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万見
- PDB-6ctd: C-terminal domain truncation of the Mycobacterium tuberculosis Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ctd
タイトルC-terminal domain truncation of the Mycobacterium tuberculosis Mechanosensitive Channel of Large Conductance MscL
要素Large-conductance mechanosensitive channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Channel Mechanosensitive Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


gated channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transport / transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Large-conductance mechanosensitive channel / Large-conductance mechanosensitive channel, conserved site / Large-conductance mechanosensitive channels mscL family signature. / Large-conductance mechanosensitive channel MscL / Large-conductance mechanosensitive channel/anditomin synthesis protein L / Large-conductance mechanosensitive channel, MscL
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Large-conductance mechanosensitive channel / Large-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Herrera, N. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM084211-07 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Elucidating a role for the cytoplasmic domain in the Mycobacterium tuberculosis mechanosensitive channel of large conductance.
著者: Herrera, N. / Maksaev, G. / Haswell, E.S. / Rees, D.C.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large-conductance mechanosensitive channel
B: Large-conductance mechanosensitive channel
C: Large-conductance mechanosensitive channel
D: Large-conductance mechanosensitive channel
E: Large-conductance mechanosensitive channel
F: Large-conductance mechanosensitive channel
G: Large-conductance mechanosensitive channel
H: Large-conductance mechanosensitive channel
I: Large-conductance mechanosensitive channel
J: Large-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,90815
ポリマ－130,92310
非ポリマー9855
水00
1
A: Large-conductance mechanosensitive channel
B: Large-conductance mechanosensitive channel
C: Large-conductance mechanosensitive channel
D: Large-conductance mechanosensitive channel
E: Large-conductance mechanosensitive channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4625
ポリマ－65,4625
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15660 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
2
F: Large-conductance mechanosensitive channel
G: Large-conductance mechanosensitive channel
H: Large-conductance mechanosensitive channel
I: Large-conductance mechanosensitive channel
J: Large-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,44610
ポリマ－65,4625
非ポリマー9855
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15720 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.709, 110.313, 136.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Large-conductance mechanosensitive channel


分子量: 13092.331 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: mscL, MRA_0992 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5U127, UniProt: P9WJN5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.13 % / 解説: parallelepiped
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris HCl pH 8, 0.15 M CaCl2, 25% PEG 400, 0.25% Glycine pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.89738 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.8→35 Å / Num. obs: 7936 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/av σ(I): 12.4 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 5.8→6.48 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rrim(I) all: 1.24 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(1.12_2829: 2829)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 5.8→22.829 Å / SU ML: 1.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 52.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3873 301 4.5 %
Rwork0.3707 --
obs0.3714 6692 95.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.8→22.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7150 0 5 0 7155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1779890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.862470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.8001-7.26810.4021290.34563256X-RAY DIFFRACTION98
7.2681-22.82930.38441720.37633135X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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