PDB-6cz6: Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cz6

タイトル

Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator

要素

HTH-type transcriptional regulator PrpR

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / regulator /

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

propionate metabolic process, methylcitrate cycle / response to host immune response / cholesterol metabolic process / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription /

DNA binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Tang, S. / Sacchettini, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insight into the Mycobacterium tuberculosis protein PrpR reveals a novel type of transcription factor.
著者: Tang, S. / Hicks, N.D. / Cheng, Y.S. / Silva, A. / Fortune, S.M. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2018年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cz6.cif.gz	533.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cz6.ent.gz	459 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/6cz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/6cz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cyjC 6cyyC 6d2sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cyy-1 6cyj-1 6bhj-1 3der-d 5txp-1 5i1a-d 4cqn-2 6kdm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator PrpR

B: HTH-type transcriptional regulator PrpR

C: HTH-type transcriptional regulator PrpR

D: HTH-type transcriptional regulator PrpR

ヘテロ分子

197 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.188, 142.365, 145.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))
2	1	(chain B and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))
3	1	(chain C and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))	A	153 - 465
1	2	1	(chain A and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))	A	468 - 480
2	1	1	(chain B and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))	B	153 - 465
2	2	1	(chain B and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))	B	468 - 480
3	1	1	(chain C and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))	C	153 - 465
3	2	1	(chain C and (resid 153 through 465 or resid 468 through 480))	C	468 - 480
4	1	1	chain D	D	153 - 480

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator PrpR / Propionate regulator / PRPR 分子量: 48062.824 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 81-486 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prpR, Rv1129c, RVBD_1129c, P425_01178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06581
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bicine pH 9.5, Sodium Acetate, Zwittergent 3-14 / PH範囲: 7.5-9.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月2日

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal cryo-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 55505 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 65.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1.45 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 412165

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	7.4	1.132	2747	0.718	0.446	1.217	0.538	100
2.75-2.8	7.4	0.98	2737	0.793	0.385	1.054	0.535	100
2.8-2.85	7.5	0.791	2738	0.839	0.31	0.85	0.544	100
2.85-2.91	7.5	0.696	2761	0.885	0.273	0.748	0.564	100
2.91-2.97	7.5	0.555	2722	0.921	0.217	0.596	0.553	100
2.97-3.04	7.5	0.428	2731	0.944	0.168	0.46	0.598	100
3.04-3.12	7.5	0.349	2755	0.962	0.136	0.375	0.615	100
3.12-3.2	7.5	0.287	2742	0.973	0.112	0.308	0.637	100
3.2-3.3	7.5	0.217	2756	0.984	0.085	0.233	0.677	100
3.3-3.4	7.5	0.178	2735	0.988	0.069	0.191	0.773	100
3.4-3.52	7.5	0.158	2767	0.989	0.062	0.17	0.847	100
3.52-3.66	7.5	0.121	2749	0.994	0.047	0.13	0.973	100
3.66-3.83	7.5	0.099	2783	0.995	0.039	0.107	1.037	100
3.83-4.03	7.5	0.086	2739	0.997	0.033	0.092	1.171	99.9
4.03-4.29	7.4	0.077	2793	0.996	0.03	0.083	1.448	99.9
4.29-4.62	7.4	0.075	2783	0.996	0.03	0.081	1.938	99.7
4.62-5.08	7.3	0.086	2797	0.994	0.034	0.093	2.89	100
5.08-5.81	7.4	0.082	2821	0.996	0.032	0.088	2.972	100
5.81-7.32	7.3	0.078	2862	0.997	0.03	0.083	3.879	100
7.32-50	6.9	0.059	2987	0.998	0.024	0.064	5.882	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc1_2954	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELX		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→45.678 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2894	5.22 %	Random selection
R_work	0.1819	52533	-	-
obs	0.1835	55427	99.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.51 Å² / B_iso mean: 67.5606 Å² / B_iso min: 31.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→45.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10267	0	352	24	10643
B_iso mean	-	-	76.69	52	-
残基数	-	-	-	-	1309

