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- PDB-6cyy: Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cyy
タイトルMycobacterium tuberculosis transcriptional regulator
要素HTH-type transcriptional regulator PrpR
キーワードTRANSCRIPTION / regulator / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate metabolic process, methylcitrate cycle / response to host immune response / cholesterol metabolic process / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Short-chain fatty acyl coenzyme A regulators, C-terminal / HTH-type transcriptional regulator RamB / Short-chain fatty acyl coenzyme A regulators / IrrE N-terminal-like domain / IrrE N-terminal-like domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / IRON/SULFUR CLUSTER / HTH-type transcriptional regulator PrpR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Tang, S. / Sacchettini, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insight into the Mycobacterium tuberculosis protein PrpR reveals a novel type of transcription factor.
著者: Tang, S. / Hicks, N.D. / Cheng, Y.S. / Silva, A. / Fortune, S.M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2018年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator PrpR
B: HTH-type transcriptional regulator PrpR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5866
ポリマ－95,3472
非ポリマー2,2384
水724
1
A: HTH-type transcriptional regulator PrpR
B: HTH-type transcriptional regulator PrpR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator PrpR
B: HTH-type transcriptional regulator PrpR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,17112
ポリマ－190,6954
非ポリマー4,4778
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area23610 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area49710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.871, 144.871, 97.265
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 152 - 481 / Label seq-ID: 95 - 424

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator PrpR / Propionate regulator / PRPR


分子量: 47673.641 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 81-486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prpR, Rv1129c, RVBD_1129c, P425_01178 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06581
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bicine pH9.5, Sodium Acetate, Zwittergent 3-14

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35534 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 70.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 753694
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5422.60.73317730.9670.1570.750.393100
2.54-2.5922.30.56517670.980.1210.5780.406100
2.59-2.6422.30.47317800.9820.1020.4840.416100
2.64-2.6921.80.38817710.9880.0840.3970.43299.9
2.69-2.7521.30.31517740.9910.0690.3230.457100
2.75-2.8219.40.25417730.9930.0590.2610.484100
2.82-2.8922.40.20817750.9960.0450.2130.505100
2.89-2.9622.70.1717880.9970.0360.1740.558100
2.96-3.0522.60.13517810.9980.0290.1380.636100
3.05-3.1522.10.11317990.9980.0240.1150.744100
3.15-3.2621.70.09517750.9990.0210.0970.869100
3.26-3.3920.60.08417860.9990.0190.0861.094100
3.39-3.5520.60.07718120.9990.0170.0791.195100
3.55-3.7318.30.0712370.9990.0160.0721.25868.5
3.73-3.9719.90.06618010.9990.0150.0681.66399.5
3.97-4.2721.50.05518160.9990.0120.0571.81399.8
4.27-4.719.90.05218250.9990.0120.0531.90899.7
4.7-5.3822.10.04918420.9990.010.051.87399.9
5.38-6.7819.90.04818610.9990.0110.0491.882100
6.78-5019.60.04119980.9990.0090.0422.23199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13rc1_2954精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CZ6

