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- PDB-6ctb: Apo-Calmodulin Bound to Calcium Voltage Gated Channel 1.2 IQ-Motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ctb
タイトルApo-Calmodulin Bound to Calcium Voltage Gated Channel 1.2 IQ-Motif
要素
  • Calmodulin-1
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
キーワードPROTEIN BINDING / calmodulin / surface expression / Cav1.2 / apo-calmodulin / voltage gated channel / calcium / neuronal signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of adenylate cyclase activity / high voltage-gated calcium channel activity / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / calcium ion transport into cytosol / voltage-gated calcium channel complex / voltage-gated calcium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion ...regulation of membrane repolarization during action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of adenylate cyclase activity / high voltage-gated calcium channel activity / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / calcium ion transport into cytosol / voltage-gated calcium channel complex / voltage-gated calcium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / enzyme regulator activity / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / postsynaptic density membrane / sarcolemma / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / perikaryon / postsynaptic density / calmodulin binding / signaling receptor binding / calcium ion binding / dendrite / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Turner, M.L. / Anderson, D.E. / Ames, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY012347 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: apo-Calmodulin Bound to Calcium Voltage Gated Channel 1.2 IQ-Motif
著者: Turner, M.L. / Anderson, D.E. / Ames, J.B.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-1
B: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7712
ポリマ－19,7712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6280 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 200l
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-1


分子量: 16650.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: calm1
発現宿主: pBR322 based IG-lambda expression vector (その他)
参照: UniProt: P0DP33
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Smooth muscle calcium ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Smooth muscle calcium channel blocker receptor / CACB-receptor / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.2


分子量: 3120.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNA1C, CACH2, CACN2, CACNL1A1, CCHL1A1
発現宿主: pBR322 based IG-lambda expression vector (その他)
参照: UniProt: P15381

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1300 uM [U-99% 15N] apo-Calmodulin, 300 uM Calcium Voltage Gated Channel 1.2, 90% H2O/10% D2Oapo-Calmodulin Bound to Cav1.2 IQ Motif15N_apoCalmodulin90% H2O/10% D2O
solution2300 uM [U-99% 15N] Calcium Voltage Gated Channel 1.2, 300 uM apo-Calmodulin, 90% H2O/10% D2O15N Labeled IQ Motif bound to apoCalmodulin15N IQ Motif90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMapo-Calmodulin[U-99% 15N]1
300 uMCalcium Voltage Gated Channel 1.2natural abundance1
300 uMCalcium Voltage Gated Channel 1.2[U-99% 15N]2
300 uMapo-Calmodulinnatural abundance2
試料状態詳細: 20mM Potassium Phosphate pH 6.0, 100mM KCl, 1mM EDTA-d12
イオン強度: 100 mM / Label: conditions 1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardpeak picking
HADDOCKBonvinstructure calculation
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
PALESMarkus Zweckstetter and Ad Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: used with all structures along with rigid docking
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: l / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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