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6102	X-RAY DIFFRACTION	8.577	TORSIONAL
1	2	B	6102	X-RAY DIFFRACTION	8.577	TORSIONAL
1	3	C	6102	X-RAY DIFFRACTION	8.577	TORSIONAL
1	4	D	6102	X-RAY DIFFRACTION	8.577	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6996-2.7439	0.3269	130	0.3064	2196	2326	88
2.7439-2.7912	0.3637	123	0.2989	2471	2594	100
2.7912-2.8419	0.2876	120	0.2857	2500	2620	100
2.8419-2.8966	0.3	142	0.2524	2479	2621	100
2.8966-2.9557	0.2612	149	0.2615	2490	2639	100
2.9557-3.02	0.3101	144	0.2487	2477	2621	100
3.02-3.0902	0.3095	133	0.2524	2492	2625	100
3.0902-3.1675	0.2517	130	0.2501	2492	2622	100
3.1675-3.2531	0.2972	122	0.2397	2493	2615	100
3.2531-3.3488	0.2964	125	0.2393	2511	2636	100
3.3488-3.4568	0.2762	138	0.2256	2517	2655	100
3.4568-3.5803	0.2756	149	0.2169	2493	2642	100
3.5803-3.7236	0.2379	139	0.1831	2504	2643	100
3.7236-3.893	0.2379	149	0.1745	2500	2649	100
3.893-4.0981	0.1627	146	0.1554	2496	2642	100
4.0981-4.3547	0.1818	148	0.1442	2516	2664	100
4.3547-4.6906	0.1505	129	0.1298	2515	2644	100
4.6906-5.1621	0.158	131	0.135	2553	2684	100
5.1621-5.9077	0.2152	144	0.1513	2563	2707	100
5.9077-7.4378	0.1813	152	0.1715	2578	2730	100
7.4378-45.6848	0.1552	151	0.155	2697	2848	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3528	2.3313	-1.3467	3.8248	-0.3471	3.207	0.0523	0.6269	0.0814	-0.5074	0.1187	0.2371	-0.0235	-0.1075	-0.2388	0.7428	0.0723	-0.1329	0.6891	0.0239	0.6212	0.0972	16.7273	5.5026
2	1.3173	0.1216	0.0923	4.2536	0.1193	1.663	0.0851	0.2818	0.0117	-0.3229	0.028	0.1805	0.0864	-0.1193	-0.1322	0.4483	-0.0017	-0.0251	0.4297	-0.0054	0.3668	2.5307	16.6993	10.6218
3	1.6298	-1.7867	-0.7156	3.543	-0.474	3.3248	0.0151	-0.1094	0.1057	-0.0168	0.2477	0.5723	0.5873	-0.223	-0.2531	0.7547	-0.0151	-0.0777	0.5463	-0.0362	0.6144	-1.2761	-1.3748	23.9034
4	1.708	-0.3064	-1.0351	0.4364	-0.3974	2.7893	0.0606	-0.0097	-0.1829	-0.0201	0.0876	-0.2557	0.5468	-0.0828	-0.1159	0.643	0.0348	-0.1214	0.4606	-0.0553	0.4898	5.3575	-2.4962	22.3134
5	0.9577	-0.0111	-1.526	1.9456	-1.0272	2.9907	0.042	0.2745	-0.6273	-0.1324	0.1019	0.7243	0.2153	-0.2068	-0.189	0.818	-0.1026	-0.1476	0.7721	0.0045	0.8695	-12.838	-10.2823	33.7353
6	0.4151	0.2845	0.2611	0.1939	0.1776	0.1637	-0.4512	0.2443	0.4472	-0.8955	0.4572	0.7508	0.8838	-0.6119	0.1194	0.7349	-0.1857	-0.2012	0.8351	0.1244	1.0008	-15.9286	-17.0301	44.4418
7	3.7142	-1.9609	2.3629	3.6173	-2.1851	5.2602	0.1488	-0.2719	-0.0312	0.3879	0.2114	0.4798	-0.4041	-0.5813	-0.3793	0.6072	0.087	0.195	0.5996	-0.0004	0.8378	-17.191	-3.826	58.8267
8	9.277	2.9268	-3.172	6.0183	-2.3366	6.9966	0.2581	-0.3773	-0.6543	0.8194	-0.1747	-0.4966	0.6303	-0.3016	-0.1346	0.8078	0.0032	0.0551	0.7936	0.0664	0.6488	-4.9579	-20.413	68.5349
9	1.9712	0.62	-0.4048	3.3574	-0.3483	1.4134	0.0962	-0.2085	0.003	0.3744	0.0839	0.3401	0.0197	-0.2258	-0.1527	0.5071	-0.0087	0.0901	0.4896	-0.0085	0.4612	-9.225	-11.5374	58.6517
