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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cxs | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Clostridium perfringens beta-glucuronidase bound with a novel, potent inhibitor 4-(8-(piperazin-1-yl)-1,2,3,4-tetrahydro-[1,2,3]triazino[4',5':4,5]thieno[2,3-c]isoquinolin-5-yl)morpholine | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE-INHIBITOR complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport ...: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space / DNA damage response / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wallace, B.D. / Redinbo, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Targeted inhibition of gut bacterial beta-glucuronidase activity enhances anticancer drug efficacy. 著者: Bhatt, A.P. / Pellock, S.J. / Biernat, K.A. / Walton, W.G. / Wallace, B.D. / Creekmore, B.C. / Letertre, M.M. / Swann, J.R. / Wilson, I.D. / Roques, J.R. / Darr, D.B. / Bailey, S.T. / ...著者: Bhatt, A.P. / Pellock, S.J. / Biernat, K.A. / Walton, W.G. / Wallace, B.D. / Creekmore, B.C. / Letertre, M.M. / Swann, J.R. / Wilson, I.D. / Roques, J.R. / Darr, D.B. / Bailey, S.T. / Montgomery, S.A. / Roach, J.M. / Azcarate-Peril, M.A. / Sartor, R.B. / Gharaibeh, R.Z. / Bultman, S.J. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cxs.cif.gz | 374.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cxs.ent.gz | 298.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cxs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cxs_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cxs_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cxs_validation.xml.gz | 68 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cxs_validation.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/6cxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/6cxs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4jkmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69087.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: 13 / Type A / 遺伝子: bglR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XP19 #2: タンパク質 | 分子量: 43993.242 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 27-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 28-36% PEG 400 / PH範囲: 6.0-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.688→48.682 Å / Num. all: 69596 / Num. obs: 69596 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 60.45 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.114 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 327990 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JKM 解像度: 2.8→48.682 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 156.55 Å2 / Biso mean: 61.0749 Å2 / Biso min: 21.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→48.682 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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