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万見
- PDB-6cwh: Crystal structure of SpaA-SLH in complex with 4,6-Pyr-beta-D-ManN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cwh
タイトルCrystal structure of SpaA-SLH in complex with 4,6-Pyr-beta-D-ManNAcOMe (P1)
要素Surface (S-) layer glycoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Surface layer homology domain / Secondary cell wall polymer / S-layer / SLH / SCWP
機能・相同性S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Chem-6LA / Surface (S-) layer glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus alvei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Blackler, R.J. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, オーストリア, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)CGSD3-426678-2012 カナダ
Austrian Science FundP22791-B12 オーストリア
Austrian Science FundP27374-B22 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis of cell wall anchoring by SLH domains in Paenibacillus alvei.
著者: Blackler, R.J. / Lopez-Guzman, A. / Hager, F.F. / Janesch, B. / Martinz, G. / Gagnon, S.M.L. / Haji-Ghassemi, O. / Kosma, P. / Messner, P. / Schaffer, C. / Evans, S.V.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface (S-) layer glycoprotein
B: Surface (S-) layer glycoprotein
C: Surface (S-) layer glycoprotein
D: Surface (S-) layer glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3588
ポリマ－79,1374
非ポリマー1,2214
水6,305350
1
A: Surface (S-) layer glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0902
ポリマ－19,7841
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Surface (S-) layer glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0902
ポリマ－19,7841
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Surface (S-) layer glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0902
ポリマ－19,7841
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Surface (S-) layer glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0902
ポリマ－19,7841
非ポリマー3051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.215, 72.239, 72.305
Angle α, β, γ (deg.)86.730, 71.290, 71.400
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A8 - 172
2010B8 - 172
1020A9 - 171
2020C9 - 171
1030A8 - 172
2030D8 - 172
1040B9 - 171
2040C9 - 171
1050B8 - 172
2050D8 - 172
1060C9 - 171
2060D9 - 171

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Surface (S-) layer glycoprotein / SpaA


分子量: 19784.240 Da / 分子数: 4 / 断片: SLH domains (UNP residues 21-193) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus alvei (バクテリア)
遺伝子: spaA / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1JZ07
#2: 糖
ChemComp-6LA / methyl 2-(acetylamino)-4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-2-deoxy-beta-D-mannopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 305.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 % / Mosaicity: 0.93 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 53737 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.92 / Net I/av σ(I): 19.812 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.032.20.350.9340.2730.4460.91379.8
2.03-2.072.20.3270.9150.2560.4170.94783.8
2.07-2.112.20.2930.9480.230.3740.94387.4
2.11-2.152.20.260.9530.2050.3320.96990.3
2.15-2.22.30.1990.9740.1590.2560.95692.9
2.2-2.252.30.2070.9670.1680.2681.01295.1
2.25-2.312.30.1830.9710.1490.2370.99997.1
2.31-2.372.40.1810.9710.1490.2350.99897.6
2.37-2.442.40.1510.9780.1260.1980.98597.7
2.44-2.522.40.1180.9850.0970.1531.00997.8
2.52-2.612.40.1070.9830.0890.1390.99398
2.61-2.712.40.0880.990.0730.1150.99298.1
2.71-2.842.40.070.9920.0580.0920.96498.3
2.84-2.992.40.0630.9920.0510.0810.96298.4
2.99-3.172.40.050.9950.040.0650.998.6
3.17-3.422.40.0440.9950.0350.0570.88498.4
3.42-3.762.40.0370.9960.0290.0480.85598.4
3.76-4.312.40.0340.9960.0270.0440.74898.8
4.31-5.422.40.0340.9960.0270.0430.70598.6
5.42-402.40.0330.9960.0280.0440.69294

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CWC

6cwc


解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.464 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.196
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 2238 5.3 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.1881 39929 74.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.38 Å2 / Biso mean: 33.738 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20.34 Å20.15 Å2
2--0.2 Å20.04 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5075 0 84 350 5509
Biso mean--24.73 31.71 -
残基数----659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.025279
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.9727123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2273.00811740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4985661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62626.123227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36615935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.246158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3281.6512644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3271.652643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1422.4633302
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A100520.07
12B100520.07
21A97590.08
22C97590.08
31A99150.08
32D99150.08
41B97050.07
42C97050.07
51B98600.07
52D98600.07
61C99140.05
62D99140.05
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 44 -
Rwork0.204 1270 -
all-1314 -
obs--31.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3211-0.14030.55011.5626-0.14784.26290.2856-0.2925-0.0730.0432-0.06220.0789-0.0736-0.2988-0.22340.0959-0.06320.03840.07950.01250.0955-0.5948-42.791425.7954
21.44460.2555-0.49051.56-0.12354.43220.27560.25480.06-0.0402-0.06250.07820.1122-0.2619-0.21320.08480.0478-0.03930.06020.01060.095-0.589-68.4517-8.5772
32.8228-0.0185-1.8751.38-0.32573.25870.0930.16260.2283-0.23270.08440.0854-0.48230.1403-0.17740.1978-0.09090.02520.05850.00520.04977.3686-34.7382-9.0913
42.81990.15851.90631.3016-0.22373.47980.1194-0.178-0.22840.23510.07550.05740.5110.0896-0.19490.18860.0736-0.03490.04740.00330.05797.5368-76.53826.3458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 192
2X-RAY DIFFRACTION2B28 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3C29 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4D28 - 192

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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