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- PDB-6cu2: Structure of N-truncated R2-type pyocin tail fiber at 2.6 angstro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cu2
タイトルStructure of N-truncated R2-type pyocin tail fiber at 2.6 angstrom resolution
要素R2-type pyocin
キーワードVIRAL PROTEIN / adhesin / tail fiber / fiber / phage / pyocin / R2-type / tailocin / carbohydrate binding
機能・相同性Phage tail fibre protein / : / Phage tail-collar fibre protein, N-terminal / Putative tail fiber protein gp53-like, C-terminal / : / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Probable bacteriophage protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Salazar, A.J. / Sherekar, M. / Saccettini, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: R pyocin tail fiber structure reveals a receptor-binding domain with a lectin fold.
著者: Salazar, A.J. / Sherekar, M. / Tsai, J. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R2-type pyocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4733
ポリマ－29,3901
非ポリマー832
水2,936163
1
A: R2-type pyocin
ヘテロ分子

A: R2-type pyocin
ヘテロ分子

A: R2-type pyocin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4209
ポリマ－88,1713
非ポリマー2496
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area21710 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area27110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.865, 59.865, 398.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

NI

21A-836-

HOH

31A-840-

HOH

41A-853-

HOH

51A-900-

HOH

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要素

#1: タンパク質 R2-type pyocin


分子量: 29390.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA0620 / プラスミド: pMCSG11
詳細 (発現宿主): PA0620 cloned in frame into LIC site by ligation independent cloning
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD71
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 % / 解説: Hexagonal prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1:1 ratio of protein to precipitant (100mM HEPES pH 8.0, 1M Sodium acetate, 0.4mM LDAO)

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 14554 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 29.8 % / Biso Wilson estimate: 37.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.237 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.24 / Χ2: 2.165 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 433942
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.58-2.62100.7836600.7720.2530.8250.73996.5
2.62-2.6711.60.7386850.8140.2190.7720.78199.3
2.67-2.7213.80.6467360.9110.1780.6710.81699.6
2.72-2.78160.6136680.920.1550.6340.90299.9
2.78-2.8419.30.5587130.9320.1290.5741.009100
2.84-2.9122.10.5016830.9920.1080.5131.17100
2.91-2.9827.20.457240.9720.0870.4591.32100
2.98-3.0634.40.4296970.9790.0730.4351.523100
3.06-3.1539.40.387160.9870.0610.3851.848100
3.15-3.2538.20.3557010.9890.0580.362.005100
3.25-3.3738.20.3147200.9890.0510.3182.381100
3.37-3.5380.2777220.9910.0450.2812.634100
3.5-3.6637.60.2627100.9920.0430.2662.718100
3.66-3.85370.247280.9950.0390.2432.824100
3.85-4.0936.40.2127220.9960.0350.2153.013100
4.09-4.4135.60.1877450.9970.0320.193.25999.9
4.41-4.8535.50.1797470.9960.030.1812.87100
4.85-5.5635.60.1737660.9960.0290.1762.536100
5.56-735.10.1677920.9960.0290.172.106100
7-5030.60.1289190.9980.0240.131.83699.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.92 Å39.8 Å
Translation6.92 Å39.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CT8

6ct8


解像度: 2.58→39.805 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1445 10 %
Rwork0.194 --
obs0.1974 14443 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.28 Å2 / Biso mean: 32.6714 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→39.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 2 163 2053
Biso mean--71.82 35.78 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.852671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.431084
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5785-2.67070.29341310.26611186131795
2.6707-2.77760.27871420.24812681410100
2.7776-2.90390.29511380.241212511389100
2.9039-3.0570.28091430.237712781421100
3.057-3.24840.26351420.203812711413100
3.2484-3.49910.26771430.19771281142499
3.4991-3.8510.24731450.189912931438100
3.851-4.40760.17581460.160313201466100
4.4076-5.55070.16361490.149313491498100
5.5507-39.80960.20981660.19551501166799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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