PDB-6cu0: Crystal structure of 4-1BBL/4-1BB (C121S) complex in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cu0

タイトル

Crystal structure of 4-1BBL/4-1BB (C121S) complex in P21 space group

要素

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

キーワード

CYTOKINE / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Aruna, B. / Zajonc, D.M. / Doukov, T.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of the human 4-1BB receptor bound to its ligand 4-1BBL reveal covalent receptor dimerization as a potential signaling amplifier.
著者: Bitra, A. / Doukov, T. / Croft, M. / Zajonc, D.M.

履歴

登録	2018年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cu0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cprC 6d3nC 2x29S 5wi8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cpr-d 6995 6997 6996 3alq-2 2hev-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (5) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

G: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

H: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

I: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

ヘテロ分子

195 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

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I: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
97.3 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

E: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

F: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9

H: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.3 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.961, 114.745, 126.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	91 - 242	12 - 163
2	1	MET	MET	PRO	PRO	B	B	91 - 242	12 - 163
1	2	MET	MET	PRO	PRO	A	A	91 - 242	12 - 163
2	2	MET	MET	PRO	PRO	C	C	91 - 242	12 - 163
1	3	MET	MET	THR	THR	A	A	91 - 241	12 - 162
2	3	MET	MET	THR	THR	D	D	91 - 241	12 - 162
1	4	MET	MET	PRO	PRO	A	A	91 - 242	12 - 163
2	4	MET	MET	PRO	PRO	E	E	91 - 242	12 - 163
1	5	MET	MET	PRO	PRO	A	A	91 - 242	12 - 163
2	5	MET	MET	PRO	PRO	F	F	91 - 242	12 - 163
1	6	MET	MET	PRO	PRO	B	B	91 - 242	12 - 163
2	6	MET	MET	PRO	PRO	C	C	91 - 242	12 - 163
1	7	MET	MET	VAL	VAL	B	B	91 - 240	12 - 161
2	7	MET	MET	VAL	VAL	D	D	91 - 240	12 - 161
1	8	MET	MET	PRO	PRO	B	B	91 - 242	12 - 163
2	8	MET	MET	PRO	PRO	E	E	91 - 242	12 - 163
1	9	MET	MET	PRO	PRO	B	B	91 - 242	12 - 163
2	9	MET	MET	PRO	PRO	F	F	91 - 242	12 - 163
1	10	GLY	GLY	THR	THR	C	C	90 - 241	11 - 162
2	10	GLY	GLY	THR	THR	D	D	90 - 241	11 - 162
1	11	MET	MET	PRO	PRO	C	C	91 - 242	12 - 163
2	11	MET	MET	PRO	PRO	E	E	91 - 242	12 - 163
1	12	GLY	GLY	PRO	PRO	C	C	90 - 242	11 - 163
2	12	GLY	GLY	PRO	PRO	F	F	90 - 242	11 - 163
1	13	MET	MET	THR	THR	D	D	91 - 241	12 - 162
2	13	MET	MET	THR	THR	E	E	91 - 241	12 - 162
1	14	GLY	GLY	THR	THR	D	D	90 - 241	11 - 162
2	14	GLY	GLY	THR	THR	F	F	90 - 241	11 - 162
1	15	MET	MET	PRO	PRO	E	E	91 - 242	12 - 163
2	15	MET	MET	PRO	PRO	F	F	91 - 242	12 - 163
1	16	ASP	ASP	CYS	CYS	G	G	26 - 158	4 - 136
2	16	ASP	ASP	CYS	CYS	H	H	26 - 158	4 - 136
1	17	PRO	PRO	CYS	CYS	G	G	27 - 158	5 - 136
2	17	PRO	PRO	CYS	CYS	J	I	27 - 158	5 - 136
1	18	ASP	ASP	VAL	VAL	G	G	26 - 157	4 - 135
2	18	ASP	ASP	CYS	CYS	K	J	26 - 158	4 - 136
1	19	SER	SER	CYS	CYS	G	G	29 - 158	7 - 136
2	19	SER	SER	CYS	CYS	L	K	29 - 158	7 - 136
1	20	ASP	ASP	CYS	CYS	G	G	26 - 158	4 - 136
2	20	ASP	ASP	CYS	CYS	I	L	26 - 158	4 - 136
1	21	PRO	PRO	CYS	CYS	H	H	27 - 158	5 - 136
2	21	PRO	PRO	CYS	CYS	J	I	27 - 158	5 - 136
1	22	ASP	ASP	VAL	VAL	H	H	26 - 156	4 - 134
2	22	ASP	ASP	VAL	VAL	K	J	26 - 157	4 - 135
1	23	SER	SER	VAL	VAL	H	H	29 - 157	7 - 135
2	23	SER	SER	VAL	VAL	L	K	29 - 157	7 - 135
1	24	ASP	ASP	CYS	CYS	H	H	26 - 158	4 - 136
2	24	ASP	ASP	CYS	CYS	I	L	26 - 158	4 - 136
1	25	PRO	PRO	VAL	VAL	J	I	27 - 157	5 - 135
2	25	PRO	PRO	CYS	CYS	K	J	27 - 158	5 - 136
1	26	SER	SER	CYS	CYS	J	I	29 - 158	7 - 136
2	26	SER	SER	CYS	CYS	L	K	29 - 158	7 - 136
1	27	PRO	PRO	CYS	CYS	J	I	27 - 158	5 - 136
2	27	PRO	PRO	CYS	CYS	I	L	27 - 158	5 - 136
1	28	SER	SER	VAL	VAL	K	J	29 - 157	7 - 135
2	28	SER	SER	VAL	VAL	L	K	29 - 156	7 - 134
1	29	ASP	ASP	CYS	CYS	K	J	26 - 158	4 - 136
2	29	ASP	ASP	VAL	VAL	I	L	26 - 157	4 - 135
1	30	SER	SER	CYS	CYS	L	K	29 - 158	7 - 136
2	30	SER	SER	CYS	CYS	I	L	29 - 158	7 - 136

