PDB-6cyl: Crystal Structure of Superoxide Dismutase double mutant (G74Q+Q14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cyl

タイトル

Crystal Structure of Superoxide Dismutase double mutant (G74Q+Q149G) from Trichoderma reesei

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / enzymatic activity

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mendoza Rengifo, E. / Garratt, R.C. / Pereira, H.M. / Ferreira Jr., J.R.S.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mn Superoxide Dismutase double mutant (G74Q+Q149G) from Trichoderma reesei
著者: Mendoza Rengifo, E. / Garratt, R.C. / Pereira, H.M. / Ferreira Jr., J.R.S.

履歴

登録	2018年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cyl.cif.gz	324.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cyl.ent.gz	264.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cyl_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cyl_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6cyl_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	6cyl_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/6cyl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cypC 5tir C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gxo-2 2qkc-1 3c3s-1 7kkw-1 1n0j-1 1ap5-1 1szx-1 3c3t-1 1kkc-d 7klb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

92.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.571, 78.433, 158.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 5 through 198)
2	1	(chain B and resid 5 through 198)
3	1	(chain C and resid 5 through 198)
4	1	(chain D and resid 5 through 198)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 5 - 198 / Label seq-ID: 4 - 197

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 5 through 198)	A	A
2	(chain B and resid 5 through 198)	B	B
3	(chain C and resid 5 through 198)	C	C
4	(chain D and resid 5 through 198)	D	D

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23129.090 Da / 分子数: 4 / 変異: G74Q, Q149G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類) 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_66345 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RQS7, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 mM Bis-Tris, pH 6.5 PH範囲: 5.5-7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→79.14 Å / Num. obs: 72980 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.21 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.84	4	0.649	4263	0.671	1	99.7
9-79.14	3.7	0.055	662	0.991	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		モデル構築
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	V3.24	データ抽出
SCALA		データスケーリング

精密化

解像度: 1.8→79.14 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	3624	4.97 %
R_work	0.2422	-	-
obs	0.2432	72899	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.33 Å² / B_iso mean: 18.3684 Å² / B_iso min: 3.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→79.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6093	0	4	678	6775
B_iso mean	-	-	9.14	21.7	-
残基数	-	-	-	-	787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.492	8546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	921
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.278	3630

