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万見
- PDB-6cxt: Crystal structure of FAD-dependent dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cxt
タイトルCrystal structure of FAD-dependent dehydrogenase
要素
  • Alpha/beta hydrolase fold protein
  • Butyryl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / acyl carrier protein / FAD-dependent enzyme / natural product biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


short-chain acyl-CoA dehydrogenase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain ...Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Alpha/beta hydrolase family / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-FK4 / Alpha/beta hydrolase fold protein / Butyryl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinomonas mediterranea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Agarwal, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R00ES026620 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Insights into Thiotemplated Pyrrole Biosynthesis Gained from the Crystal Structure of Flavin-Dependent Oxidase in Complex with Carrier Protein.
著者: Thapa, H.R. / Robbins, J.M. / Moore, B.S. / Agarwal, V.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6426
ポリマ－50,2972
非ポリマー1,3454
水6,215345
1
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Butyryl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,56724
ポリマ－201,1878
非ポリマー5,38016
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area34200 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area59830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.416, 104.416, 234.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-230-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase fold protein / Bmp1(CP)


分子量: 8592.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea (strain ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1) (バクテリア)
株: ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1 / 遺伝子: Marme_4088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2K074
#2: タンパク質 Butyryl-CoA dehydrogenase / Bmp3


分子量: 41703.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea (strain ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1) (バクテリア)
株: ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1 / 遺伝子: Marme_4091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2K077, short-chain acyl-CoA dehydrogenase

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非ポリマー , 4種, 349分子

#3: 化合物 ChemComp-FK4 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-4-{[(R)-hydroxy(oxo)-lambda~5~-phosphanyl]oxy}-3,3-dimethylbutanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] 1H-pyrrole-2-carbothioate


分子量: 435.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N3O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.42 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15 mM magnesium acetate, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45 Å / Num. obs: 60078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.357 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 1386667
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9322.20.64529320.9710.1390.660.467100
1.93-1.9722.90.54629500.9770.1160.5580.473100
1.97-2.0123.20.4529480.9910.0950.460.502100
2.01-2.0523.40.38129280.9870.080.390.542100
2.05-2.0923.40.32129450.990.0670.3280.596100
2.09-2.1423.50.26629500.9930.0560.2720.646100
2.14-2.1923.50.23229600.9940.0490.2370.71100
2.19-2.2523.50.2229570.9940.0460.2250.77100
2.25-2.3223.50.1929730.9960.040.1940.815100
2.32-2.3923.60.16929690.9970.0350.1720.882100
2.39-2.4823.70.14829650.9970.0310.1511.01100
2.48-2.5823.70.13729750.9970.0290.141.116100
2.58-2.723.70.12430000.9980.0260.1271.29100
2.7-2.8423.60.11329890.9980.0240.1161.528100
2.84-3.0223.50.10930230.9970.0230.1111.891100
3.02-3.2523.10.09630230.9980.020.0982.481100
3.25-3.5822.50.09130380.9970.020.0933.221100
3.58-4.0921.70.07630720.9990.0170.0783.425100
4.09-5.1522.30.06231280.9990.0130.0642.90899.9
5.15-4521.60.04333530.9990.010.0441.83499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4IRN & 4ETW

4irn

4etw


解像度: 1.9→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.497 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21072 1933 3.3 %RANDOM
Rwork0.18184 ---
obs0.1828 56340 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3415 0 89 345 3849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.9774897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2835449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.7324.643168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19615585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.581518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7942.7091781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9384.0392223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4963.0341826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.64238.2855955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 128 -
Rwork0.223 3708 -
obs--88.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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