10	1.6248	1.5854	0.8037	3.4817	-0.8228	4.1655	0.0653	0.1683	0.2688	0.1454	0.2002	0.4316	-0.5634	-0.3057	-0.2525	0.5719	0.0299	0.1419	0.4366	-0.04	0.5356	-3.469	6.3894	45.4641
11	3.3108	-1.1557	-1.0622	4.2925	2.476	5.7918	0.0149	0.1081	-0.0399	0.3343	-0.459	0.9675	-0.1396	-0.1252	0.3221	0.4991	0.0061	-0.0227	0.4154	-0.0189	0.4292	0.6454	-2.4306	47.0559
12	1.6276	-0.7809	1.8468	2.9006	-1.3363	5.1933	-0.0637	0.1555	0.5561	0.2939	0.1966	0.298	-0.8298	-0.0018	-0.135	0.6573	0.0294	0.2064	0.4984	-0.0712	0.6714	-2.2602	17.2737	41.7731
13	0.4708	1.4327	-1.206	6.3735	-6.0029	5.8273	-0.0117	-0.1319	0.1338	1.2041	0.7927	0.3897	-1.0667	-0.7139	-0.8042	0.88	0.129	0.1762	0.674	0.0671	0.8487	-5.8554	24.6174	22.2639
14	4.5834	-2.2008	2.0011	6.0732	-3.2488	4.9485	0.1756	0.0247	0.1339	0.5606	-0.4365	-0.6735	-0.4697	0.7126	0.4093	0.5557	-0.1258	-0.0657	0.8444	-0.0289	0.6215	41.4184	22.0737	31.6896
15	3.2537	1.3642	-1.5975	3.1141	0.4314	7.8139	0.2617	0.3977	0.6235	-0.6121	-0.3371	-0.264	-0.6244	0.1824	-0.0933	0.8067	-0.0659	0.0003	0.755	0.0889	0.8376	29.1413	31.0455	14.7724
16	4.7903	1.3043	0.6795	3.4275	-1.9146	2.7017	0.2025	0.4562	-0.0157	-0.0727	-0.1974	0.035	-0.2534	0.123	-0.0293	0.5947	-0.0346	0.0998	0.6405	-0.0493	0.4469	32.3908	17.7893	11.6742
17	4.2577	-0.0872	-0.3124	1.2643	-0.1467	3.4346	0.0567	-0.1169	0.3811	0.1924	-0.2087	-0.3143	-0.5278	0.3345	0.1064	0.5239	-0.1359	-0.0315	0.4438	0.0185	0.4906	33.9489	23.8818	31.418
18	2.0553	-0.2253	-1.8296	4.1981	-1.0814	3.896	-0.1418	-0.3391	-0.5474	0.3837	-0.1207	-0.22	0.1052	0.6654	0.2364	0.5344	-0.069	-0.0227	0.5756	-0.0783	0.4528	27.8768	8.2302	40.8947
19	2.0184	0.8492	0.6129	3.6107	-0.1602	0.3431	0.1837	-0.1969	-0.0833	0.3762	-0.1077	0.0589	-0.2299	0.5444	0.0102	0.6352	-0.0832	-0.0032	0.5602	-0.0716	0.4723	23.2867	12.452	43.2711
20	2.124	3.0456	-1.5803	4.758	-2.4017	1.2217	0.1558	-0.4299	-0.1013	0.7466	-0.3856	-0.4515	-0.4069	0.2995	0.3393	0.7508	-0.0636	-0.0941	0.8834	0.0346	0.6477	31.3567	-7.2095	57.2648
21	5.239	1.0575	-0.7641	1.8971	-0.069	1.7348	0.306	0.1543	-0.3133	-0.2388	-0.2542	-0.254	0.1445	0.241	0.1248	0.7811	0.1843	-0.0184	0.6973	-0.0543	0.7139	30.9704	-28.4322	49.4845
22	6.4543	-0.8438	2.4757	9.0484	0.8671	9.3478	0.3591	-0.8499	-0.4968	1.1067	-0.5918	0.2703	0.7405	-0.4478	0.2552	0.7742	-0.1032	-0.0072	0.6582	0.0254	0.6965	12.0902	-32.85	61.5164
23	5.8101	0.7793	0.5394	4.7656	-2.5596	6.1194	0.2059	-0.8545	-0.1399	0.4158	-0.4006	0.1693	-0.0151	0.1835	0.1406	0.3623	-0.0304	-0.0455	0.4605	-0.026	0.3034	18.8444	-20.6381	69.8769
24	1.9695	0.1632	-0.2337	1.1397	0.1895	3.3901	0.0828	0.0395	-0.3276	-0.2263	-0.1637	-0.066	0.4317	0.1203	0.0412	0.5838	0.0797	-0.015	0.423	-0.0089	0.5319	22.1474	-26.5226	50.8767
25	2.2906	0.7504	1.4605	3.6707	0.3204	5.0435	-0.1615	0.0539	0.1298	-0.6801	-0.0089	-0.3243	-0.127	0.5642	0.2233	0.6826	0.0644	0.0106	0.5534	-0.014	0.5095	26.3327	-12.3391	35.6032
