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- PDB-6cws: The NMR solution structure of CCL28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cws
タイトルThe NMR solution structure of CCL28
要素C-C motif chemokine 28
キーワードCYTOKINE / CCL28 / Chemokine / Antifungal activity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte tethering or rolling / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / response to nutrient / cell chemotaxis / chemotaxis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / immune response ...negative regulation of leukocyte tethering or rolling / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / response to nutrient / cell chemotaxis / chemotaxis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / immune response / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Thomas, M.A. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI120655 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F30 HL134253 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM080202 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Solution Structure of CCL28 Reveals Structural Lability that Does Not Constrain Antifungal Activity.
著者: Thomas, M.A. / He, J. / Peterson, F.C. / Huppler, A.R. / Volkman, B.F.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3941
ポリマ－12,3941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 28 / Mucosae-associated epithelial chemokine / MEC / Protein CCK1 / Small-inducible cytokine A28


分子量: 12394.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL28, SCYA28 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Aphyosemion etsamense (魚類) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NRJ3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CCL28, 25 mM [U-99% 2H] MES, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: Sample_1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMCCL28[U-99% 13C; U-99% 15N]1
25 mMMES[U-99% 2H]1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 15 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600.13 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.6Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
GARANTBartels, Guntert, Billeter and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on a total of 1487 restraints, 1382 NOE-derived distance constraints and 105 dihedral angle constraints
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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