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 9 / 4-1BB ligand / 4-1BBL

分子量: 17488.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF9
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P41273

#2: タンパク質

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 / 4-1BB ligand receptor / CDw137 / T-cell antigen 4-1BB homolog / T-cell antigen ILA

分子量: 14875.773 Da / 分子数: 6 / Fragment: residues 23-160 / Mutation: C121S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF9, CD137, ILA
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q07011

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bicine and 30% W/V PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 32003 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 2.857 / Net I/σ(I): 17.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.31	3.5	0.541	3027	0.849	0.311	0.628	0.78	89.5
3.31-3.45	4.2	0.408	3166	0.937	0.217	0.465	0.977	95.4
3.45-3.6	4.4	0.267	3319	0.973	0.141	0.303	0.984	98.9
3.6-3.79	4.4	0.167	3299	0.985	0.088	0.19	1.349	98
3.79-4.03	4.2	0.124	3289	0.992	0.066	0.142	2.07	98.1
4.03-4.34	4.3	0.081	3214	0.996	0.042	0.092	3.358	95.3
4.34-4.78	4.5	0.068	3308	0.996	0.036	0.077	3.643	98.5
4.78-5.47	4.2	0.066	3269	0.995	0.035	0.076	4.442	96.5
5.47-6.89	4.5	0.07	3350	0.994	0.035	0.079	5.016	98.8
6.89-50	4.1	0.08	2762	0.988	0.042	0.091	5.821	80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2X29, 5WI8

2x29

5wi8

解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 75.43 / SU ML: 0.542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.605
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	1668	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2472	-	-	-
obs	0.2497	30300	94.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 363.51 Å² / B_iso mean: 146.215 Å² / B_iso min: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.43 Å²	0 Å²	3.89 Å²
2-	-	1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11404	0	28	44	11476
B_iso mean	-	-	196.52	204.08	-
残基数	-	-	-	-	1672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	11704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.946	16012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	22461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.937	5	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.831	24.801	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.634	15	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.918	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2315

