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- PDB-6ctz: Structure of the GDP and kanamycin complex of APH(2")-IIia -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ctz
タイトルStructure of the GDP and kanamycin complex of APH(2")-IIia
要素Gentamicin resistance protein
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / aminoglycoside resistance / kinase (キナーゼ) / kanamycin / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / KANAMYCIN A / Gentamicin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus gallinarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI057393 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the diversity of the mechanism of nucleotide hydrolysis by the aminoglycoside-2''-phosphotransferases
著者: Smith, C.A. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Maltz, L. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gentamicin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8137
ポリマ－33,7661
非ポリマー1,0476
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.169, 58.982, 70.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gentamicin resistance protein / aminoglycoside-2"-phosphotransferase-IIIa


分子量: 33766.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus gallinarum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96762

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非ポリマー , 5種, 375分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン / Kanamycin A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→39.086 Å / Num. obs: 73255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3TDW

3tdw


解像度: 1.34→39.09 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 15.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 3670 5.01 %
Rwork0.146 69585 -
obs0.147 73255 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 56 Å2 / Biso mean: 22.14 Å2 / Biso min: 8.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→39.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2378 0 66 380 2824
Biso mean--16.73 33.74 -
残基数----297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.34-1.35760.25361400.196326312771
1.3576-1.37620.20761570.179726272784
1.3762-1.39590.19531300.161826632793
1.3959-1.41670.19211390.156526512790
1.4167-1.43890.22381390.147126302769
1.4389-1.46250.16191370.144526342771
1.4625-1.48770.1541410.136826552796
1.4877-1.51470.17981390.126326582797
1.5147-1.54390.20031410.136726692810
1.5439-1.57540.16381380.133226212759
1.5754-1.60960.17511390.128826582797
1.6096-1.64710.17911390.12426712810
1.6471-1.68830.14241390.122426422781
1.6883-1.73390.16621400.122326642804
1.7339-1.78490.15751410.125926682809
1.7849-1.84260.17011400.132426572797
1.8426-1.90840.16231410.129426862827
1.9084-1.98480.16881400.128126502790
1.9848-2.07510.1591410.13226832824
2.0751-2.18450.17381410.131826912832
2.1845-2.32140.14831420.136826862828
2.3214-2.50060.1811420.150127082850
2.5006-2.75220.15981420.155326952837
2.7522-3.15030.18561440.159827332877
3.1503-3.96840.16461450.149927582903
3.9684-39.10270.17411530.163228963049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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