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- PDB-6cxw: Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera with enhanced PIP2 binding function -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxw
タイトルSynaptotagmin 1 C2A beta4 chimera with enhanced PIP2 binding function
要素Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera
キーワードEXOCYTOSIS / C2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / calcium ion sensor activity / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / calcium ion sensor activity / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / vesicle docking / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / syntaxin-1 binding / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle exocytosis / excitatory synapse / synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to calcium ion / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / secretory granule / terminal bouton / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / presynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / protein heterodimerization activity / axon / glutamatergic synapse / calcium ion binding / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.832 Å
データ登録者Sutton, R.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)061876 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)063634 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineering a C2-domain to bind PIP2
著者: Evans, C.S. / Lou, X. / Bai, H. / Rice, A.M. / Salcido-Holguin, L. / Rodriguez, E.N. / Sutton, R.B. / Chapman, E.R.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6931
ポリマ－14,6931
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.143, 45.105, 89.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera / Synaptotagmin I / SytI / p65


分子量: 14692.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21707
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 50% PEG-4000, 0.4 mM Sodium acetate, 100 mM Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.283572 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月12日 / 詳細: Rh coasted flat bent mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283572 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→31.73 Å / Num. obs: 9789 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 51.6 / Num. measured all: 85169 / Scaling rejects: 88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.83-1.872.50.06912214840.990.0480.08512.480.2
8.97-31.739.30.054865930.9990.0180.05778.289.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wee

4wee


解像度: 1.832→31.728 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 977 10.01 %Random selection
Rwork0.1747 8786 --
obs0.1785 9763 95.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.79 Å2 / Biso mean: 24.2284 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.832→31.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1025 0 0 131 1156
Biso mean---30.12 -
残基数----127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7161421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.397635
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8322-1.92880.20991260.19371134126089
1.9288-2.04960.22041420.182712771419100
2.0496-2.20780.21391400.1721260140099
2.2078-2.42990.22861410.18031277141898
2.4299-2.78140.24921410.1961261140297
2.7814-3.50350.21751420.18031276141896
3.5035-31.73290.18011450.15381301144693
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2836-0.10711.19272.29160.02584.5117-0.00540.19650.0527-0.3268-0.02910.041-0.41850.38510.02920.11320.0147-0.00570.06470.01130.112311.14655.143-20.4413
22.6330.74311.14265.6503-0.8553.1585-0.1034-1.5807-0.3311.09190.2919-0.1058-0.11510.13870.24130.26970.0234-0.0370.46920.03870.154616.2053-0.92353.3708
35.87820.49835.02940.55320.43956.01920.0567-0.0269-0.1323-0.1316-0.0881-0.00790.20220.0569-0.22250.10130.01080.01350.0455-0.0050.10459.8583-5.7186-16.888
45.1421-0.12422.45810.98890.27352.49390.39060.1841-0.6907-0.12090.1145-0.18120.3759-0.1057-0.20440.1460.0379-0.0385-0.0075-0.03260.22497.4435-9.4767-21.9624
51.6387-0.12590.0532.16330.7342.3373-0.0095-0.0455-0.0157-0.1724-0.0507-0.1425-0.19460.2295-0.01650.0496-0.00540.00610.08040.02730.12218.73241.0698-13.5141
61.93650.2861-0.47981.43090.05432.27260.02840.13190.1368-0.3576-0.24290.06620.162-0.37830.02990.15870.0458-0.01130.0821-0.01590.11185.8159-2.2115-22.1834
70.9682-2.11920.50835.4906-1.17614.8103-0.2123-0.6586-0.05650.2340.1794-0.05830.01720.0148-0.01710.15240.0358-0.01130.18990.04630.116820.0579-13.1546-3.2038
82.7369-0.07741.11850.14260.12410.85830.00980.049-0.0976-0.02690.01280.09050.0746-0.1054-0.06070.08450.01510.0280.0856-0.01430.09113.68222.5098-18.1718
91.3541-0.33990.21581.9065-0.82663.10790.1257-0.14210.05030.14920.1980.5699-0.3473-0.2075-0.23760.08770.02450.01770.1360.03360.15725.18245.1034-10.6362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 141 through 166 )A141 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 178 )A167 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 179 through 187 )A179 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 188 through 196 )A188 - 196
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 215 )A197 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 232 )A216 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 233 through 239 )A233 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 240 through 257 )A240 - 257
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 258 through 267 )A258 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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