26	2.5855	-2.6581	-1.6973	7.3529	4.9	5.1115	0.1311	-0.4406	0.4152	-0.2681	0.2181	-0.3463	0.067	0.5731	-0.2087	0.5944	-0.0067	-0.0101	0.5891	-0.0591	0.684	17.3342	-8.1169	45.8667
27	1.7612	1.2826	0.1448	3.9813	-1.6795	1.2227	-0.005	0.1203	0.0698	-1.1631	0.0326	-0.0916	0.3243	0.0299	-0.0212	0.8559	0.1285	-0.0029	0.539	-0.0995	0.4966	20.1159	-18.2207	28.003
28	0.3513	-0.1125	0.2404	3.9482	-2.719	1.9468	-0.1208	0.4791	0.0097	-0.3173	0.3228	-0.0534	0.5268	0.2106	0.4284	0.6402	0.1351	0.1288	0.809	-0.0223	0.6662	37.746	1.1896	23.429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 153 through 202 )	A	153 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 334 )	A	203 - 334
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 335 through 399 )	A	335 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 400 through 444 )	A	400 - 444
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 445 through 464 )	A	445 - 464
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 465 through 480 )	A	465 - 480
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 153 through 181 )	B	153 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 182 through 200 )	B	182 - 200
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 201 through 334 )	B	201 - 334
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 335 through 399 )	B	335 - 399
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 400 through 425 )	B	400 - 425
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 426 through 464 )	B	426 - 464
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 465 through 480 )	B	465 - 480
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 153 through 181 )	C	153 - 181
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 182 through 200 )	C	182 - 200
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 201 through 250 )	C	201 - 250
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 251 through 334 )	C	251 - 334
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 335 through 383 )	C	335 - 383
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 384 through 444 )	C	384 - 444
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 445 through 480 )	C	445 - 480
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 153 through 181 )	D	153 - 181
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 182 through 200 )	D	182 - 200
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 201 through 225 )	D	201 - 225
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 226 through 334 )	D	226 - 334
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 335 through 390 )	D	335 - 390
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 391 through 410 )	D	391 - 410
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 411 through 444 )	D	411 - 444
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 445 through 480 )	D	445 - 480

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)