PDB-6cwk: Anti-RTA VHH antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cwk

タイトル

Anti-RTA VHH antibody

要素

Anti-Ricin antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ricin binding antibody

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.256 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Mantis, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2018
タイトル: Contribution of an unusual CDR2 element of a single domain antibody in ricin toxin binding affinity and neutralizing activity.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Kelow, S. / Angalakurthi, S.K. / Nguyen, S. / Davis, S.A. / Rong, Y. / Middaugh, C.R. / Weis, D.D. / Dunbrack Jr., R. / Karanicolas, J. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2018年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cwk.cif.gz	97.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cwk.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cwk_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cwk_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	6cwk_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	6cwk_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/6cwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cwgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x1q-1 1fkv-d 3ln9-d 3dwt-1 2w1w-2 3eak-2 3dwt-4 3lrh-4 3c0d-3 7kgl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Anti-Ricin antibody

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.294, 60.294, 81.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-43- LYS
2	1	A-332- HOH
3	1	A-425- HOH

#1: 抗体	Anti-Ricin antibody 分子量: 14716.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM NaCl, 100 mM Na Acetate, 1.7 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.256→50 Å / Num. obs: 41576 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 57.8
反射シェル	解像度: 1.26→1.28 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.256→37.766 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1755	2034	4.91 %
R_work	0.1552	-	-
obs	0.1562	41400	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122 Å² / B_iso mean: 27.5411 Å² / B_iso min: 6.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.256→37.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	964	0	20	141	1125
B_iso mean	-	-	58.28	39.42	-
残基数	-	-	-	-	129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	1179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.862	1613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.286	440

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2556-1.2848	0.2588	108	0.2594	2458	2566	94
1.2848-1.3169	0.2273	127	0.2304	2594	2721	100
1.3169-1.3526	0.2237	133	0.2188	2593	2726	100
1.3526-1.3924	0.215	145	0.2071	2593	2738	100
1.3924-1.4373	0.2165	142	0.1947	2602	2744	100
1.4373-1.4887	0.2249	146	0.1971	2587	2733	100
1.4887-1.5483	0.2227	129	0.1877	2619	2748	100
1.5483-1.6187	0.1859	130	0.1697	2602	2732	100
1.6187-1.7041	0.1931	123	0.1722	2641	2764	100
1.7041-1.8109	0.1731	128	0.165	2640	2768	100
1.8109-1.9507	0.1613	147	0.1548	2634	2781	100
1.9507-2.147	0.1454	144	0.1417	2643	2787	100
2.147-2.4576	0.1598	137	0.1374	2672	2809	100
2.4576-3.0961	0.1696	144	0.1432	2709	2853	100
3.0961-37.7835	0.1707	151	0.1393	2779	2930	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4376	-6.8132	4.9033	4.9928	-4.9007	6.9907	-0.0746	-0.6084	-0.5078	0.1965	0.2827	0.3616	0.1789	-0.0802	-0.2659	0.1589	-0.0181	0.0036	0.2268	0.0273	0.2273	19.8649	10.0712	21.2216
2	2.8177	1.2969	0.4897	8.1277	-1.6288	3.6766	-0.2167	-0.2651	0.5408	0.2062	-0.0083	-0.1002	-0.3972	-0.3513	0.217	0.1309	0.0586	-0.0017	0.1974	-0.0422	0.1659	16.7337	23.6435	16.9603
3	4.4521	-1.1485	3.2665	1.4572	-0.8188	5.651	0.071	-0.3715	-0.3062	0.1134	0.1323	0.0202	0.3064	-0.1938	-0.1739	0.1018	-0.0171	-0.0149	0.0976	0.0179	0.116	29.2239	11.1881	22.6168
4	7.9648	2.9444	7.0526	3.7943	2.5328	5.8409	-0.2781	0.5071	0.0494	-0.5143	0.2059	0.0143	-0.2478	0.3027	0.1142	0.1404	-0.0288	-0.0112	0.1349	-0.0019	0.0966	26.2086	15.8086	7.186
5	7.0395	-1.7875	1.4449	6.4993	-2.0712	2.7348	-0.1326	0.306	0.3142	-0.2079	0.0135	-0.1289	-0.062	0.0797	0.1455	0.1048	-0.0272	-0.0258	0.0921	-0.0239	0.1032	32.1225	21.732	18.9804
6	5.1922	-3.6088	3.3994	7.6879	-5.9324	4.6008	-0.1764	-0.5197	0.0695	0.2852	0.2566	0.2543	-0.126	-0.5585	-0.1081	0.1823	0.0238	-0.0181	0.2116	-0.0337	0.1404	23.3651	19.1178	24.0755
7	6.925	4.0768	4.3104	2.4289	2.5386	2.664	-0.4631	0.2423	0.4613	-0.3166	0.2976	-0.2108	-0.6902	0.2796	0.0056	0.2471	-0.0371	-0.0678	0.151	0.0262	0.2458	20.5833	27.5297	7.6419
8	6.0297	-0.7333	2.8978	0.9175	-1.216	2.7769	0.018	0.0048	-0.2081	-0.0983	0.0063	-0.0548	0.1253	0.0559	-0.0266	0.1224	0.0076	-0.0045	0.088	-0.0291	0.1077	32.353	11.8089	15.9856
9	7.7371	-3.9863	2.4975	7.8166	-3.2981	3.5362	-0.0556	-0.0307	-0.3416	-0.0849	0.0756	0.1403	0.037	-0.0419	-0.0512	0.104	-0.0371	-0.0233	0.0923	-0.0404	0.052	21.9569	12.491	12.8413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 23 )	A	11 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 24 through 39 )	A	24 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 51 )	A	40 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 52 through 75 )	A	52 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 76 through 85 )	A	76 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 86 through 93 )	A	86 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 94 through 112 )	A	94 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 113 through 129 )	A	113 - 129

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