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7948	0.04
1	2	B	7948	0.04
2	1	A	7736	0.04
2	2	C	7736	0.04
3	1	A	7806	0.04
3	2	D	7806	0.04
4	1	A	7286	0.04
4	2	E	7286	0.04
5	1	A	7842	0.05
5	2	F	7842	0.05
6	1	B	7658	0.03
6	2	C	7658	0.03
7	1	B	7640	0.03
7	2	D	7640	0.03
8	1	B	7266	0.05
8	2	E	7266	0.05
9	1	B	7712	0.05
9	2	F	7712	0.05
10	1	C	7568	0.05
10	2	D	7568	0.05
11	1	C	7122	0.05
11	2	E	7122	0.05
12	1	C	7610	0.04
12	2	F	7610	0.04
13	1	D	7230	0.05
13	2	E	7230	0.05
14	1	D	7642	0.05
14	2	F	7642	0.05
15	1	E	7232	0.05
15	2	F	7232	0.05
16	1	G	6526	0.04
16	2	H	6526	0.04
17	1	G	6472	0.04
17	2	J	6472	0.04
18	1	G	6414	0.04
18	2	K	6414	0.04
19	1	G	6326	0.05
19	2	L	6326	0.05
20	1	G	6420	0.04
20	2	I	6420	0.04
21	1	H	6500	0.04
21	2	J	6500	0.04
22	1	H	6388	0.04
22	2	K	6388	0.04
23	1	H	6326	0.06
23	2	L	6326	0.06
24	1	H	6626	0.02
24	2	I	6626	0.02
25	1	J	6248	0.03
25	2	K	6248	0.03
26	1	J	6244	0.06
26	2	L	6244	0.06
27	1	J	6340	0.04
27	2	I	6340	0.04
28	1	K	6142	0.06
28	2	L	6142	0.06
29	1	K	6294	0.04
29	2	I	6294	0.04
30	1	L	6246	0.06
30	2	I	6246	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	107	-
R_work	0.369	2080	-
all	-	2187	-
obs	-	-	88.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2547	-0.9995	-0.7894	3.2202	-0.8762	1.9264	0.173	0.3251	-0.2614	0.7141	-0.1318	0.133	-0.4981	-0.0417	-0.0412	0.479	-0.1066	-0.0277	0.3809	-0.0023	0.4123	-15.267	-74.604	-3.005
2	1.7776	-2.3451	-0.2059	5.0345	2.1503	3.1462	-0.1623	0.7985	0.3039	0.0668	-0.1768	0.048	-0.471	0.4759	0.3391	0.3506	-0.1148	-0.0409	0.8247	0.3148	0.3315	-20.526	-65.967	-24.186
3	1.7234	0.1281	-0.182	4.7784	2.2103	2.1179	-0.4066	0.0903	-0.1284	-0.1474	0.3606	-0.1579	-0.105	0.0058	0.0461	0.4085	-0.0974	0.1471	0.4594	-0.0511	0.3861	19.05	-15.114	-50.777
4	0.4787	-1.3758	-0.3184	5.6705	-0.6858	3.182	0.0477	0.1124	-0.249	0.0592	0.2833	0.7248	-0.1567	-0.2402	-0.331	0.0269	0.0673	-0.0179	0.5341	0.088	0.8211	-34.737	-80.628	-13.215
5	1.5491	-0.9359	-0.6468	3.462	1.2133	1.6282	-0.2926	-0.3604	-0.3992	0.1505	0.0997	0.0234	0.0092	0.0501	0.1929	0.431	0.1042	0.1724	0.526	0.1695	0.427	8.872	-26.931	-33.645
6	2.9025	-0.6973	-0.5889	4.0513	-0.0528	2.8181	-0.6149	0.3701	-0.3241	-0.0454	0.2619	0.2186	0.0171	-0.3306	0.353	0.4291	-0.2541	0.0464	0.6291	-0.1324	0.2856	-2.697	-22.988	-52.953
7	1.0036	-1.6313	-1.2643	4.446	1.9426	1.6378	0.4136	-0.0659	0.0899	-0.5413	-0.3253	-0.3868	-0.5824	0.2178	-0.0882	0.4791	-0.0929	-0.0287	0.4813	-0.0111	0.5306	8.097	-74.215	-17.972
8	3.2004	-2.1155	-2.317	2.797	1.658	1.8743	-0.759	-0.2789	-0.5362	0.3488	0.1429	0.6907	0.4821	0.0289	0.6161	0.4065	-0.0257	0.0844	0.4892	0.0282	0.6137	-17.528	-23.021	-26.163
9	1.0901	-1.1609	-0.3043	6.1286	0.3187	1.0025	0.303	0.7338	0.4475	-1.3439	0.0511	-0.0645	-0.0434	-0.7295	-0.3541	0.5989	-0.1844	-0.0069	1.4861	0.4353	0.2965	-2.747	2.613	-64.546
10	1.3078	0.4932	0.2191	1.0566	0.233	1.2857	-0.3351	0.312	-0.733	-1.1505	-0.1355	0.7545	-1.1078	0.616	0.4706	2.0558	0.1189	-1.3041	1.2532	-0.2306	1.7738	-32.063	-81.378	-43.948
11	0.9947	-0.7057	-0.909	4.9385	2.891	2.7808	-0.2844	-0.2106	-0.2868	0.4215	0.5506	0.0112	0.124	0.4658	-0.2662	0.4149	0.1677	-0.0855	0.5947	-0.0296	0.6203	26.164	-3.612	-27.008
12	3.8938	-4.3442	-0.6303	7.8577	-0.0898	0.4181	-0.7845	-0.2569	-0.0866	1.9431	0.8795	0.3694	0.0023	0.0643	-0.0951	0.8383	0.3615	0.0489	0.6909	0.0755	0.391	-24.75	-102.909	0.016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	91 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	91 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	90 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	90 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	91 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	90 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	26 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	26 - 159
9	X-RAY DIFFRACTION	9	J	27 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	K	25 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	L	26 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	12	I	26 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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