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- PDB-6d0k: Crystal structure of a CLC-type fluoride/proton antiporter, E118Q... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d0k
タイトルCrystal structure of a CLC-type fluoride/proton antiporter, E118Q mutant
要素
  • CLC-type fluoride/proton antiporter
  • Monobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN / fluoride/proton antiporter / CLC membrane protein
機能・相同性Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / voltage-gated chloride channel activity / membrane / FLUORIDE ION / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / Voltage-gated chloride channel protein
機能・相同性情報
生物種Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Last, N.B. / Stockbridge, R.B. / Wilson, A.E. / Shane, T. / Kolmakova-Partensky, L. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM107023 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM087519 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021832 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: A CLC-type F-/H+antiporter in ion-swapped conformations.
著者: Last, N.B. / Stockbridge, R.B. / Wilson, A.E. / Shane, T. / Kolmakova-Partensky, L. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLC-type fluoride/proton antiporter
B: CLC-type fluoride/proton antiporter
D: Monobody
C: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,22315
ポリマ－111,0614
非ポリマー3,16211
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Cross-linking demonstrated dimeric state of transporter.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11820 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area36040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)118.323, 125.987, 134.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUSERSERchain 'A'AA8 - 40211 - 405
211GLUGLUSERSER(chain 'B' and (resid 8 through 244 or (resid 245...BB8 - 40211 - 405
112SERSERVALVAL(chain 'C' and (resid 5 through 12 or resid 14 through 30 or resid 33 through 93))CD5 - 125 - 12
122ALAALASERSER(chain 'C' and (resid 5 through 12 or resid 14 through 30 or resid 33 through 93))CD14 - 3014 - 30
132TYRTYRTHRTHR(chain 'C' and (resid 5 through 12 or resid 14 through 30 or resid 33 through 93))CD33 - 9333 - 93
212SERSERVALVALchain 'D'DC5 - 125 - 12
222ALAALASERSERchain 'D'DC14 - 2914 - 29
232SERSERTHRTHRchain 'D'DC32 - 9332 - 93

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 10分子 ABDC

#1: タンパク質 CLC-type fluoride/proton antiporter


分子量: 45667.770 Da / 分子数: 2 / 変異: M4I, E118Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (strain EC10) (バクテリア)
株: EC10 / 遺伝子: ECAG_02710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9CPP6
#2: 抗体 Monobody


分子量: 9862.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 3種, 14分子

#4: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 化合物 ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA


分子量: 190.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10 mM HEPES, pH 7.0 100 mM ADA, pH 6.2 100 mM NaF 100 mM K Formate 24% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→49.73 Å / Num. obs: 29497 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 162.14 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 3.35→3.55 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 1.905 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4638 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D0J

6d0j


解像度: 3.35→49.73 Å / SU ML: 0.4703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.6084
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1442 4.93 %
Rwork0.2443 --
obs0.2453 29271 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 192.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7387 0 208 9 7604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00167794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.461710620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03851285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1224497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.470.42851600.40242721X-RAY DIFFRACTION99.48
3.47-3.610.38561450.3372742X-RAY DIFFRACTION99.38
3.61-3.770.3581400.28352740X-RAY DIFFRACTION99.34
3.77-3.970.26571600.25342726X-RAY DIFFRACTION99.28
3.97-4.220.31141480.23282742X-RAY DIFFRACTION98.84
4.22-4.550.26131460.20712765X-RAY DIFFRACTION99.08
4.55-50.21961050.18842805X-RAY DIFFRACTION99.39
5-5.730.27711040.22052841X-RAY DIFFRACTION99.7
5.73-7.210.25781570.24422826X-RAY DIFFRACTION99.93
7.21-49.740.25041770.25232921X-RAY DIFFRACTION99.01
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 137.841408937 Å / Origin y: 161.131810958 Å / Origin z: 1.51819653091 Å
111213212223313233
T1.57478484154 Å20.0604673085212 Å2-0.183501582836 Å2-1.3445488127 Å20.0236420749239 Å2--2.57862695057 Å2
L2.33519443693 °20.153451943704 °2-0.615440311867 °2-0.285112901115 °2-0.0373788785105 °2--2.16263958582 °2
S0.0652340987456 Å °-0.0932567342512 Å °0.132297902872 Å °-0.0127545713736 Å °0.011580880967 Å °-0.24714361203 Å °-0.034914726498 Å °0.212441955678 Å °-0.000101826837401 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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