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3660	X-RAY DIFFRACTION	5.676	TORSIONAL
1	2	B	3660	X-RAY DIFFRACTION	5.676	TORSIONAL
1	3	C	3660	X-RAY DIFFRACTION	5.676	TORSIONAL
1	4	D	3660	X-RAY DIFFRACTION	5.676	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8237	0.359	152	0.3487	2618	2770	100
1.8237-1.8487	0.3537	125	0.3323	2598	2723	99
1.8487-1.8751	0.3437	148	0.3129	2634	2782	100
1.8751-1.9031	0.2898	130	0.2768	2637	2767	99
1.9031-1.9328	0.2763	137	0.2676	2612	2749	100
1.9328-1.9645	0.3155	136	0.286	2652	2788	100
1.9645-1.9984	0.3131	122	0.2724	2642	2764	100
1.9984-2.0347	0.2894	139	0.2709	2613	2752	100
2.0347-2.0739	0.2938	133	0.275	2662	2795	100
2.0739-2.1162	0.32	126	0.2769	2644	2770	100
2.1162-2.1622	0.2818	117	0.2686	2684	2801	100
2.1622-2.2125	0.31	149	0.2614	2609	2758	100
2.2125-2.2679	0.3185	146	0.2699	2655	2801	100
2.2679-2.3292	0.315	141	0.272	2664	2805	100
2.3292-2.3977	0.2888	173	0.2654	2614	2787	100
2.3977-2.4751	0.3134	136	0.2615	2641	2777	100
2.4751-2.5636	0.295	150	0.2622	2643	2793	100
2.5636-2.6663	0.2604	153	0.259	2650	2803	100
2.6663-2.7876	0.2853	136	0.2624	2697	2833	100
2.7876-2.9346	0.2859	131	0.2507	2687	2818	100
2.9346-3.1184	0.277	138	0.2463	2672	2810	100
3.1184-3.3592	0.2254	133	0.2279	2703	2836	100
3.3592-3.6973	0.2255	141	0.2196	2716	2857	100
3.6973-4.2322	0.1912	160	0.1812	2699	2859	100
4.2322-5.332	0.1733	153	0.1662	2743	2896	100
5.332-79.2181	0.1597	119	0.1705	2886	3005	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1351	-0.0987	-0.4302	0.6114	-0.2106	0.9061	0.1601	0.1485	0.1994	-0.096	-0.0058	0.0412	-0.0049	-0.0262	-0.0594	0.0534	0.0317	0.0004	0.1076	0.0454	0.1238	131.2646	339.9348	158.7089
2	0.9138	0.2039	-0.3953	0.7614	-0.6085	0.7762	0.0942	0.0053	0.0538	0.015	0.0221	0.0916	-0.006	-0.0196	-0.0789	0.0244	0.0182	-0.0277	0.0735	-0.0062	0.0585	123.0194	326.9587	171.7701
3	0.7179	0.1007	0.3944	0.5242	0.202	0.4127	0.0167	-0.2271	0.3206	0.1818	-0.0939	-0.0673	-0.216	0.172	0.1084	0.1246	-0.0687	-0.0052	0.2364	-0.0806	0.2228	145.9111	348.5705	174.0305
4	1.1048	0.9516	0.4783	2.5709	0.7833	0.6741	0.0626	-0.0795	0.0721	0.1016	-0.0904	-0.2828	-0.0484	0.2244	-0.0008	0.0763	-0.0295	-0.022	0.3077	0.0043	0.1624	151.5419	336.4667	171.5729
5	1.4482	0.2794	0.5283	2.7971	0.4579	0.8994	0.0783	-0.2697	0.1133	0.3754	-0.0813	-0.1553	0.0681	0.0461	-0.0426	0.063	-0.0123	-0.0379	0.1672	-0.0423	0.0758	141.7961	332.5093	176.6953
6	1.1456	0.2201	0.2306	1.3903	0.0629	0.0465	-0.0342	-0.0944	0.0583	0.134	-0.0234	0.0071	0.0271	-0.0024	-0.0523	0.0247	0.0132	-0.0103	0.1273	-0.0231	0.0574	139.5051	331.7129	166.4636
7	1.6567	-0.3204	0.055	1.2268	0.6013	0.6021	0.0408	0.0251	0.1359	-0.007	0.0475	-0.174	-0.0059	0.0875	-0.0014	0.033	-0.003	0.018	0.1371	-0.0345	0.1231	147.1499	338.6374	162.489
8	0.3288	0.301	0.7003	2.3378	-0.4264	2.0439	0.0955	-0.2669	0.3267	0.3747	-0.0356	0.1775	-0.219	-0.1498	-0.0678	0.126	-0.0113	0.0225	0.1799	-0.0963	0.1851	138.0354	347.8831	176.3486
9	0.9068	0.2904	0.1119	0.567	0.1695	1.2686	-0.0736	0.0171	-0.1707	-0.0845	0.054	-0.193	-0.066	0.0545	-0.0031	0.0662	-0.0063	0.0363	0.0754	-0.0278	0.139	149.4429	312.1839	157.302
10	0.9006	0.7669	0.7031	1.9004	1.2623	1.5057	0.0387	-0.1765	-0.2122	0.2193	-0.1129	0.215	0.3414	-0.3354	0.0317	0.1169	-0.0597	0.0469	0.1432	-0.0219	0.199	129.8325	304.254	159.8936
11	1.5048	0.8575	1.0787	2.483	1.8468	2.8227	0.0382	-0.1901	-0.3565	0.4276	0.0883	-0.1385	0.474	-0.0693	-0.1402	0.1144	0.0351	0.001	0.1037	-0.0035	0.164	139.6394	306.4408	162.8982
12	0.4576	0.5731	0.3179	2.1816	0.1575	0.7913	-0.0602	0.0136	-0.1863	-0.0828	0.0216	0.1693	0.0907	-0.1774	0.0348	0.0584	-0.0465	0.0163	0.1251	-0.0274	0.1126	134.7439	312.3338	152.0203
