PDB-6cuk: Engineered Cytochrome c from Rhodothermus marinus, Rma TDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cuk

タイトル

Engineered Cytochrome c from Rhodothermus marinus, Rma TDE

要素

Cytochrome c

キーワード

LYASE / Carbene transferase / silicon-carbon bond

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodothermus marinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Lewis, R.D. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1513007	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE-1361104	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CBET-1403077	米国
Caltech Innovation Initiative		米国
Jacobs Institute for Molecular Medicine		米国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Catalytic iron-carbene intermediate revealed in a cytochromeccarbene transferase.
著者: Lewis, R.D. / Garcia-Borras, M. / Chalkley, M.J. / Buller, A.R. / Houk, K.N. / Kan, S.B.J. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2018年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2021年3月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cuk.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cuk.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6cuk_validation.pdf.gz	816.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cuk_full_validation.pdf.gz	817.4 KB	表示
XML形式データ	6cuk_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	6cuk_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cunC 3cp5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ypr-1 3s2x-1 4owl-2 4oe9-1 6lyx-2 4owk-3 3qoc-4 1o1v-d 6cun-d 4owk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.038, 60.038, 77.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cytochrome c 分子量: 14029.785 Da / 分子数: 1 / 変異: V75T, M100D, M103E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus (バクテリア) 遺伝子: cytC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FQS5
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.09 % / 解説: Rod
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.43-1.48 M (NH4)2SO4 300-400 mM NaSCN 1.5% isopropanol 14.0 mg/mL protein in 20 mM Tris pH 7.5 2:1 protein to well solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→38.65 Å / Num. obs: 27920 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CP5

3cp5

解像度: 1.47→38.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.813 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20856	1280	4.6 %	RANDOM
R_work	0.18384	-	-	-
obs	0.18497	26618	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.377 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0.29 Å²	0 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.47→38.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	885	0	43	84	1012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	2.1	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.03	3.002	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.236	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.317	24.694	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.338	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.991	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.778	1.16	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.769	1.157	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.282	1.738	628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.283	1.741	629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.032	1.278	527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.031	1.279	528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.429	1.893	776
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.246	14.206	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.118	13.858	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	95	-
R_work	0.231	1917	-
obs	-	-	98.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8773	2.8839	-5.1086	10.156	2.2337	5.957	-0.1372	0.1638	0.0402	-0.6199	0.3771	-0.4014	-0.1264	0.1116	-0.2399	0.155	0.1307	0.0122	0.3565	-0.0372	0.0736	13.1943	79.057	81.1902
2	2.3662	0.8753	-1.3462	10.0856	-1.7396	5.5976	0.1358	-0.1169	0.0472	0.0561	-0.0805	-0.5191	-0.0924	0.2942	-0.0554	0.0183	-0.0233	-0.0168	0.1125	-0.0169	0.0925	11.6887	80.0468	89.3049
3	4.0109	2.0873	-1.5937	4.8031	2.1787	6.5769	-0.6592	0.479	-0.5878	-0.2159	0.3257	-0.9987	0.2607	0.3667	0.3335	0.1661	-0.0299	0.0612	0.2025	0.0183	0.3409	7.5443	62.4787	92.3364
4	10.5105	-3.837	2.0215	3.8211	-0.5589	4.7587	0.0189	-0.0564	-0.4487	0.0533	-0.004	0.2692	0.36	-0.2482	-0.0149	0.0948	-0.0291	-0.0061	0.0757	0.0081	0.0392	-3.4664	63.0304	96.2371
5	5.4929	-2.9866	0.8132	4.4218	0.7143	7.44	0.0926	-0.115	-0.0323	0.0498	-0.002	0.1835	0.0165	-0.3591	-0.0906	0.0125	-0.0118	-0.0017	0.094	0.0073	0.0448	-9.0422	70.5503	92.7779
6	1.9196	-0.3197	-1.5742	1.9534	2.1918	3.4589	-0.0354	0.2897	0.0086	0.0764	-0.1633	0.1251	0.1161	-0.372	0.1987	0.0137	0	0.0068	0.1395	0.0064	0.0449	-10.0954	72.291	82.4057
7	2.7114	-3.279	-0.3047	9.5177	7.4917	9.1772	-0.0274	0.0501	-0.0683	-0.2027	-0.1877	0.2572	-0.2937	-0.1806	0.2151	0.0398	0.0343	-0.0187	0.1948	0.037	0.0868	-11.3325	74.6468	75.66
8	1.9764	0.9403	0.3786	1.096	0.4354	2.5853	-0.0214	0.1882	0.0557	-0.0013	0.062	-0.039	-0.0823	0.0172	-0.0406	0.0139	0.0009	-0.0062	0.1033	0.0209	0.0312	2.0159	74.8872	83.3118
9	7.8351	-4.1173	-4.4574	5.3512	1.5172	11.2137	-0.1154	0.2381	0.8136	0.0574	0.2615	-0.5439	-1.1807	0.0062	-0.1462	0.1855	-0.0397	-0.0542	0.0888	0.0481	0.1294	5.8319	86.7131	80.7329
10	7.7941	-1.1588	-3.6562	7.2557	-6.8815	9.5302	0.082	0.2853	0.9816	-0.1911	0.3712	-0.182	0.1646	-0.5061	-0.4532	0.1263	-0.1038	-0.037	0.2934	0.0122	0.1628	2.6773	82.5156	75.1154
11	12.813	14.0367	5.7876	17.1809	3.7497	6.4224	-0.2892	0.168	-0.0244	-0.457	0.3274	-0.1139	-0.0156	-0.2418	-0.0382	0.1704	-0.0015	0.1478	0.2943	0.2015	0.2712	-4.0232	83.6968	73.3038
12	2.7755	-0.7798	3.8387	3.4975	-9.968	31.2904	-0.0069	0.073	0.2163	0.068	0.2165	-0.0107	-0.6112	-0.1363	-0.2096	0.1761	-0.021	0.068	0.2331	-0.0002	0.1936	-6.8529	84.6156	86.7181
13	6.4113	-3.8545	0.877	8.174	-0.2706	6.0333	0.1436	0.223	0.2669	0.0594	-0.1203	0.1234	-0.3124	-0.1327	-0.0233	0.0805	-0.0179	0.0019	0.064	0.006	0.0393	0.7735	77.7876	97.1221
14	0.4452	1.5032	0.2889	6.3122	2.0746	4.4237	0.0818	0.0318	-0.0138	0.0839	-0.0476	-0.0932	0.0953	-0.0412	-0.0342	0.0661	0.0139	-0.0007	0.08	0.0005	0.0407	-0.3463	69.5978	91.785
15	6.3423	-2.1515	0.002	3.7924	-0.8985	12.2321	0.1217	0.4797	-0.9575	-0.3415	0.0519	-0.1751	1.3589	-0.0311	-0.1736	0.1681	-0.0027	-0.0021	0.0755	-0.1032	0.2358	-0.0696	61.4895	85.6684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	36 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	45 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	53 - 56
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	57 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	82 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	88 - 92
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	93 - 97
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	98 - 103
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	104 - 108
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	109 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	118 - 123

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)