PDB-6d0g: 1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Quercetin 2,3-dioxy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6d0g

タイトル

1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Quercetin 2,3-dioxygenase from Acinetobacter baumannii

要素

Pirin family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Quercetin 2 / 3-dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Quercetin 2,3-dioxygenase from Acinetobacter baumannii.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6d0g.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6d0g.ent.gz	114.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6d0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6d0g_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6d0g_full_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示
XML形式データ	6d0g_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6d0g_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5o26-2 5y5u-1 1lga-2 3orn-d 2oaa-1 6tnh-2 5ajq-1 1pot-d 6tg2-3 4gue-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95890

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pirin family protein

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.883, 73.616, 202.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-579- HOH

#1: タンパク質	Pirin family protein / Quercetin 2 / 3-dioxygenase 分子量: 36159.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: yhhW_2, yhhW_1, A388_00159, A7A65_05705, A7M90_08420, A7N09_08935, AZE33_00735, B4R90_09220, B9X91_00175, BGC29_04645, CAS83_08120, CBE85_14535, CEJ63_12860, CHQ89_16690, CPI82_15400, CV954_18565, LV38_01393 プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: V5VHS3, quercetin 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8.0 mg/mL protein in 0.01 M Tris, pH 8.3, screen: PACT (F2) (0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月6日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 29760 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.098 / R_sym value: 0.095 / Χ²: 1.382 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1272 / CC_1/2: 0.773 / R_pim(I) all: 0.223 / R_rim(I) all: 0.79 / R_sym value: 0.755 / Χ²: 0.998 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.78→29.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.298 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21009	1472	5 %	RANDOM
R_work	0.17438	-	-	-
obs	0.17629	28236	97.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.78→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2357	0	3	235	2595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.966	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.847	3	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.658	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.744	24.655	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.153	15	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.249	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.021	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.996	1.708	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.988	1.707	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.461	2.559	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.461	2.56	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.919	1.96	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.919	1.961	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.779	2.836	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.251	21.542	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.156	20.831	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.781→1.827 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	73	-
R_work	0.234	1867	-
obs	-	-	87.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0184	-2.9099	3.6042	4.8745	-3.988	6.5564	0.1241	0.0314	-0.0961	-0.1427	-0.0677	-0.2608	0.1485	0.3267	-0.0564	0.0067	0.0134	0.007	0.0762	0.0042	0.05	13.449	-0.1982	26.0692
2	1.7592	0.1179	0.3792	1.2129	-0.1837	0.9808	0.0241	-0.2394	-0.0275	0.039	0.0237	0.0088	-0.0119	-0.0161	-0.0478	0.066	-0.0056	0.0005	0.055	0.0155	0.0118	-2.9295	2.5162	28.1304
3	3.0812	0.5455	-0.1572	2.6279	0.9008	2.271	0.1368	-0.6968	-0.1503	0.2729	0.0375	-0.2639	0.0442	0.361	-0.1743	0.1208	0.0054	-0.0702	0.3056	0.0399	0.0773	11.7848	-1.1551	38.1104
4	1.6483	0.181	-0.1572	2.6148	-0.8399	3.2412	0.0129	0.1752	-0.2228	-0.4726	-0.0254	-0.0207	0.3607	0.1964	0.0125	0.1736	0.01	-0.0165	0.0438	-0.0107	0.047	-3.4075	-7.3433	10.4403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	199 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	259 - 315

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