13	0.4248	0.1534	0.1398	1.0259	-0.394	0.5814	0.0436	-0.1112	-0.0382	0.0261	0.0967	0.1524	0.1391	-0.2189	-0.1027	0.147	-0.0209	-0.0097	0.1315	0.0225	0.0695	120.6509	308.0386	195.1513
14	0.5027	0.2618	0.0297	1.088	0.0251	0.3763	0.0461	-0.05	-0.1008	-0.1766	0.0218	0.0771	0.2351	-0.1102	-0.0903	0.1859	-0.0217	-0.026	0.1188	0.0278	0.0522	122.3825	306.0597	186.4639
15	0.4711	0.2478	0.1034	0.1994	-0.0054	0.0744	0.015	0.1379	-0.1711	-0.1042	0.0928	-0.0909	0.2312	0.04	0.0017	0.4587	-0.0217	-0.0366	0.1819	-0.0866	0.1919	126.3795	286.0336	172.844
16	2.4312	3.7177	2.043	6.6964	3.7707	2.1301	-0.0209	0.1346	-0.5121	-0.1716	0.0441	-0.4149	0.388	-0.0669	-0.041	0.4394	0.0142	-0.0243	0.1242	-0.0227	0.2232	136.0897	290.5152	180.5851
17	1.918	0.6392	0.3281	1.7727	1.3235	1.0019	-0.0599	0.268	0.0334	-0.3344	0.1332	0.1225	0.034	0.2007	-0.038	0.2258	-0.0418	-0.0594	0.1172	-0.0082	0.0815	128.7057	301.4779	179.1426
18	0.1598	0.0978	0.0164	0.2021	0.2609	0.4493	0.0478	-0.0118	-0.1273	-0.0419	0.061	0.0121	0.4341	-0.1075	-0.1783	0.2819	-0.0589	-0.0906	0.1091	0.0309	0.1068	129.9124	293.991	189.6742
19	0.1169	0.1286	-0.1096	0.2141	-0.3058	0.5541	-0.0089	-0.1455	-0.0917	0.0519	-0.1271	-0.2184	0.169	0.355	-0.1669	0.1632	0.0614	-0.0854	0.2135	0.1122	0.2298	153.288	305.3713	190.6716
20	0.2408	0.2838	0.3049	0.3315	0.3571	0.381	-0.1466	-0.0455	0.2041	0.3138	-0.0503	-0.3122	-0.4271	0.1892	0.0519	0.5359	-0.0785	-0.2516	0.2171	-0.0066	0.3727	148.1678	327.1321	203.8183
21	1.3434	0.3926	1.0669	0.7203	0.3315	1.631	-0.1776	0.1836	0.3271	-0.0092	-0.0914	-0.1648	-0.4107	0.3942	0.2608	0.1992	-0.0805	-0.1418	0.264	0.0973	0.2208	147.4763	321.2249	191.0728
22	0.6462	0.2662	0.4939	0.4181	0.0398	0.545	-0.0769	-0.1304	0.3301	0.1716	-0.171	-0.18	-0.4781	0.2482	0.205	0.294	-0.0947	-0.1506	0.2009	0.0213	0.2305	145.4847	316.0768	202.5997

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 33 )	A	5 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 84 )	A	34 - 84
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 111 )	A	85 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 112 through 125 )	A	112 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 147 )	A	126 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 148 through 176 )	A	148 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 177 through 187 )	A	177 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 200 )	A	188 - 200
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 98 )	B	2 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 99 through 147 )	B	99 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 148 through 163 )	B	148 - 163
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 164 through 198 )	B	164 - 198
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 54 )	C	2 - 54
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 55 through 98 )	C	55 - 98
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 99 through 111 )	C	99 - 111
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 112 through 125 )	C	112 - 125
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 126 through 163 )	C	126 - 163
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 164 through 198 )	C	164 - 198
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 3 through 84 )	D	3 - 84
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 85 through 125 )	D	85 - 125
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 126 through 163 )	D	126 - 163
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 164 through 199 )	D	164 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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