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万見
- PDB-6cuc: Solution structure of double knot toxin (DkTx) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cuc
タイトルSolution structure of double knot toxin (DkTx)
要素Tau-theraphotoxin-Hs1a
キーワードTOXIN (毒素) / ICK / spider toxin / dktx / trpv1 (TRPV1) / tarantula (オオツチグモ科)
機能・相同性ion channel regulator activity / toxin activity / lipid binding / extracellular region / Tau-theraphotoxin-Hs1a
機能・相同性情報
生物種Haplopelma schmidti (クモ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ramanujam, V. / Mobli, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis of the Bivalency of the TRPV1 Agonist DkTx.
著者: Ramanujam, V. / Crawford, T. / Cristofori-Armstrong, B. / Deuis, J.R. / Jia, X. / Maxwell, M.J. / Jami, S. / Ma, L. / Vetter, I. / Mobli, M.
履歴
登録2018年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tau-theraphotoxin-Hs1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2881
ポリマ－9,2881
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Tau-theraphotoxin-Hs1a / Tau-TRTX-Hs1a / Double-knot toxin / DkTx


分子量: 9287.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haplopelma schmidti (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH43

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
191isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-13C; U-15N] DkTx, 20 mM sodium phosphate, 10 uM DSS, 0.02 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C/15N sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMDkTx[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 uMDSSnatural abundance1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 5.8 / PH err: 0.05 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert P.精密化
CcpNMRCCPNデータ解析
RNMRTKHoch and Stern解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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