6cz6


解像度: 2.506→46.104 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 1997 5.63 %Random selection
Rwork0.1835 33471 --
obs0.1852 35468 98.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.77 Å2 / Biso mean: 77.7527 Å2 / Biso min: 48.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.506→46.104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5172 0 112 4 5288
Biso mean--73.98 62.62 -
残基数----660
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2034X-RAY DIFFRACTION4.889TORSIONAL
12B2034X-RAY DIFFRACTION4.889TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5056-2.56820.30911400.26292357249799
2.5682-2.63770.28911430.247623942537100
2.6377-2.71530.30351410.245823682509100
2.7153-2.80290.32641450.242224082553100
2.8029-2.90310.32231430.250624042547100
2.9031-3.01930.28761440.26724082552100
3.0193-3.15660.31811430.25324002543100
3.1566-3.3230.28961440.239524112555100
3.323-3.53120.26951450.225324242569100
3.5312-3.80370.22611130.20411892200578
3.8037-4.18620.18571440.15992433257799
4.1862-4.79140.16671470.137124452592100
4.7914-6.03460.17541500.157625072657100
6.0346-46.11190.17141550.153926202775100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.87581.0319-1.60913.2519-0.68835.0630.2309-0.38490.38930.4813-0.29460.6428-0.96950.12360.15550.65070.023-0.05580.7062-0.12120.6294-23.732165.0271-5.3297
26.48990.84283.52313.96880.48834.08590.20620.61950.43120.1284-0.15550.1968-0.20340.06970.08780.804-0.01360.00130.75310.05230.7838-10.912369.6604-23.3174
33.79481.2213-0.06553.1845-0.22052.7680.1087-0.383-0.49160.0123-0.1114-0.47220.10240.4823-0.00110.57060.0066-0.02480.73630.07640.6187-4.344755.3132-18.8086
43.94030.31820.53021.10470.0321.6065-0.0336-0.4440.39460.2131-0.10520.1697-0.2634-0.12420.190.61150.0521-0.00690.5266-0.07420.6515-23.783264.0517-13.1687
54.17141.3810.73724.0465-1.46942.53710.2744-0.4637-0.09150.3731-0.22620.59340.2051-0.2631-0.00640.59340.0566-0.02670.6937-0.08630.6892-37.194248.4163-10.2251
61.1721-1.22630.01865.05151.74440.9276-0.6761-0.797-0.11040.09480.48340.49830.40050.3820.05580.78820.1115-0.02340.68850.03490.5716-27.834844.7759-18.5721
70.94381.71650.34573.4622-0.23132.18130.02010.20630.1290.2691-0.14540.87890.04-0.17940.09160.61960.11590.08060.651-0.08020.8969-45.080154.2609-16.3542
87.01830.2751.176.9307-0.76280.45250.2781-0.7475-0.07690.8307-0.32090.7153-0.0216-0.781-0.08950.93720.00860.1660.9895-0.05120.9671-46.556239.12150.4077
94.03651.48760.36792.1599-0.1830.17260.6399-0.92260.82191.0207-0.60570.6696-0.66110.5637-0.25011.1724-0.17740.12471.3306-0.14040.7867-53.753528.94863.4963
103.07330.2688-0.22871.3751-0.12012.24520.0815-0.4674-0.41160.2646-0.1947-0.10170.1955-0.04110.08840.67320.0130.00090.67030.1380.6318-47.89213.238-2.0965
114.20750.7874-0.53175.585-0.05622.35480.179-0.9389-0.42950.9054-0.1075-0.5025-0.02410.2301-0.00850.59690.0678-0.0620.7180.130.6413-33.155626.5994-2.6428
123.80092.2982-1.74215.15221.24342.45880.09-0.16230.12750.0637-0.41-0.7502-0.05780.23050.16380.59060.09240.03580.6890.16070.72-28.022427.4152-12.9249
130.51221.0062-0.30682.6567-0.94311.8177-0.3136-0.6527-0.257-0.07050.3467-0.13310.0874-0.2299-0.15960.56030.1096-0.11110.7117-0.01820.5484-39.251725.8664-12.9875
141.72461.30090.17763.29920.81470.24950.0294-0.2031-0.115-0.1723-0.1467-0.6293-0.31680.53510.06360.65930.0669-0.06330.86070.23920.8632-19.145330.5921-9.9976
150.7383-0.209-0.85320.06160.21521.11740.7111-1.3388-1.08520.996-0.4409-0.77670.3535-0.2292-0.13711.1423-0.2319-0.17531.41070.17561.1003-11.305849.6208-5.7139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 152 through 182 )A152 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 183 through 202 )A183 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 203 through 234 )A203 - 234
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 235 through 334 )A235 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 335 through 389 )A335 - 389
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 390 through 410 )A390 - 410
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 411 through 444 )A411 - 444
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 445 through 464 )A445 - 464
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 465 through 481 )A465 - 481
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 152 through 334 )B152 - 334
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 335 through 360 )B335 - 360
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 361 through 398 )B361 - 398
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 399 through 425 )B399 - 425
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 426 through 464 )B426 - 464
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 465 through 481 )B465 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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