2256-3.550.34251340.25921219X-RAY DIFFRACTION99
3.55-4.06330.29911370.2271241X-RAY DIFFRACTION100
4.0633-5.11780.26011330.20331253X-RAY DIFFRACTION100
5.1178-40.77430.25711540.21131290X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.1915 Å / Origin y: 2.6237 Å / Origin z: 12.8098 Å
111213212223313233
T0.4435 Å20.0134 Å2-0.0651 Å2-0.4484 Å2-0.0286 Å2--0.5037 Å2
L2.3898 °2-0.1837 °20.7002 °2-1.8167 °2-0.9601 °2--3.1717 °2
S0.1865 Å °0.0126 Å °-0.4096 Å °-0.1421 Å °0.1895 Å °0.152 Å °0.4801 Å °-0.3614 Å °-0.3464 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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