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万見
- PDB-6d12: Crystal structure of C-terminal xRRM domain of human Larp7 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d12
タイトルCrystal structure of C-terminal xRRM domain of human Larp7 bound to 7SK stem-loop 4 RNA
要素
  • La-related protein 7
  • human 7SK RNA stem-loop 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA RECOGNITION MOTIF / RRM / RNA APICAL LOOP / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 2'-O-snRNA methylation / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to Cajal body / negative regulation of viral transcription / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / U6 snRNA binding ...U6 2'-O-snRNA methylation / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to Cajal body / negative regulation of viral transcription / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / U6 snRNA binding / RNA splicing / mRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function ...LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / La-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.205 Å
Model details7SK protein in complex with RNA
データ登録者Eichhorn, C.D. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Feigon, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM107567 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for recognition of human 7SK long noncoding RNA by the La-related protein Larp7.
著者: Eichhorn, C.D. / Yang, Y. / Repeta, L. / Feigon, J.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 7
B: La-related protein 7
C: human 7SK RNA stem-loop 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3103
ポリマ－38,3103
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, native gel electrophoresis showed a reduced mobility that saturated at a ratio of 2:1 showing that 2 proteins bind 1 RNA molecule, light scattering, Dynamic light ...根拠: native gel electrophoresis, native gel electrophoresis showed a reduced mobility that saturated at a ratio of 2:1 showing that 2 proteins bind 1 RNA molecule, light scattering, Dynamic light scattering experiments indicated that the RNA-protein complex was the correct molecular weight, indicating that the complex formed a homogeneous sample and did not aggregate.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.910, 34.030, 95.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 7 / La ribonucleoprotein domain family member 7 / P-TEFb-interaction protein for 7SK stability / PIP7S


分子量: 13006.630 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA binding domain / 変異: L475M, E501L, Q504L, L521M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP7, HDCMA18P / プラスミド: pETXa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4G0J3
#2: RNA鎖 human 7SK RNA stem-loop 4


分子量: 12296.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 % / 解説: rods approx 20x20x50 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 0.05M Na Cacodylate,0.08M Mg acetate, 24% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→94.622 Å / Num. obs: 15929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.547 % / Biso Wilson estimate: 35.16 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I): 6.54 / Num. measured all: 120222 / Scaling rejects: 65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.267.481.1911.438879118811870.721.27999.9
2.26-2.327.3141.0781.598038110310990.7621.15999.6
2.32-2.397.910.8362.048804111211130.8970.895100
2.39-2.467.9120.7262.368585108610850.8870.77799.9
2.46-2.547.760.6522.637985102910290.9150.698100
2.54-2.637.6380.4893.317806102210220.9410.525100
2.63-2.737.4470.4413.5869939399390.9450.474100
2.73-2.847.2990.3064.7571249789760.9720.32999.8
2.84-2.977.8990.2635.7269358778780.9850.281100
2.97-3.117.8220.2047.0167588658640.9870.21899.9
3.11-3.287.6680.1828.3163268258250.9910.195100
3.28-3.487.2650.1529.7156817847820.9910.16499.7
3.48-3.727.1190.14710.9952187337330.9890.159100
3.72-4.017.8450.14612.753666866840.9930.15699.7
4.01-4.47.6890.13413.9648676346330.990.14599.8
4.4-4.927.360.1214.342915845830.9930.12999.8
4.92-5.686.8350.10913.5834865105100.9940.118100
5.68-6.957.5180.12314.5733084414400.9950.13299.8
6.95-9.837.0740.10216.0924053453400.990.11198.6
9.83-94.6226.6040.09117.2713672082070.9980.09899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALE20170615データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDS20170615データ削減
HKL2Map2016/1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.205→94.622 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 719 5.03 %
Rwork0.2279 --
obs0.2299 14297 90.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.02 Å2 / Biso mean: 61.2933 Å2 / Biso min: 15.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.205→94.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 816 0 46 2421
Biso mean---36.21 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9993580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5521030
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.205-2.37520.3614790.27191559163853
2.3752-2.61430.3541590.292929573116100
2.6143-2.99260.33281580.275929813139100
2.9926-3.77040.26671530.216630063159100
3.7704-94.70890.21741700.196230753245100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8531-0.484-0.34832.96360.21944.2613-0.08-0.29960.40370.4486-0.0502-0.2972-0.55-0.02180.12570.3943-0.0096-0.07290.1926-0.02830.24112.7692.624819.2354
23.08390.2421-1.16554.39210.82712.55870.02370.14-0.0894-0.2574-0.0771-0.09830.1437-0.12740.05450.2018-0.0038-0.09420.1944-0.01730.20753.5366-2.221589.0625
3-1.5386-0.188-1.9751-0.46841.65733.45610.06940.14740.4445-1.04960.2099-1.1162-0.3938-1.3369-0.14711.65830.21370.24811.3327-0.24670.41014.95840.168554.1811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 446 through 545)A446 - 545
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 446 through 548)B446 - 548
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 303 through 340)C303 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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