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万見
- PDB-6d26: Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with fev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d26
タイトルCrystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with fevipiprant
要素Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTAGONIST / GPCR / MEMBRANE PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / prostaglandin F receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of male germ cell proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway ...prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / prostaglandin F receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of male germ cell proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / chemotaxis / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Formyl peptide receptor-related / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Formyl peptide receptor-related / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
fevipiprant / OLEIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / S-1,2-PROPANEDIOL / SUCCINIC ACID / Endolysin / Prostaglandin D2 receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Wang, L. / Yao, D. / Deepak, K. / Liu, H. / Gong, W. / Fan, H. / Wei, Z. / Zhang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Structures of the Human PGD2Receptor CRTH2 Reveal Novel Mechanisms for Ligand Recognition.
著者: Wang, L. / Yao, D. / Deepak, R.N.V.K. / Liu, H. / Xiao, Q. / Fan, H. / Gong, W. / Wei, Z. / Zhang, C.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,61919
ポリマ－52,2291
非ポリマー2,39018
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area22290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.457, 61.710, 266.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera / Chemoattractant receptor-homologous molecule expressed on Th2 cells / G-protein coupled receptor 44 ...Chemoattractant receptor-homologous molecule expressed on Th2 cells / G-protein coupled receptor 44 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 52228.727 Da / 分子数: 1
断片: CRTH2 (UNP residues 1-236), T4 ligase (UNP residues 2-12,61-161), CRTH2 (UNP residues 238-339)
変異: N25A,G237ADLGLQHR,A1298C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: PTGDR2, CRTH2, DL1R, GPR44, e, T4Tp126 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y5Y4, UniProt: D9IEF7

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非ポリマー , 7種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-FSY / fevipiprant / (2-methyl-1-{[4-(methylsulfonyl)-2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)acetic acid


分子量: 426.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17F3N2O4S / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 100 mM ammonium sulfate, 30% PEG400, 2% P400, 1 mM succinic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月16日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 19625 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 68.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.202 / Χ2: 1.153 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 95491
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.90.7747820.7080.3670.8620.54276.5
2.85-2.940.7738480.7710.3790.8670.5582.6
2.9-2.964.10.7069060.8110.3360.7880.5382.7
2.96-3.024.60.6338960.8450.2860.6990.57689.9
3.02-3.084.70.60310020.8540.2670.6640.62994.8
3.08-3.154.70.5599990.8640.2520.6170.65394.4
3.15-3.2350.53110030.8960.2350.5840.67697.4
3.23-3.325.30.45110130.9020.1960.4950.75496.8
3.32-3.425.50.41210500.9250.1760.4510.86598.2
3.42-3.535.70.3519900.9250.150.3840.98796.9
3.53-3.655.40.30910640.9440.1340.3391.16698.6
3.65-3.85.40.25310460.9620.1110.2791.3998.2
3.8-3.975.20.21210180.9620.0960.2341.4296.6
3.97-4.184.70.17810230.9690.0850.1991.73794
4.18-4.444.60.1449960.9840.0690.1611.66694.5
4.44-4.784.20.1269260.9870.0620.1421.65286.2
4.78-5.264.90.129990.9880.0550.1331.72392
5.26-6.025.30.12410410.9870.0530.1361.65395.3
6.02-7.565.10.10810200.9880.0480.1191.71491.3
7.56-304.50.07710030.9910.0380.0871.57482.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6C1Q

6c1q


解像度: 2.798→29.333 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 973 4.98 %
Rwork0.2503 18552 -
obs0.252 19525 91.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.59 Å2 / Biso mean: 84.9894 Å2 / Biso min: 38.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.798→29.333 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 149 3 3642
Biso mean--94.04 55.38 -
残基数----447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5945042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.11331
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7982-2.94560.44391120.35892181229377
2.9456-3.130.3881360.33292589272592
3.13-3.37130.34551460.30952780292696
3.3713-3.710.26961490.26822799294898
3.71-4.24550.26311430.23512783292696
4.2455-5.34360.2461400.22662653279391
5.3436-29.33480.25531470.21962767291489
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2941-0.2713-0.66711.81040.39544.3495-0.03730.5648-0.1754-0.24510.0814-0.0850.06020.1481-0.0170.4561-0.0188-0.02050.5577-0.09640.50692.014782.2726292.5409
21.73850.5316-1.67051.7285-1.32745.06650.0244-0.09640.03070.21810.14740.0996-0.2918-0.3313-0.2070.51070.0655-0.05590.4026-0.02220.572-2.217382.2904318.7889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 1241 )A5 - 1241
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1242 through 2327 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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